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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7muc | |||||||||||||||
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タイトル | Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS C1 Reconstruction | |||||||||||||||
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![]() | TRANSLOCASE / Legionella / Dot/Icm / Secretion / T4SS | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||||||||
![]() | Sheedlo, M.J. / Durie, C.L. / Swanson, M. / Lacy, D.B. / Ohi, M.D. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM reveals new species-specific proteins and symmetry elements in the Dot/Icm T4SS. 著者: Michael J Sheedlo / Clarissa L Durie / Jeong Min Chung / Louise Chang / Jacquelyn Roberts / Michele Swanson / Dana Borden Lacy / Melanie D Ohi / ![]() ![]() 要旨: is an opportunistic pathogen that causes the potentially fatal pneumonia known as Legionnaires' disease. The pathology associated with infection depends on bacterial delivery of effector proteins ... is an opportunistic pathogen that causes the potentially fatal pneumonia known as Legionnaires' disease. The pathology associated with infection depends on bacterial delivery of effector proteins into the host via the membrane spanning Dot/Icm type IV secretion system (T4SS). We have determined sub-3.0 Å resolution maps of the Dot/Icm T4SS core complex by single particle cryo-EM. The high-resolution structural analysis has allowed us to identify proteins encoded outside the Dot/Icm genetic locus that contribute to the core T4SS structure. We can also now define two distinct areas of symmetry mismatch, one that connects the C18 periplasmic ring (PR) and the C13 outer membrane cap (OMC) and one that connects the C13 OMC with a 16-fold symmetric dome. Unexpectedly, the connection between the PR and OMC is DotH, with five copies sandwiched between the OMC and PR to accommodate the symmetry mismatch. Finally, we observe multiple conformations in the reconstructions that indicate flexibility within the structure. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 4.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 518.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 826.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 9種, 158分子 ACBCCCDCECFCGCHCICJCKCLCMCADAdBDBdCDCdDDDdEDEdFDFdGDGdHDHdID...
#1: タンパク質 | 分子量: 34162.441 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 17860.678 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 29729.969 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 107911.891 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 38958.926 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 21096.492 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 27582.047 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 36095.367 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 13598.854 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-Unknown protein ... , 2種, 31分子 AUBUCUDUEUFUGUHUIUJUKULUMUAXBXCXDXEXFXGXHXIXJXKXLXMXVXWXXXYXZX
#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 783.958 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4103.049 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Legionella pneumophila Dot/Icm T4SS C1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 136818 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 163.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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