PDB-7nsi: 55S mammalian mitochondrial ribosome with mtRRF (pre) and tRNA(P/E)

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登録情報

データベース: PDB / ID: 7nsi

タイトル

55S mammalian mitochondrial ribosome with mtRRF (pre) and tRNA(P/E)

要素

(28S ribosomal protein ...) x 16
(39S ribosomal protein ...) x 33
(Mitochondrial ribosomal protein ...) x 17
12S rRNA
16S rRNA
Aurora kinase A interacting protein 1
CP tRNAPhe
Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1
Death associated protein 3
ICT1
Interferon alpha-inducible protein 6
Mitoribosomal protein us12m, mrps12
Pentatricopeptide repeat domain 3,Pentatricopeptide repeat domain 3,mS39,Pentatricopeptide repeat domain 3,Pentatricopeptide repeat domain 3
Ribosomal protein
Ribosomal_L2_C domain-containing protein
Ribosome-recycling factor, mitochondrial
TGS domain-containing protein
bL32m
mL42
mL53
mRNA
tRNA (P/E)
uL14m
uS17m
unknown

キーワード

TRANSLATION / Ribosome / Mitochondria / mtRRF / Recycling

機能・相同性

機能・相同性情報

Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / rRNA import into mitochondrion / mitochondrial transcription / mitochondrial translational termination / mitochondrial translational elongation / mitochondrial ribosome assembly / translation release factor activity, codon nonspecific / ribonuclease III activity / microprocessor complex ...
類似検索 - 分子機能

Small ribosomal subunit protein mS39, PPR / Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain / RRF superfamily / Ribosome recycling factor / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial ...Small ribosomal subunit protein mS39, PPR / Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain / RRF superfamily / Ribosome recycling factor / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S22, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial / Ribosomal protein S23/S25, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / Small ribosomal subunit protein uS5m, N-terminal / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein L55, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L48 / 39S ribosomal protein L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L55 superfamily / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein L37, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L46 NUDIX / Mitochondrial ribosomal protein L37 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Ribosomal protein S30, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit protein / 39S ribosomal protein L42, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S32 / Ribosomal protein L28/L40, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L28 / Ribosomal protein 63, mitochondrial / Growth arrest/ DNA-damage-inducible protein-interacting protein 1 / Ribosomal protein L51, mitochondrial / Growth arrest and DNA-damage-inducible proteins-interacting protein 1 / Mitochondrial ribosomal subunit / Mitochondrial ribosome protein 63 / Ribosomal protein L37/S30 / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 domain superfamily / : / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S30 (PDCD9) / 39S ribosomal protein L52, mitochondrial / Mitoribosomal protein mL52 / : / Ribosomal protein L35, mitochondrial / MRPL44, double-stranded RNA binding domain / Tim44-like domain / Tim44-like domain / Tim44 / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / : / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Pentatricopeptide repeat / Ribosomal protein L49/IMG2 / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial large subunit ribosomal protein (Img2) / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein L46, N-terminal / 39S mitochondrial ribosomal protein L46 / Ribosomal protein L50, mitochondria / Ribosomal protein L27/L41, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L27 / Ribosomal subunit 39S / : / 39S ribosomal protein L46, mitochondrial / 39S ribosomal protein L43/54S ribosomal protein L51 / Ribosomal protein L47, mitochondrial / MRP-L47 superfamily, mitochondrial / Mitochondrial 39-S ribosomal protein L47 (MRP-L47) / Phosphatidylethanolamine-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性

GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / SPERMINE / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS12m / 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial isoform 1 / Small ribosomal subunit protein mS25 / 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL3m / Small ribosomal subunit protein uS7m / Mitochondrial ribosomal protein S11 / Large ribosomal subunit protein mL62 / 28S ribosomal protein S21, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein bL28m / 39S ribosomal protein L20, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein bL33m / Large ribosomal subunit protein mL64 / Large ribosomal subunit protein bL34m / Mitochondrial ribosomal protein L2 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein L12 / Mitochondrial ribosomal protein S34 / Mitochondrial ribosomal protein L41 / Mitochondrial ribosomal protein L4 / Small ribosomal subunit protein mS38 / Large ribosomal subunit protein mL51 / Large ribosomal subunit protein mL37 / Mitochondrial ribosomal protein L57 / Large ribosomal subunit protein mL42 / 39S ribosomal protein L48, mitochondrial / Large ribosomal subunit protein uL23m / Small ribosomal subunit protein bS16m / 39S ribosomal protein L11, mitochondrial isoform a / 39S ribosomal protein L16, mitochondrial / 39S ribosomal protein L54, mitochondrial / 39S ribosomal protein S30, mitochondrial / 39S ribosomal protein L10, mitochondrial isoform a / Small ribosomal subunit protein mS31 / Ribosomal protein / TGS domain-containing protein / 39S ribosomal protein L49, mitochondrial / Uncharacterized protein / 28S ribosomal protein S15, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S18A / Large ribosomal subunit protein mL40 / Mitochondrial ribosomal protein S27 / Large ribosomal subunit protein uL15m / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Large ribosomal subunit protein uL24m / Mitochondrial ribosomal protein S17 / Large ribosomal subunit protein bL17m / Large ribosomal subunit protein uL22m / 39S ribosomal protein L27, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein uS10m / Large ribosomal subunit protein mL38 / Large ribosomal subunit protein bL21m / 28S ribosomal protein S2, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein mS33 / Large ribosomal subunit protein mL43 / Large ribosomal subunit protein mL52 / 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1 / Large ribosomal subunit protein uL29m / Large ribosomal subunit protein mL44 / Large ribosomal subunit protein mL46 / Large ribosomal subunit protein uL30m / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1 / Small ribosomal subunit protein uS5m / Small ribosomal subunit protein mS39 / Large ribosomal subunit protein bL35m / Large ribosomal subunit protein mL50 / Mitochondrial ribosomal protein L55 / Mitochondrial ribosomal protein S6 / Large ribosomal subunit protein mL45 / Large ribosomal subunit protein bL19m / Large ribosomal subunit protein bL9m / Small ribosomal subunit protein mS29 / Large ribosomal subunit protein bL32m / 28S ribosomal protein S9, mitochondrial / 39S ribosomal protein L13, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS40 / Ribosome-recycling factor, mitochondrial
類似検索 - 構成要素

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Sus scrofa (ブタ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å

データ登録者

Kummer, E. / Schubert, K. / Ban, N.

資金援助

スイス, 2件

引用

ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Structural basis of translation termination, rescue, and recycling in mammalian mitochondria.
著者: Eva Kummer / Katharina Noel Schubert / Tanja Schoenhut / Alain Scaiola / Nenad Ban /

要旨: The mitochondrial translation system originates from a bacterial ancestor but has substantially diverged in the course of evolution. Here, we use single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) as ...

履歴

登録	2021年3月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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関連構造データ

関連構造データ	12568MC 12527C 12529C 12567C 12569C 7nqhC 7nqlC 7nshC 7nsjC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
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キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
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クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
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シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
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カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#145 - 2012年1月
伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping)
類似性 (1)
#201 - 2016年9月
イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase)
類似性 (1)

登録構造単位

B0: 39S ribosomal protein L27, mitochondrial

B1: 39S ribosomal protein L28, mitochondrial

B2: Mitochondrial ribosomal protein L47

B3: 39S ribosomal protein L30, mitochondrial

B4: Mitochondrial ribosomal protein L55

B5: bL32m

B6: 39S ribosomal protein L33, mitochondrial

BB: CP tRNAPhe

B7: 39S ribosomal protein L34, mitochondrial

BD: Ribosomal_L2_C domain-containing protein

BE: ICT1

BF: Mitochondrial ribosomal protein L4

BG: Ribosome-recycling factor, mitochondrial

BI: 39S ribosomal protein L9, mitochondrial

BJ: 39S ribosomal protein L10, mitochondrial isoform a

BK: 39S ribosomal protein L11, mitochondrial isoform a

BN: 39S ribosomal protein L13, mitochondrial

BO: uL14m

BP: 39S ribosomal protein L15, mitochondrial

BQ: 39S ribosomal protein L16, mitochondrial

BR: 39S ribosomal protein L17, mitochondrial

BS: 39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1

BT: 39S ribosomal protein L19, mitochondrial

BU: 39S ribosomal protein L20, mitochondrial isoform 1

BV: 39S ribosomal protein L21, mitochondrial isoform d

BW: 39S ribosomal protein L22, mitochondrial

BX: 39S ribosomal protein L23, mitochondrial

BY: 39S ribosomal protein L24, mitochondrial isoform X1

Ba: 39S ribosomal protein L37, mitochondrial

Bb: 39S ribosomal protein L38, mitochondrial

Bc: TGS domain-containing protein

Bd: Mitochondrial ribosomal protein L40

Be: Mitochondrial ribosomal protein L41

Bf: mL42

Bg: 39S ribosomal protein L43, mitochondrial isoform X2

B8: 39S ribosomal protein L35, mitochondrial

Bh: 39S ribosomal protein L44, mitochondrial

Bi: Mitochondrial ribosomal protein L45

Bj: 39S ribosomal protein L46, mitochondrial

Bk: 39S ribosomal protein L48, mitochondrial

Bl: 39S ribosomal protein L49, mitochondrial

Bm: 39S ribosomal protein L50, mitochondrial

Bn: 39S ribosomal protein L51, mitochondrial

Bo: 39S ribosomal protein L52, mitochondrial

Bp: mL53

Bq: 39S ribosomal protein L54, mitochondrial

Bt: Mitochondrial ribosomal protein L57

Bu: Mitochondrial ribosomal protein L58

Bv: 39S ribosomal protein L59, mitochondrial

Bw: 39S ribosomal protein S30, mitochondrial

Bx: Mitochondrial ribosomal protein S18A

AA: 12S rRNA

B9: Ribosomal protein

AV: tRNA (P/E)

AX: mRNA

BA: 16S rRNA

AB: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial

AC: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial

AE: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial isoform X2

AF: Mitochondrial ribosomal protein S6

AG: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial

AI: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial

AJ: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial

AK: Mitochondrial ribosomal protein S11

AL: Mitoribosomal protein us12m, mrps12

AN: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial

AO: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial

AP: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial

AQ: uS17m

AR: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial isoform 1

AU: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial

AZ: unknown

Aa: Mitochondrial ribosomal protein S22

Ab: Mitochondrial ribosomal protein S23

Ac: Interferon alpha-inducible protein 6

Ad: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial

Ae: Mitochondrial ribosomal protein S27

Af: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial

Ag: Death associated protein 3

Ah: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial

Ai: Mitochondrial ribosomal protein S33

Aj: Mitochondrial ribosomal protein S34

Ak: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1

Am: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1

An: Aurora kinase A interacting protein 1

Ao: Pentatricopeptide repeat domain 3,Pentatricopeptide repeat domain 3,mS39,Pentatricopeptide repeat domain 3,Pentatricopeptide repeat domain 3

Ap: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial

CL: Mitochondrial ribosomal protein L12

DL: Mitochondrial ribosomal protein L12

EL: Mitochondrial ribosomal protein L12

FL: Mitochondrial ribosomal protein L12

GL: Mitochondrial ribosomal protein L12

HL: Mitochondrial ribosomal protein L12

ヘテロ分子

3.1 MDa, 93 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: microscopy

+
39S ribosomal protein ... , 33種, 33分子 B0B1B3B6B7BIBJBKBNBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBaBbBgB8BhBjBkBlBmBnBo...

#1: タンパク質	39S ribosomal protein L27, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L27 分子量: 15943.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RT79
#2: タンパク質	39S ribosomal protein L28, mitochondrial 分子量: 30148.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZTW8
#4: タンパク質	39S ribosomal protein L30, mitochondrial 分子量: 18921.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1STE5
#7: タンパク質	39S ribosomal protein L33, mitochondrial 分子量: 7508.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZU68
#9: タンパク質	39S ribosomal protein L34, mitochondrial 分子量: 10871.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287A119
#14: タンパク質	39S ribosomal protein L9, mitochondrial 分子量: 30373.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LR45
#15: タンパク質	39S ribosomal protein L10, mitochondrial isoform a 分子量: 29449.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480VPY3
#16: タンパク質	39S ribosomal protein L11, mitochondrial isoform a 分子量: 20809.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480KRD0
#17: タンパク質	39S ribosomal protein L13, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L13 分子量: 20633.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: K7GP19
#19: タンパク質	39S ribosomal protein L15, mitochondrial 分子量: 33481.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A5G2RG26
#20: タンパク質	39S ribosomal protein L16, mitochondrial 分子量: 28680.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480MAF3
#21: タンパク質	39S ribosomal protein L17, mitochondrial 分子量: 19268.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RMQ4
#22: タンパク質	39S ribosomal protein L18, mitochondrial isoform 1 / ICT1 / Mitochondrial ribosomal protein L18 分子量: 20582.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0R4J8D5
#23: タンパク質	39S ribosomal protein L19, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L19 分子量: 33441.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LNJ0
#24: タンパク質	39S ribosomal protein L20, mitochondrial isoform 1 / Mitochondrial ribosomal protein L20 分子量: 17554.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZU56
#25: タンパク質	39S ribosomal protein L21, mitochondrial isoform d 分子量: 23154.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RY70
#26: タンパク質	39S ribosomal protein L22, mitochondrial 分子量: 24313.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RQC9
#27: タンパク質	39S ribosomal protein L23, mitochondrial 分子量: 17643.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480JJI1
#28: タンパク質	39S ribosomal protein L24, mitochondrial isoform X1 / Mitochondrial ribosomal protein L24 分子量: 24893.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RHJ1
#29: タンパク質	39S ribosomal protein L37, mitochondrial / 39S ribosomal protein L37 / mitochondrial isoform 2 / Mitochondrial ribosomal protein L37 分子量: 47917.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BIV6
#30: タンパク質	39S ribosomal protein L38, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L38 分子量: 44656.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RW03
#35: タンパク質	39S ribosomal protein L43, mitochondrial isoform X2 / Mitochondrial ribosomal protein L43 分子量: 17728.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S8U4
#36: タンパク質	39S ribosomal protein L35, mitochondrial 分子量: 21548.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SVC5
#37: タンパク質	39S ribosomal protein L44, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein L44 分子量: 37527.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SR64
#39: タンパク質	39S ribosomal protein L46, mitochondrial 分子量: 32215.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SRT0
#40: タンパク質	39S ribosomal protein L48, mitochondrial / 39S ribosomal protein L48 / mitochondrial isoform 1 / Mitochondrial ribosomal protein L48 分子量: 29942.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480J9Z6
#41: タンパク質	39S ribosomal protein L49, mitochondrial 分子量: 18957.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1V1G7
#42: タンパク質	39S ribosomal protein L50, mitochondrial 分子量: 22785.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3L9H6
#43: タンパク質	39S ribosomal protein L51, mitochondrial 分子量: 15249.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BE26
#44: タンパク質	39S ribosomal protein L52, mitochondrial 分子量: 13813.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S9B7
#46: タンパク質	39S ribosomal protein L54, mitochondrial 分子量: 15957.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480PHA9
#49: タンパク質	39S ribosomal protein L59, mitochondrial / Growth arrest and DNA damage-inducible proteins-interacting protein 1 分子量: 25815.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZXA6
#50: タンパク質	39S ribosomal protein S30, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S30 分子量: 49100.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480QIM3

-
Mitochondrial ribosomal protein ... , 17種, 22分子 B2B4BFBdBeBiBtBuBxAFAKAaAbAeAiAjCLDLELFLGLHL

#3: タンパク質	Mitochondrial ribosomal protein L47 分子量: 30085.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SGC7
#5: タンパク質	Mitochondrial ribosomal protein L55 分子量: 15156.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3L9J0
#12: タンパク質	Mitochondrial ribosomal protein L4 分子量: 33251.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287B2W3
#32: タンパク質	Mitochondrial ribosomal protein L40 分子量: 24075.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A5G2R2V2
#33: タンパク質	Mitochondrial ribosomal protein L41 分子量: 15073.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AWS0
#38: タンパク質	Mitochondrial ribosomal protein L45 分子量: 35331.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGM5
#47: タンパク質	Mitochondrial ribosomal protein L57 分子量: 12001.915 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BP93
#48: タンパク質	Mitochondrial ribosomal protein L58 / Peptidyl-tRNA hydrolase ICT1 / mitochondrial / mitochondrial isoform 1 分子量: 23545.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZJR2
#51: タンパク質	Mitochondrial ribosomal protein S18A 分子量: 22273.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A5G2R1G5
#60: タンパク質	Mitochondrial ribosomal protein S6 分子量: 30365.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LEJ9
#64: タンパク質	Mitochondrial ribosomal protein S11 分子量: 20841.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZJJ6
#73: タンパク質	Mitochondrial ribosomal protein S22 分子量: 43234.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AQT5
#74: タンパク質	Mitochondrial ribosomal protein S23 分子量: 21666.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A5G2RMZ2
#77: タンパク質	Mitochondrial ribosomal protein S27 分子量: 51945.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A5G2R5D6
#81: タンパク質	Mitochondrial ribosomal protein S33 分子量: 12544.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S8G3
#82: タンパク質	Mitochondrial ribosomal protein S34 分子量: 25843.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AVS9
#88: タンパク質	Mitochondrial ribosomal protein L12 分子量: 21268.975 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ARV8

-
タンパク質 , 16種, 16分子 B5BDBEBGBOBcBfBpB9ALAQAcAgAmAnAo

#6: タンパク質	bL32m 分子量: 21537.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LTC4
#10: タンパク質	Ribosomal_L2_C domain-containing protein 分子量: 33270.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287A143
#11: タンパク質	ICT1 / Mitochondrial ribosomal protein L3 分子量: 43708.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A140UHW4
#13: タンパク質	Ribosome-recycling factor, mitochondrial / RRF / Ribosome-releasing factor / mitochondrial 分子量: 28689.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MRRF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96E11
#18: タンパク質	uL14m 分子量: 15955.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1V5Y7
#31: タンパク質	TGS domain-containing protein 分子量: 38523.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UDR3
#34: タンパク質	mL42 分子量: 16680.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BQA1
#45: タンパク質	mL53 分子量: 12015.747 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#53: タンパク質	Ribosomal protein 分子量: 10841.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1THS9
#65: タンパク質	Mitoribosomal protein us12m, mrps12 分子量: 15257.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL52
#69: タンパク質	uS17m 分子量: 14452.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RIU0
#75: タンパク質	Interferon alpha-inducible protein 6 / Mitochondrial ribosomal protein S25 / Mitoribosomal protein ms25 / mrps25 分子量: 19954.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL55
#79: タンパク質	Death associated protein 3 分子量: 46966.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LS10
#84: タンパク質	Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain containing 1 分子量: 13561.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SU49
#85: タンパク質	Aurora kinase A interacting protein 1 分子量: 22843.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287B3R8
#86: タンパク質	Pentatricopeptide repeat domain 3,Pentatricopeptide repeat domain 3,mS39,Pentatricopeptide repeat domain 3,Pentatricopeptide repeat domain 3 分子量: 76524.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SVC4

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 BBAAAVAXBA

#8: RNA鎖	CP tRNAPhe 分子量: 23402.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: GenBank: 45826169
#52: RNA鎖	12S rRNA 分子量: 308989.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: GenBank: 11055671
#54: RNA鎖	tRNA (P/E) 分子量: 21713.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#55: RNA鎖	mRNA 分子量: 1485.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#56: RNA鎖	16S rRNA 分子量: 504852.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: GenBank: 33320725

-
28S ribosomal protein ... , 16種, 16分子 ABACAEAGAIAJANAOAPARAUAdAfAhAkAp

#57: タンパク質	28S ribosomal protein S2, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S2 分子量: 31731.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S001
#58: タンパク質	28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S24 分子量: 18935.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ANU4
#59: タンパク質	28S ribosomal protein S5, mitochondrial isoform X2 / Mitochondrial ribosomal protein S5 分子量: 48213.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SU66
#61: タンパク質	28S ribosomal protein S7, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S7 分子量: 28150.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZJ25
#62: タンパク質	28S ribosomal protein S9, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S9 分子量: 45604.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LU08
#63: タンパク質	28S ribosomal protein S10, mitochondrial 分子量: 23105.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RUU2
#66: タンパク質	28S ribosomal protein S14, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S14 / Mitoribosomal protein us14m / mrps14 分子量: 15120.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL53
#67: タンパク質	28S ribosomal protein S15, mitochondrial 分子量: 27411.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VVY1
#68: タンパク質	28S ribosomal protein S16, mitochondrial 分子量: 15182.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480JTD7
#70: タンパク質	28S ribosomal protein S18c, mitochondrial isoform 1 / Mitoribosomal protein bs18m / mrps18c 分子量: 16211.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL54
#71: タンパク質	28S ribosomal protein S21, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S21 分子量: 10682.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZNB3
#76: タンパク質	28S ribosomal protein S26, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S26 分子量: 23637.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S8A5
#78: タンパク質	28S ribosomal protein S28, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein S28 / Mitoribosomal protein ms28 / mrps28 分子量: 21014.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A0M3KL56
#80: タンパク質	28S ribosomal protein S31, mitochondrial 分子量: 44091.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1SQW0
#83: タンパク質	28S ribosomal protein S35, mitochondrial isoform 1 分子量: 37104.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SG95
#87: タンパク質	28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / MRP-S18-b / Mrps18-b / S18mt-b / 28S ribosomal protein S18-2 / mitochondrial / MRP-S18-2 分子量: 29220.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q767K8

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 AZ

#72: タンパク質・ペプチド	unknown 分子量: 1549.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: unknown polypeptide modeled as poly-alanine / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)

-
非ポリマー , 6種, 341分子

#89: 化合物	... ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#90: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#91: 化合物	ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン分子量: 202.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₆N₄
#92: 化合物	ChemComp-5GP / GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / GMP 分子量: 363.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₈P
#93: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#94: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

ID	名称	タイプ	Entity ID	Parent-ID	由来
1	55S mammalian mitochondrial ribosome with mtRRF (pre) and tRNA(P/E)	RIBOSOME	#1-#88	0	MULTIPLE SOURCES
2	55S mammalian mitochondrial ribosome	RIBOSOME	#1-#12, #14-#88	1	NATURAL
3	Ribosome-recycling factor, mitochondrial	RIBOSOME	#13	1	RECOMBINANT

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
1	2	Sus scrofa (ブタ)	9823
2	3	Homo sapiens (ヒト)	9606

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌)

緩衝液

pH: 7.6

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

-
解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15545 / 対称性のタイプ: POINT

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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