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万見
- PDB-7n61: structure of C2 projections and MIPs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n61
タイトルstructure of C2 projections and MIPs
要素
  • (Unassigned protein- ...) x 6
  • FAP147
  • FAP178
  • FAP196
  • FAP213
  • FAP225
  • FAP239
  • FAP65
  • FAP70
  • Flagellar WD repeat-containing protein Pf20
  • Kinesin-like protein
  • Tubulin alpha
  • Tubulin beta
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / central pair apparatus / C2 projection / kinesin motor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal central apparatus / sperm axoneme assembly / cilium movement / axoneme assembly / motile cilium / microtubule motor activity / kinesin complex / microtubule-based movement / regulation of cytoskeleton organization / axoneme ...axonemal central apparatus / sperm axoneme assembly / cilium movement / axoneme assembly / motile cilium / microtubule motor activity / kinesin complex / microtubule-based movement / regulation of cytoskeleton organization / axoneme / cilium assembly / sperm flagellum / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / calcium ion binding / GTP binding / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MYCBP-associated protein / Protein FAM228 / MYCBP-associated protein family / Flagellar-associated PapD-like / CH-like domain in sperm protein / CH-like domain in sperm protein / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain ...MYCBP-associated protein / Protein FAM228 / MYCBP-associated protein family / Flagellar-associated PapD-like / CH-like domain in sperm protein / CH-like domain in sperm protein / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Kinesin motor domain superfamily / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Uncharacterized protein / Calponin-homology (CH) domain-containing protein / Cilia- and flagella-associated protein 70 / Abnormal spindle-like microcephaly-associated protein ASH domain-containing protein / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / EF-hand domain-containing protein ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Uncharacterized protein / Calponin-homology (CH) domain-containing protein / Cilia- and flagella-associated protein 70 / Abnormal spindle-like microcephaly-associated protein ASH domain-containing protein / Flagellar associated protein / Flagellar associated protein / EF-hand domain-containing protein / Kinesin-like protein / Flagellar associated protein / Tubulin beta-1/beta-2 chain / Tubulin alpha-1 chain / Flagellar WD repeat-containing protein Pf20
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Han, L. / Zhang, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of an active central apparatus.
著者: Long Han / Qinhui Rao / Renbin Yang / Yue Wang / Pengxin Chai / Yong Xiong / Kai Zhang /
要旨: Accurately regulated ciliary beating in time and space is critical for diverse cellular activities, which impact the survival and development of nearly all eukaryotic species. An essential beating ...Accurately regulated ciliary beating in time and space is critical for diverse cellular activities, which impact the survival and development of nearly all eukaryotic species. An essential beating regulator is the conserved central apparatus (CA) of motile cilia, composed of a pair of microtubules (C1 and C2) associated with hundreds of protein subunits per repeating unit. It is largely unclear how the CA plays its regulatory roles in ciliary motility. Here, we present high-resolution structures of Chlamydomonas reinhardtii CA by cryo-electron microscopy (cryo-EM) and its dynamic conformational behavior at multiple scales. The structures show how functionally related projection proteins of CA are clustered onto a spring-shaped scaffold of armadillo-repeat proteins, facilitated by elongated rachis-like proteins. The two halves of the CA are brought together by elastic chain-like bridge proteins to achieve coordinated activities. We captured an array of kinesin-like protein (KLP1) in two different stepping states, which are actively correlated with beating wave propagation of cilia. These findings establish a structural framework for understanding the role of the CA in cilia.
履歴
登録2021年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0A: Flagellar WD repeat-containing protein Pf20
0B: Flagellar WD repeat-containing protein Pf20
0C: Flagellar WD repeat-containing protein Pf20
0D: Flagellar WD repeat-containing protein Pf20
0E: FAP178
0F: FAP178
0G: FAP178
0H: FAP178
0I: FAP147
0J: FAP147
0K: FAP239
0L: FAP239
0M: FAP225
0N: FAP225
0O: FAP213
0P: FAP213
0Q: FAP196
0S: FAP196
0T: Unassigned protein-1
0U: Unassigned protein-2
0V: Unassigned protein-3
0W: Unassigned protein-4
0X: Kinesin-like protein
0Y: Kinesin-like protein
0Z: Kinesin-like protein
1A: Kinesin-like protein
1B: FAP65
1C: FAP65
1D: FAP70
1E: FAP70
1F: FAP70
1G: FAP70
1H: Unassigned protein-5
1M: Unassigned protein-6
1a: Tubulin beta
1b: Tubulin alpha
1c: Tubulin beta
1d: Tubulin alpha
1e: Tubulin beta
1f: Tubulin alpha
1g: Tubulin beta
1h: Tubulin alpha
2a: Tubulin beta
2b: Tubulin alpha
2c: Tubulin beta
2d: Tubulin alpha
2e: Tubulin beta
2f: Tubulin alpha
2g: Tubulin beta
2h: Tubulin alpha
3a: Tubulin beta
3b: Tubulin alpha
3c: Tubulin beta
3d: Tubulin alpha
3e: Tubulin beta
3f: Tubulin alpha
3g: Tubulin beta
3h: Tubulin alpha
4a: Tubulin beta
4b: Tubulin alpha
4c: Tubulin beta
4d: Tubulin alpha
4e: Tubulin beta
4f: Tubulin alpha
4g: Tubulin beta
4h: Tubulin alpha
5a: Tubulin beta
5b: Tubulin alpha
5c: Tubulin beta
5d: Tubulin alpha
5e: Tubulin beta
5f: Tubulin alpha
5g: Tubulin beta
5h: Tubulin alpha
6a: Tubulin beta
6b: Tubulin alpha
6c: Tubulin beta
6d: Tubulin alpha
6e: Tubulin beta
6f: Tubulin alpha
6g: Tubulin beta
6h: Tubulin alpha
7a: Tubulin beta
7b: Tubulin alpha
7c: Tubulin beta
7d: Tubulin alpha
7e: Tubulin beta
7f: Tubulin alpha
7g: Tubulin beta
7h: Tubulin alpha
8a: Tubulin beta
8b: Tubulin alpha
8c: Tubulin beta
8d: Tubulin alpha
8e: Tubulin beta
8f: Tubulin alpha
8g: Tubulin beta
8h: Tubulin alpha
9a: Tubulin beta
9b: Tubulin alpha
9c: Tubulin beta
9d: Tubulin alpha
9e: Tubulin beta
9f: Tubulin alpha
9g: Tubulin beta
9h: Tubulin alpha
Aa: Tubulin beta
Ab: Tubulin alpha
Ac: Tubulin beta
Ad: Tubulin alpha
Ae: Tubulin beta
Af: Tubulin alpha
Ag: Tubulin beta
Ah: Tubulin alpha
Ba: Tubulin beta
Bb: Tubulin alpha
Bc: Tubulin beta
Bd: Tubulin alpha
Be: Tubulin beta
Bf: Tubulin alpha
Bg: Tubulin beta
Bh: Tubulin alpha
Ca: Tubulin beta
Cb: Tubulin alpha
Cc: Tubulin beta
Cd: Tubulin alpha
Ce: Tubulin beta
Cf: Tubulin alpha
Cg: Tubulin beta
Ch: Tubulin alpha
Da: Tubulin beta
Db: Tubulin alpha
Dc: Tubulin beta
Dd: Tubulin alpha
De: Tubulin beta
Df: Tubulin alpha
Dg: Tubulin beta
Dh: Tubulin alpha
1L: Unassigned protein-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,556,780247
ポリマ－7,504,819139
非ポリマー51,961108
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 12種, 132分子 0A0B0C0D0E0F0G0H0I0J0K0L0M0N0O0P0Q0S0X0Y0Z1A1B1C1D1E1F1G1a1c...

#1: タンパク質
Flagellar WD repeat-containing protein Pf20


分子量: 65929.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P93107
#2: タンパク質
FAP178 / Calponin-homology (CH) domain-containing protein


分子量: 23511.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3D8Z6
#3: タンパク質 FAP147


分子量: 102141.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DUG8
#4: タンパク質 FAP239


分子量: 57734.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DV98
#5: タンパク質 FAP225 / Flagellar associated protein


分子量: 81430.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8HNF2
#6: タンパク質 FAP213 / Flagellar associated protein


分子量: 22262.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8JB78
#7: タンパク質 FAP196 / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein


分子量: 64880.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3CQT7
#12: タンパク質
Kinesin-like protein


分子量: 83108.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8I9T2
#13: タンパク質 FAP65


分子量: 233221.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DLJ2
#14: タンパク質
FAP70


分子量: 111116.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A0A2K3DKW3
#17: タンパク質 ...
Tubulin beta / Tubulin beta-1/beta-2 chain / Beta-tubulin


分子量: 49665.809 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P04690
#18: タンパク質 ...
Tubulin alpha / Tubulin alpha-1 chain


分子量: 49638.008 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P09204

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Unassigned protein- ... , 6種, 7分子 0T0U0V0W1H1M1L

#8: タンパク質 Unassigned protein-1


分子量: 14400.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC124
#9: タンパク質 Unassigned protein-2


分子量: 14485.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC124
#10: タンパク質 Unassigned protein-3


分子量: 13634.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC124
#11: タンパク質・ペプチド Unassigned protein-4


分子量: 3337.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC124
#15: タンパク質 Unassigned protein-5


分子量: 7507.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC124
#16: タンパク質 Unassigned protein-6


分子量: 14826.253 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC124

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非ポリマー , 3種, 108分子

#19: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#20: 化合物...
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#21: 化合物...
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of C2 projections and MIPs / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#18 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: CC124
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 38.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 192253 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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