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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mdi | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the Neisseria gonorrhoeae ribonucleotide reductase in the inactive state | |||||||||||||||
要素 | (Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit ...) x 2 | |||||||||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / inactive complex / ribonucleotide reductase | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Neisseria gonorrhoeae (淋菌) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Levitz, T.S. / Drennan, C.L. / Brignole, E.J. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2022 タイトル: Effects of chameleon dispense-to-plunge speed on particle concentration, complex formation, and final resolution: A case study using the Neisseria gonorrhoeae ribonucleotide reductase inactive complex. 著者: Talya S Levitz / Edward J Brignole / Ivan Fong / Michele C Darrow / Catherine L Drennan / 要旨: Ribonucleotide reductase (RNR) is an essential enzyme that converts ribonucleotides to deoxyribonucleotides and is a promising antibiotic target, but few RNRs have been structurally characterized. We ...Ribonucleotide reductase (RNR) is an essential enzyme that converts ribonucleotides to deoxyribonucleotides and is a promising antibiotic target, but few RNRs have been structurally characterized. We present the use of the chameleon, a commercially-available piezoelectric cryogenic electron microscopy plunger, to address complex denaturation in the Neisseria gonorrhoeae class Ia RNR. Here, we characterize the extent of denaturation of the ring-shaped complex following grid preparation using a traditional plunger and using a chameleon with varying dispense-to-plunge times. We also characterize how dispense-to-plunge time influences the amount of protein sample required for grid preparation and preferred orientation of the sample. We demonstrate that the fastest dispense-to-plunge time of 54 ms is sufficient for generation of a data set that produces a high quality structure, and that a traditional plunging technique or slow chameleon dispense-to-plunge times generate data sets limited in resolution by complex denaturation. The 4.3 Å resolution structure of Neisseria gonorrhoeae class Ia RNR in the inactive α4β4 oligomeric state solved using the chameleon with a fast dispense-to-plunge time yields molecular information regarding similarities and differences to the well studied Escherichia coli class Ia RNR α4β4 ring. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mdi.cif.gz | 722.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mdi.ent.gz | 564.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mdi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7mdi_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7mdi_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7mdi_validation.xml.gz | 117.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7mdi_validation.cif.gz | 176.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/7mdi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/md/7mdi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit ... , 2種, 8分子 ABDCEGFH
#1: タンパク質 | 分子量: 87081.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: NGO_0614 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 express 参照: UniProt: Q5F8Z6, ribonucleoside-diphosphate reductase #2: タンパク質 | 分子量: 45107.785 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: NGO_0615 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 express 参照: UniProt: Q5F8Z5, ribonucleoside-diphosphate reductase |
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-非ポリマー , 5種, 48分子
#3: 化合物 | ChemComp-CDP / #4: 化合物 | ChemComp-DTP / #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | ChemComp-FEO / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ribonucleotide reductase inactive complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.528 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Neisseria gonorrhoeae (淋菌) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: T7 express | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE 詳細: Plunged using the chameleon (SPT labtech) Glow discharged at 12 mA for 250 s |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 92000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3100 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 53.15 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 620 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 55161 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50425 / 対称性のタイプ: POINT |