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- PDB-7nb6: Structure of the autoinducer-2 exporter TqsA from E. coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nb6
タイトルStructure of the autoinducer-2 exporter TqsA from E. coli
要素AI-2 transport protein TqsA
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cryo-EM / membrane protein / autoinducer-2 exporter / quorum sensing / pentamer / protein oligomerization
機能・相同性autoinducer AI-2 transmembrane transport / Transmembrane protein TqsA-like / AI-2E family transporter / quorum sensing / plasma membrane => GO:0005886 / efflux transmembrane transporter activity / transmembrane transport / AI-2 transport protein TqsA
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Khera, R. / Xie, H. / Michel, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures of pentameric autoinducer-2 exporter from Escherichia coli reveal its transport mechanism.
著者: Radhika Khera / Ahmad R Mehdipour / Jani R Bolla / Joerg Kahnt / Sonja Welsch / Ulrich Ermler / Cornelia Muenke / Carol V Robinson / Gerhard Hummer / Hao Xie / Hartmut Michel /
要旨: Bacteria utilize small extracellular molecules to communicate in order to collectively coordinate their behaviors in response to the population density. Autoinducer-2 (AI-2), a universal molecule for ...Bacteria utilize small extracellular molecules to communicate in order to collectively coordinate their behaviors in response to the population density. Autoinducer-2 (AI-2), a universal molecule for both intra- and inter-species communication, is involved in the regulation of biofilm formation, virulence, motility, chemotaxis, and antibiotic resistance. While many studies have been devoted to understanding the biosynthesis and sensing of AI-2, very little information is available on its export. The protein TqsA from Escherichia coli, which belongs to the AI-2 exporter superfamily, has been shown to export AI-2. Here, we report the cryogenic electron microscopic structures of two AI-2 exporters (TqsA and YdiK) from E. coli at 3.35 Å and 2.80 Å resolutions, respectively. Our structures suggest that the AI-2 exporter exists as a homo-pentameric complex. In silico molecular docking and native mass spectrometry experiments were employed to demonstrate the interaction between AI-2 and TqsA, and the results highlight the functional importance of two helical hairpins in substrate binding. We propose that each monomer works as an independent functional unit utilizing an elevator-type transport mechanism.
履歴
登録2021年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AI-2 transport protein TqsA
B: AI-2 transport protein TqsA
C: AI-2 transport protein TqsA
D: AI-2 transport protein TqsA
E: AI-2 transport protein TqsA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,8185
ポリマ－187,8185
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "E"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "A"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALALEUE1 - 340
d_21ens_1ALALEUB1 - 340
d_31ens_1ALALEUC1 - 340
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d_51ens_1ALALEUA1 - 340

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.802343908963, 0.596857923809, 0.0022069290059), (-0.596860125009, -0.802345176244, -0.000457528340442), (0.00149763942684, -0.00168432299948, 0.999997460063)161.174803784, 321.656173495, 0.000911185184322
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4given(0.315792288742, 0.948811297279, -0.0056879281982), (-0.948822439266, 0.31580580123, 0.00163543690107), (0.00334800172969, 0.00488037554531, 0.999982486256)-34.8698140716, 218.552950845, -1.18620769705

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要素

#1: タンパク質
AI-2 transport protein TqsA / Transport of quorum-sensing signal protein


分子量: 37563.543 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: tqsA, ydgG, b1601, JW1593 / プラスミド: pBADC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: P0AFS5

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pentameric TqsA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.187 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pBADC3
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50 mM Tris (pH 7.5), 150 mM NaCl and 0.006% GDN
試料濃度: 3.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Its a membrane protein and for purification, glyco-diosgenin was used.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: blot time 4 s, blot force +20

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 80 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5452
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO1.5.0粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1218552
対称性点対称性: C5 (5回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 141366 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 109.91 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0113270
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.94918130
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d25.7511790
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.052345
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052180
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2EELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000700365210545
ens_1d_3EELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000708454927567
ens_1d_4EELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0621710737721
ens_1d_5EELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000702091469195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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