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万見
- PDB-7mud: Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS OMC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mud
タイトルLegionella pneumophila Dot/Icm T4SS OMC
要素
  • DUF2807 domain-containing protein
  • DotC
  • DotD
  • DotF
  • Inner membrane lipoprotein YiaD
  • Neurogenic locus notch
  • Outer membrane protein, OmpA family protein
  • Type IV secretion protein IcmK
  • Unknown protein fragment
キーワードTRANSLOCASE / Dot/Icm / Secretion / T4SS
機能・相同性
機能・相同性情報


Putative auto-transporter adhesin, head GIN domain / Putative auto-transporter adhesin, head GIN domain / Putative type IV secretory system protein / Type IV secretory system, conjugal DNA-protein transfer / DotD protein / DotD superfamily / DotD protein / Putative outer membrane core complex of type IVb secretion / Putative outer membrane core complex of type IVb secretion / OmpA-like domain superfamily ...Putative auto-transporter adhesin, head GIN domain / Putative auto-transporter adhesin, head GIN domain / Putative type IV secretory system protein / Type IV secretory system, conjugal DNA-protein transfer / DotD protein / DotD superfamily / DotD protein / Putative outer membrane core complex of type IVb secretion / Putative outer membrane core complex of type IVb secretion / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / OmpA-like domain profile. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative auto-transporter adhesin head GIN domain-containing protein / Neurogenic locus notch / Type IV secretion protein IcmK / DotD / DotC / LphA (DotK) / DotF / Outer membrane protein, OmpA family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sheedlo, M.J. / Durie, C.L. / Swanson, M. / Lacy, D.B. / Ohi, M.D.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01AI118932 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F32 AI150027-01 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)2T32DK007673 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD020011 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM reveals new species-specific proteins and symmetry elements in the Dot/Icm T4SS.
著者: Michael J Sheedlo / Clarissa L Durie / Jeong Min Chung / Louise Chang / Jacquelyn Roberts / Michele Swanson / Dana Borden Lacy / Melanie D Ohi /
要旨: is an opportunistic pathogen that causes the potentially fatal pneumonia known as Legionnaires' disease. The pathology associated with infection depends on bacterial delivery of effector proteins ... is an opportunistic pathogen that causes the potentially fatal pneumonia known as Legionnaires' disease. The pathology associated with infection depends on bacterial delivery of effector proteins into the host via the membrane spanning Dot/Icm type IV secretion system (T4SS). We have determined sub-3.0 Å resolution maps of the Dot/Icm T4SS core complex by single particle cryo-EM. The high-resolution structural analysis has allowed us to identify proteins encoded outside the Dot/Icm genetic locus that contribute to the core T4SS structure. We can also now define two distinct areas of symmetry mismatch, one that connects the C18 periplasmic ring (PR) and the C13 outer membrane cap (OMC) and one that connects the C13 OMC with a 16-fold symmetric dome. Unexpectedly, the connection between the PR and OMC is DotH, with five copies sandwiched between the OMC and PR to accommodate the symmetry mismatch. Finally, we observe multiple conformations in the reconstructions that indicate flexibility within the structure.
履歴
登録2021年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年4月20日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / citation_author / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_validate_torsion
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-24005
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-24005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AC: DotC
AD: DotD
AH: Type IV secretion protein IcmK
AK: Inner membrane lipoprotein YiaD
AL: Outer membrane protein, OmpA family protein
AM: DUF2807 domain-containing protein
AN: Neurogenic locus notch
AU: Unknown protein fragment
Ad: DotD
Af: DotF
BC: DotC
BD: DotD
BH: Type IV secretion protein IcmK
BK: Inner membrane lipoprotein YiaD
BL: Outer membrane protein, OmpA family protein
BM: DUF2807 domain-containing protein
BN: Neurogenic locus notch
BU: Unknown protein fragment
Bd: DotD
Bf: DotF
CC: DotC
CD: DotD
CH: Type IV secretion protein IcmK
CK: Inner membrane lipoprotein YiaD
CL: Outer membrane protein, OmpA family protein
CM: DUF2807 domain-containing protein
CN: Neurogenic locus notch
CU: Unknown protein fragment
Cd: DotD
Cf: DotF
DC: DotC
DD: DotD
DH: Type IV secretion protein IcmK
DK: Inner membrane lipoprotein YiaD
DL: Outer membrane protein, OmpA family protein
DM: DUF2807 domain-containing protein
DN: Neurogenic locus notch
DU: Unknown protein fragment
Dd: DotD
Df: DotF
EC: DotC
ED: DotD
EH: Type IV secretion protein IcmK
EK: Inner membrane lipoprotein YiaD
EL: Outer membrane protein, OmpA family protein
EM: DUF2807 domain-containing protein
EN: Neurogenic locus notch
EU: Unknown protein fragment
Ed: DotD
Ef: DotF
FC: DotC
FD: DotD
FH: Type IV secretion protein IcmK
FK: Inner membrane lipoprotein YiaD
FL: Outer membrane protein, OmpA family protein
FM: DUF2807 domain-containing protein
FN: Neurogenic locus notch
FU: Unknown protein fragment
Fd: DotD
Ff: DotF
GC: DotC
GD: DotD
GH: Type IV secretion protein IcmK
GK: Inner membrane lipoprotein YiaD
GL: Outer membrane protein, OmpA family protein
GM: DUF2807 domain-containing protein
GN: Neurogenic locus notch
GU: Unknown protein fragment
Gd: DotD
Gf: DotF
HC: DotC
HD: DotD
HH: Type IV secretion protein IcmK
HK: Inner membrane lipoprotein YiaD
HL: Outer membrane protein, OmpA family protein
HM: DUF2807 domain-containing protein
HN: Neurogenic locus notch
HU: Unknown protein fragment
Hd: DotD
Hf: DotF
IC: DotC
ID: DotD
IH: Type IV secretion protein IcmK
IK: Inner membrane lipoprotein YiaD
IL: Outer membrane protein, OmpA family protein
IM: DUF2807 domain-containing protein
IN: Neurogenic locus notch
IU: Unknown protein fragment
Id: DotD
If: DotF
JC: DotC
JD: DotD
JH: Type IV secretion protein IcmK
JK: Inner membrane lipoprotein YiaD
JL: Outer membrane protein, OmpA family protein
JM: DUF2807 domain-containing protein
JN: Neurogenic locus notch
JU: Unknown protein fragment
Jd: DotD
Jf: DotF
KC: DotC
KD: DotD
KH: Type IV secretion protein IcmK
KK: Inner membrane lipoprotein YiaD
KL: Outer membrane protein, OmpA family protein
KM: DUF2807 domain-containing protein
KN: Neurogenic locus notch
KU: Unknown protein fragment
Kd: DotD
Kf: DotF
LC: DotC
LD: DotD
LH: Type IV secretion protein IcmK
LK: Inner membrane lipoprotein YiaD
LL: Outer membrane protein, OmpA family protein
LM: DUF2807 domain-containing protein
LN: Neurogenic locus notch
LU: Unknown protein fragment
Ld: DotD
Lf: DotF
MC: DotC
MD: DotD
MH: Type IV secretion protein IcmK
MK: Inner membrane lipoprotein YiaD
ML: Outer membrane protein, OmpA family protein
MM: DUF2807 domain-containing protein
MN: Neurogenic locus notch
MU: Unknown protein fragment
Md: DotD
Mf: DotF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,090,482130
ポリマ－3,090,482130
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area448630 Å2
ΔGint-2413 kcal/mol
Surface area717930 Å2

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要素

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タンパク質 , 8種, 117分子 ACBCCCDCECFCGCHCICJCKCLCMCADAdBDBdCDCdDDDdEDEdFDFdGDGdHDHdID...

#1: タンパク質
DotC / Type IV secretion system protein DotC


分子量: 34162.441 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: O52184
#2: タンパク質 ...
DotD


分子量: 17860.678 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: O52183
#3: タンパク質
Type IV secretion protein IcmK


分子量: 38958.926 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2S6FBG9
#4: タンパク質
Inner membrane lipoprotein YiaD / LphA (DotK) / LphA protein / OmpA family protein


分子量: 21096.492 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: O53086
#5: タンパク質
Outer membrane protein, OmpA family protein


分子量: 27582.047 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5ZXS4
#6: タンパク質
DUF2807 domain-containing protein


分子量: 36095.367 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2S6F0F8
#7: タンパク質
Neurogenic locus notch


分子量: 13598.854 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A2S6FAR3
#9: タンパク質
DotF / IcmG protein / Type IV secretion protein IcmG


分子量: 29729.969 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: O54615

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タンパク質・ペプチド , 1種, 13分子 AUBUCUDUEUFUGUHUIUJUKULUMU

#8: タンパク質・ペプチド
Unknown protein fragment


分子量: 783.958 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア)

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詳細

配列の詳細The protein fragment sequence could not be directly identified as the sample was purified from a ...The protein fragment sequence could not be directly identified as the sample was purified from a native source.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS OMC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.19.1_4122精密化
PHENIX1.19.1_4122精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 84886 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 55.33 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0034137280
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7395185796
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.051521021
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005523738
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.086418824

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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