+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mk9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Complex structure of trailing EC of EC+EC (trailing EC-focused) | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / pol II | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / : / TFIIF-class transcription factor complex binding / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / transcription factor TFIIF complex / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes ...: / : / TFIIF-class transcription factor complex binding / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / transcription factor TFIIF complex / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA polymerase III activity / protein phosphatase activator activity / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA polymerase II activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / translation initiation factor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / single-stranded DNA binding / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å | ||||||
![]() | Yang, C. / Murakami, K. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural visualization of de novo transcription initiation by Saccharomyces cerevisiae RNA polymerase II. 著者: Chun Yang / Rina Fujiwara / Hee Jong Kim / Pratik Basnet / Yunye Zhu / Jose J Gorbea Colón / Stefan Steimle / Benjamin A Garcia / Craig D Kaplan / Kenji Murakami / ![]() 要旨: Previous structural studies of the initiation-elongation transition of RNA polymerase II (pol II) transcription have relied on the use of synthetic oligonucleotides, often artificially discontinuous ...Previous structural studies of the initiation-elongation transition of RNA polymerase II (pol II) transcription have relied on the use of synthetic oligonucleotides, often artificially discontinuous to capture pol II in the initiating state. Here, we report multiple structures of initiation complexes converted de novo from a 33-subunit yeast pre-initiation complex (PIC) through catalytic activities and subsequently stalled at different template positions. We determine that PICs in the initially transcribing complex (ITC) can synthesize a transcript of ∼26 nucleotides before transitioning to an elongation complex (EC) as determined by the loss of general transcription factors (GTFs). Unexpectedly, transition to an EC was greatly accelerated when an ITC encountered a downstream EC stalled at promoter proximal regions and resulted in a collided head-to-end dimeric EC complex. Our structural analysis reveals a dynamic state of TFIIH, the largest of GTFs, in PIC/ITC with distinct functional consequences at multiple steps on the pathway to elongation. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 848.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 664.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 129.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 201.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 23887MC ![]() 7meiC ![]() 7mkaC ![]() 7ml0C ![]() 7ml1C ![]() 7ml2C ![]() 7ml3C ![]() 7ml4C C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NO
#1: DNA鎖 | 分子量: 12307.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
---|---|
#2: DNA鎖 | 分子量: 12425.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-DNA-directed RNA polymerase ... , 7種, 7分子 ABCDGIK
#3: タンパク質 | 分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#4: タンパク質 | 分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 EH
#7: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#10: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-DNA-directed RNA polymerases II subunit ... , 2種, 2分子 JL
#12: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#14: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-Transcription initiation factor IIF subunit ... , 2種, 2分子 QM
#16: タンパク質 | 分子量: 82320.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|---|
#17: タンパク質 | 分子量: 46684.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 FR
#15: RNA鎖 | 分子量: 4677.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
---|---|
#8: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 10分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#18: 化合物 | ChemComp-ZN / #19: 化合物 | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Complex structure of trailing EC of the EC+EC (trailing EC -focused) タイプ: COMPLEX 詳細: bona fide transcription complex, which was generated from transcription assay in vitro system using isolated proteins from yeast, was obtained by glycerol gradient sedimentation Entity ID: #1-#17 / 由来: NATURAL |
---|---|
分子量 | 値: 0.6 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.6 / 詳細: 20 mM HEPES PH 7.6 50 mM KoAc 5 mM DTT 2 mM MgoAc |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
撮影 | 電子線照射量: 1.25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-
解析
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE | |||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66261 詳細: the final resolution was calculated by postprocessed in Relion based one FSC at 0.143 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
|