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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mpg | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Prefusion-stabilized RSV F (DS-Cav1) in complex with Fab AM14 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / antigen / antibody / epitope / vaccine / structural vaccinology | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell Golgi membrane / membrane => GO:0016020 / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human respiratory syncytial virus (ウイルス) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Abeyrathne, P.D. / Malito, E. / Harshbarger, W.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: MAbs / 年: 2021 タイトル: Improved epitope resolution of the prefusion trimer-specific antibody AM14 bound to the RSV F glycoprotein. 著者: Wayne Harshbarger / Priyanka D Abeyrathne / Sai Tian / Ying Huang / Sumana Chandramouli / Matthew James Bottomley / Enrico Malito / 要旨: Respiratory syncytial virus (RSV) is the most common cause of acute lower respiratory tract infections resulting in medical intervention and hospitalizations during infancy and early childhood, and ...Respiratory syncytial virus (RSV) is the most common cause of acute lower respiratory tract infections resulting in medical intervention and hospitalizations during infancy and early childhood, and vaccination against RSV remains a public health priority. The RSV F glycoprotein is a major target of neutralizing antibodies, and the prefusion stabilized form of F (DS-Cav1) is under investigation as a vaccine antigen. AM14 is a human monoclonal antibody with the exclusive capacity of binding an epitope on prefusion F (PreF), which spans two F protomers. The quality of recognizing a trimer-specific epitope makes AM14 valuable for probing PreF-based immunogen conformation and functionality during vaccine production. Currently, only a low-resolution (5.5 Å) X-ray structure is available of the PreF-AM14 complex, revealing few reliable details of the interface. Here, we perform complementary structural studies using X-ray crystallography and cryo-electron microscopy (cryo-EM) to provide improved resolution structures at 3.6 Å and 3.4 Å resolutions, respectively. Both X-ray and cryo-EM structures provide clear side-chain densities, which allow for accurate mapping of the AM14 epitope on DS-Cav1. The structures help rationalize the molecular basis for AM14 loss of binding to RSV F monoclonal antibody-resistant mutants and reveal flexibility for the side chain of a key antigenic residue on PreF. This work provides the basis for a comprehensive understanding of RSV F trimer specificity with implications in vaccine design and quality assessment of PreF-based immunogens. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mpg.cif.gz | 446.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mpg.ent.gz | 375.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mpg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7mpg_validation.pdf.gz | 923 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7mpg_full_validation.pdf.gz | 969.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7mpg_validation.xml.gz | 77.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7mpg_validation.cif.gz | 115.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/7mpg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/7mpg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54806.496 Da / 分子数: 3 / 変異: S155C,S190F,V207L,S290C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus (ウイルス), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: RSV F 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: A0A0X8XQD7, UniProt: M1E1E4 #2: 抗体 | 分子量: 26380.352 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 25870.906 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.285 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: DS-Cav1-FabAM14. | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 60 sec. / 電子線照射量: 26.7 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1078 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23737 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 87.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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