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- PDB-7n6g: C1 of central pair -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n6g
タイトルC1 of central pair
要素
  • (Unknown protein) x 15
  • CPC1
  • Calmodulin
  • DPY30
  • FAP101
  • FAP108
  • FAP114
  • FAP119
  • FAP15
  • FAP194
  • FAP216
  • FAP227
  • FAP246
  • FAP275
  • FAP279
  • FAP289
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  • FAP81
  • FAP92
  • FAP99
  • HTH_9 domain-containing protein
  • HYDIN
  • Heat shock protein 70A
  • PF16
  • PF6
  • Phosphopyruvate hydratase
  • Tubulin alpha
  • Tubulin beta
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / central pair
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal central apparatus / axonemal central pair projection / : / axonemal central apparatus assembly / organelle / establishment of meiotic spindle localization / cilium movement involved in cell motility / cilium movement / axoneme assembly / guanylate kinase activity ...axonemal central apparatus / axonemal central pair projection / : / axonemal central apparatus assembly / organelle / establishment of meiotic spindle localization / cilium movement involved in cell motility / cilium movement / axoneme assembly / guanylate kinase activity / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / MLL3/4 complex / Set1C/COMPASS complex / motile cilium / spindle organization / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / axoneme / chaperone cofactor-dependent protein refolding / microtubule-based process / cilium assembly / subtelomeric heterochromatin formation / enzyme regulator activity / protein folding chaperone / heat shock protein binding / tubulin binding / glycolytic process / ATP-dependent protein folding chaperone / electron transport chain / cilium / structural constituent of cytoskeleton / spindle pole / microtubule cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / mitotic cell cycle / protein refolding / microtubule binding / microtubule / chromosome, telomeric region / cytoskeleton / calmodulin binding / hydrolase activity / negative regulation of cell population proliferation / nucleotide binding / GTPase activity / calcium ion binding / GTP binding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sperm-associated antigen 17 / Cilia- and flagella-associated protein 54 / Domain of unknown function DUF4456 / Domain of unknown function DUF4455 / Primary ciliary dyskinesia protein 1 / Flagellar C1a complex subunit C1a-32 / Deleted in lung and esophageal cancer protein 1 / Cilia- and flagella-associated protein 99 / Cilia- and flagella-associated protein 46 / Leucine-rich repeat-containing protein 72 ...Sperm-associated antigen 17 / Cilia- and flagella-associated protein 54 / Domain of unknown function DUF4456 / Domain of unknown function DUF4455 / Primary ciliary dyskinesia protein 1 / Flagellar C1a complex subunit C1a-32 / Deleted in lung and esophageal cancer protein 1 / Cilia- and flagella-associated protein 99 / Cilia- and flagella-associated protein 46 / Leucine-rich repeat-containing protein 72 / : / : / : / : / : / : / : / Domain of unknown function (DUF4455) / Domain of unknown function (DUF4456) / Flagellar C1a complex subunit C1a-32 / Cilia- and flagella-associated protein 54 / Flagellar-associated PapD-like / Cilia- and flagella-associated protein 69, ARM repeat / Androglobin, domain II / FAP42 domain B2 / FAP42 domain B3 / CPC1/SPEF2 domain D5 / Hydrocephalus-inducing-like / CH-like domain in sperm protein / CH-like domain in sperm protein / : / HYDIN/CFA65/VesB-like, Ig-like domain / Sdc1/DPY30 / Adenylate kinase, active site lid domain superfamily / Dpy-30 motif / Dpy-30 motif / Peptidase C2, calpain, catalytic domain / Cysteine proteinase, calpain-type, catalytic domain profile. / Calpain-like thiol protease family. / Calpain family cysteine protease / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / : / : / MORN motif / MORN repeat / Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / RNA polymerase III subunit RPC82-related, helix-turn-helix / RNA polymerase III subunit RPC82 helix-turn-helix domain / Transglutaminase/protease-like homologues / Transglutaminase-like / Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Leucine-rich repeat / IQ calmodulin-binding motif / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Heat shock hsp70 proteins family signature 2. / Heat shock hsp70 proteins family signature 1. / Heat shock hsp70 proteins family signature 3. / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Heat shock protein 70, conserved site / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / Heat shock protein 70kD, peptide-binding domain superfamily / Heat shock protein 70 family / Hsp70 protein / Heat shock protein 70kD, C-terminal domain superfamily / Calponin homology domain / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Calponin homology (CH) domain / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / IQ motif, EF-hand binding site / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / Calcineurin-like phosphoesterase / IQ motif profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeats
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Uncharacterized protein / Calponin-homology (CH) domain-containing protein / EF-hand domain-containing protein / Uncharacterized protein / adenylate kinase / Flagellar associated protein / HTH_9 domain-containing protein / Spermatogenesis-associated protein 17 ...GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Uncharacterized protein / Calponin-homology (CH) domain-containing protein / EF-hand domain-containing protein / Uncharacterized protein / adenylate kinase / Flagellar associated protein / HTH_9 domain-containing protein / Spermatogenesis-associated protein 17 / Flagellar associated protein / Sperm-associated antigen 6 / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / Cilia- and flagella-associated protein 69 ARM repeats domain-containing protein / HYDIN/VesB/CFA65-like Ig-like domain-containing protein / Minichromosome loss protein Mcl1 middle region domain-containing protein / Cilia- and flagella-associated protein 46 / Calmodulin / Cilia- and flagella-associated protein 99 / Uncharacterized protein / Subunit of chromatin modifying protein / Cilia- and flagella-associated protein 54 / Uncharacterized protein / Flagellar associated coiled-coil protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / phosphopyruvate hydratase / Cilia- and flagella-associated protein 74 / Tubulin beta-1/beta-2 chain / Tubulin alpha-1 chain / Central apparatus associated protein C1a-86 / Central apparatus associated protein C1a-34 / Central apparatus associated protein C1a-32 / Central apparatus associated protein C1a-18 / Central pair complex 1 / PF6 protein / Serine/threonine-protein phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Han, L. / Zhang, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of an active central apparatus.
著者: Long Han / Qinhui Rao / Renbin Yang / Yue Wang / Pengxin Chai / Yong Xiong / Kai Zhang /
要旨: Accurately regulated ciliary beating in time and space is critical for diverse cellular activities, which impact the survival and development of nearly all eukaryotic species. An essential beating ...Accurately regulated ciliary beating in time and space is critical for diverse cellular activities, which impact the survival and development of nearly all eukaryotic species. An essential beating regulator is the conserved central apparatus (CA) of motile cilia, composed of a pair of microtubules (C1 and C2) associated with hundreds of protein subunits per repeating unit. It is largely unclear how the CA plays its regulatory roles in ciliary motility. Here, we present high-resolution structures of Chlamydomonas reinhardtii CA by cryo-electron microscopy (cryo-EM) and its dynamic conformational behavior at multiple scales. The structures show how functionally related projection proteins of CA are clustered onto a spring-shaped scaffold of armadillo-repeat proteins, facilitated by elongated rachis-like proteins. The two halves of the CA are brought together by elastic chain-like bridge proteins to achieve coordinated activities. We captured an array of kinesin-like protein (KLP1) in two different stepping states, which are actively correlated with beating wave propagation of cilia. These findings establish a structural framework for understanding the role of the CA in cilia.
履歴
登録2021年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
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5P: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,146,022368
ポリマ－16,095,770264
非ポリマー50,252104
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 49種, 260分子 0A0B0C0D0E0F0G0L0M0N0O0P0Q0R0S0T0U0V0X0Y0Z1A1B1C0H0J0W0I0K1D...

#1: タンパク質 ...
PF16


分子量: 54710.590 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DEG1
#2: タンパク質
FAP194


分子量: 57764.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D452
#3: タンパク質 FAP69


分子量: 114362.844 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DWV9
#4: タンパク質 HYDIN


分子量: 425814.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3E6E5
#5: タンパク質 FAP47 / Calponin-homology (CH) domain-containing protein


分子量: 319999.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CP55
#6: タンパク質 FAP46 / Cilia- and flagella-associated protein 46


分子量: 289610.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8ICS9
#7: タンパク質 FAP54 / Flagella-associated protein 54


分子量: 332696.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J666
#8: タンパク質 HTH_9 domain-containing protein


分子量: 109413.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D8D9
#9: タンパク質 FAP297


分子量: 99187.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3E6N2
#10: タンパク質 FAP108


分子量: 47789.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DQN7
#11: タンパク質 FAP76


分子量: 172707.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DDV4
#12: タンパク質 ...
Tubulin beta / Tubulin beta-1/beta-2 chain / Beta-tubulin


分子量: 49665.809 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P04690
#13: タンパク質 ...
Tubulin alpha / Tubulin alpha-1 chain


分子量: 49638.008 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P09204
#14: タンパク質 FAP275 / Flagellar associated protein


分子量: 18171.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J870
#15: タンパク質 Unknown protein


分子量: 16698.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: cc124
#16: タンパク質 Unknown protein


分子量: 9209.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: cc124
#17: タンパク質 Unknown protein


分子量: 8528.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: cc124
#18: タンパク質 Unknown protein


分子量: 4613.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: cc124
#20: タンパク質 Unknown protein


分子量: 4443.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: cc124
#22: タンパク質 Unknown protein


分子量: 9039.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: cc124
#23: タンパク質 Unknown protein


分子量: 9379.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: cc124
#24: タンパク質
FAP289 / Flagellar associated coiled-coil protein


分子量: 46325.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JCZ9
#25: タンパク質 Unknown protein


分子量: 14230.525 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: cc124
#26: タンパク質 Unknown protein


分子量: 5549.833 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: cc124
#28: タンパク質 FAP216 / Flagellar associated protein


分子量: 79183.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JGM3
#29: タンパク質 FAP92


分子量: 153728.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CZ11
#30: タンパク質 FAP99 / Cilia- and flagella-associated protein 99


分子量: 90340.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IUG5
#31: タンパク質 FAP74 / Flagella-associated protein 74 / Cilia- and flagella-associated protein 74


分子量: 204036.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: D4P3R7
#32: タンパク質 FAP360


分子量: 80773.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CMR7
#33: タンパク質 FAP279


分子量: 43267.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DN67
#34: タンパク質
FAP7 / Flagella associated protein


分子量: 54721.914 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IVW2
#35: タンパク質 FAP81


分子量: 234483.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DQM4
#36: タンパク質 FAP15 / Serine/threonine-protein phosphatase


分子量: 34888.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q9XGU3, protein-serine/threonine phosphatase
#37: タンパク質
PF6 / PF6 protein / Flagellar central pair-associated protein


分子量: 237723.016 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q9ATK5
#38: タンパク質
DPY30 / Subunit of chromatin modifying protein


分子量: 11494.096 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8J1X7
#39: タンパク質 FAP305


分子量: 47031.668 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D8V0
#40: タンパク質 FAP101 / Central apparatus associated protein C1a-86


分子量: 85796.789 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q45QX3
#41: タンパク質
FAP227 / Central apparatus associated protein C1a-18


分子量: 19550.742 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q45QX6
#42: タンパク質
FAP114 / Flagellar associated protein C1a-32 / Central apparatus associated protein C1a-32


分子量: 31575.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q45QX5
#43: タンパク質
FAP119 / Flagellar associated protein / Central apparatus associated protein C1a-34


分子量: 33850.367 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q45QX4
#44: タンパク質
Calmodulin


分子量: 18317.215 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8IDP6
#45: タンパク質 Unknown protein


分子量: 11677.386 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: cc124
#46: タンパク質 Unknown protein


分子量: 15926.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: cc124
#47: タンパク質 CPC1 / Adenylate kinase


分子量: 205400.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q6J4H1, adenylate kinase
#48: タンパク質 FAP246


分子量: 120452.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CXT1
#49: タンパク質
Phosphopyruvate hydratase


分子量: 51664.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JH98, phosphopyruvate hydratase
#50: タンパク質 Heat shock protein 70A


分子量: 71303.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JEU4, EC: 3.6.1.3
#51: タンパク質 FAP42 / Adenylate kinase


分子量: 269172.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D425, adenylate kinase
#52: タンパク質 Unknown protein


分子量: 7782.416 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: cc124

-
タンパク質・ペプチド , 3種, 4分子 2M2O3A3B

#19: タンパク質・ペプチド Unknown protein


分子量: 1549.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: cc124
#21: タンパク質・ペプチド Unknown protein


分子量: 4017.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: cc124
#27: タンパク質・ペプチド Unknown protein


分子量: 3081.790 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: cc124

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非ポリマー , 2種, 104分子

#53: 化合物...
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#54: 化合物...
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: C1 microtubule and its associated projection of central pair
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#52 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: cc124
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 38.6 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.17_3644精密化
PHENIX1.17_3644精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 190727 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 103.11 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0084808568
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.95991099094
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.057125276
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062144707
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.5349115317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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