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- PDB-7n30: Elongating 70S ribosome complex in a hybrid-H2* pre-translocation... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n30
タイトルElongating 70S ribosome complex in a hybrid-H2* pre-translocation (PRE-H2*) conformation
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • (tRNA) x 2
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • Nascent peptide
  • mRNA
キーワードRIBOSOME / Elongation complex / translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / response to reactive oxygen species / transcription antitermination / regulation of cell growth / translational initiation / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 ...Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 1,4-DIAMINOBUTANE / SPERMIDINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 30S ribosomal protein S12 ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 1,4-DIAMINOBUTANE / SPERMIDINE / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 30S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Rundlet, E.J. / Holm, M. / Schacherl, M. / Natchiar, K.S. / Altman, R.B. / Spahn, C.M.T. / Myasnikov, A.G. / Blanchard, S.C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural basis of early translocation events on the ribosome.
著者: Emily J Rundlet / Mikael Holm / Magdalena Schacherl / S Kundhavai Natchiar / Roger B Altman / Christian M T Spahn / Alexander G Myasnikov / Scott C Blanchard /
要旨: Peptide-chain elongation during protein synthesis entails sequential aminoacyl-tRNA selection and translocation reactions that proceed rapidly (2-20 per second) and with a low error rate (around ...Peptide-chain elongation during protein synthesis entails sequential aminoacyl-tRNA selection and translocation reactions that proceed rapidly (2-20 per second) and with a low error rate (around 10 to 10 at each step) over thousands of cycles. The cadence and fidelity of ribosome transit through mRNA templates in discrete codon increments is a paradigm for movement in biological systems that must hold for diverse mRNA and tRNA substrates across domains of life. Here we use single-molecule fluorescence methods to guide the capture of structures of early translocation events on the bacterial ribosome. Our findings reveal that the bacterial GTPase elongation factor G specifically engages spontaneously achieved ribosome conformations while in an active, GTP-bound conformation to unlock and initiate peptidyl-tRNA translocation. These findings suggest that processes intrinsic to the pre-translocation ribosome complex can regulate the rate of protein synthesis, and that energy expenditure is used later in the translocation mechanism than previously proposed.
履歴
登録2021年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • マップデータ: EMDB-24135
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
16: 16S rRNA
SB: 30S ribosomal protein S2
SC: 30S ribosomal protein S3
SD: 30S ribosomal protein S4
SE: 30S ribosomal protein S5
SF: 30S ribosomal protein S6
SG: 30S ribosomal protein S7
SH: 30S ribosomal protein S8
SI: 30S ribosomal protein S9
SJ: 30S ribosomal protein S10
SK: 30S ribosomal protein S11
SL: 30S ribosomal protein S12
SM: 30S ribosomal protein S13
SN: 30S ribosomal protein S14
SO: 30S ribosomal protein S15
SP: 30S ribosomal protein S16
SQ: 30S ribosomal protein S17
SR: 30S ribosomal protein S18
SS: 30S ribosomal protein S19
ST: 30S ribosomal protein S20
SU: 30S ribosomal protein S21
mR: mRNA
23: 23S rRNA
5: 5S rRNA
LB: 50S ribosomal protein L2
LC: 50S ribosomal protein L3
LD: 50S ribosomal protein L4
LE: 50S ribosomal protein L5
LF: 50S ribosomal protein L6
LI: 50S ribosomal protein L9
LM: 50S ribosomal protein L13
LN: 50S ribosomal protein L14
LO: 50S ribosomal protein L15
LP: 50S ribosomal protein L16
LQ: 50S ribosomal protein L17
LR: 50S ribosomal protein L18
LS: 50S ribosomal protein L19
LT: 50S ribosomal protein L20
LU: 50S ribosomal protein L21
LV: 50S ribosomal protein L22
LW: 50S ribosomal protein L23
LX: 50S ribosomal protein L24
LY: 50S ribosomal protein L25
La: 50S ribosomal protein L27
Lb: 50S ribosomal protein L28
Lc: 50S ribosomal protein L29
Ld: 50S ribosomal protein L30
Le: 50S ribosomal protein L31
Lf: 50S ribosomal protein L32
Lg: 50S ribosomal protein L33
Lh: 50S ribosomal protein L34
Li: 50S ribosomal protein L35
Lj: 50S ribosomal protein L36
Pp: Nascent peptide
Pt: tRNA
Dt: tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,216,902370
ポリマ－2,207,07756
非ポリマー9,825314
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: fluorescence resonance energy transfer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 16mR235PtDt

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 497404.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 16S rRNA / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 731469900
#22: RNA鎖 mRNA


分子量: 19128.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#23: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 941811.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600
#24: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: 5S rRNA / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 991970073
#55: RNA鎖 tRNA


分子量: 24718.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant: MRE600 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): MRE600
#56: RNA鎖 tRNA


分子量: 24770.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant: MRE600 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): MRE600

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 SBSCSDSESFSGSHSISJSKSLSMSNSOSPSQSRSSSTSU

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2 / Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein S2 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V0
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3 / Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein S3 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V3
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4 / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 23514.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein S4 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V8
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein S5 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W1
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / Small ribosomal subunit protein bS6


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein S6 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02358
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein S7 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02359
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein S8 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W7
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9 / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein S9 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7X3
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein S10 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R5
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11 / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein S11 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R9
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13814.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein S12 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A4S5B3M5
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13 / Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein S13 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7S9
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14 / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein S14 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG59
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15 / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein S15 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADZ4
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein bS16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein S16 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T3
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein S17 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG63
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein S18 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T7
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein S19 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7U3
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein bS20


分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein S20 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7U7
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein bS21


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein S21 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P68679

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 LBLCLDLELFLILMLNLOLPLQLRLSLTLULVLWLXLYLaLbLcLdLeLfLgLhLiLj

#25: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L2 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60422
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L3 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60438
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L4 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60723
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L5 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P62399
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 18932.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L6 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG55
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L9 / Large ribosomal subunit protein bL9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L9 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R1
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L13 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AA10
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L14 / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L14 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADY3
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L15 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02413
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15327.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L16 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADY7
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / Large ribosomal subunit protein bL17


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L17 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG44
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L18 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0C018
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein bL19


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L19 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7K6
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L20 / Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L20 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7L3
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein bL21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L21 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG48
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L22 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P61175
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L23 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADZ0
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L24 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60624
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / Large ribosomal subunit protein bL25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L25 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P68919
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L27 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7L8
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein bL28


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L28 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7M2
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L29 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7M6
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L30 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG51
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein bL31-A


分子量: 7887.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L31 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7M9
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein bL32


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L32 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7N4
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L33 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7N9
#51: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein bL34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L34 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7P5
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Ribosomal protein A


分子量: 7313.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L35 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7Q1
#53: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein bL36-A / Ribosomal protein B


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ribosomal Protein L36 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7Q6

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 Pp

#54: タンパク質・ペプチド Nascent peptide


分子量: 425.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600

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非ポリマー , 5種, 314分子

#57: 化合物
ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE / プトレシン


分子量: 88.151 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#58: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#59: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#60: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#61: 化合物
ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Elongating 70S ribosome complex in a hybrid-H2* pre-translocation (PRE-H2*) conformation
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#53, #55, #54, #56 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 5.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 87 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 87818 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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