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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mbv | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of zebrafish TRPM5 in the presence of 5 mM calcium and 0.5 mM NDNA | ||||||||||||||||||
要素 | Transient receptor potential melastatin 5 | ||||||||||||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Ion channel (イオンチャネル) / TRP channel (TRPチャネル) | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ligand-gated calcium channel activity / calcium-activated cation channel activity / calcium ion transmembrane transport / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Ruan, Z. / Lu, W. / Du, J. / Haley, E. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021 タイトル: Structures of the TRPM5 channel elucidate mechanisms of activation and inhibition. 著者: Zheng Ruan / Emery Haley / Ian J Orozco / Mark Sabat / Richard Myers / Rebecca Roth / Juan Du / Wei Lü / 要旨: The Ca-activated TRPM5 channel plays essential roles in taste perception and insulin secretion. However, the mechanism by which Ca regulates TRPM5 activity remains elusive. We report cryo-EM ...The Ca-activated TRPM5 channel plays essential roles in taste perception and insulin secretion. However, the mechanism by which Ca regulates TRPM5 activity remains elusive. We report cryo-EM structures of the zebrafish TRPM5 in an apo closed state, a Ca-bound open state, and an antagonist-bound inhibited state. We define two novel ligand binding sites: a Ca site (Ca) in the intracellular domain and an antagonist site in the transmembrane domain (TMD). The Ca site is unique to TRPM5 and has two roles: modulating the voltage dependence and promoting Ca binding to the Ca site, which is conserved throughout TRPM channels. Conformational changes initialized from both Ca sites cooperatively open the ion-conducting pore. The antagonist NDNA wedges into the space between the S1-S4 domain and pore domain, stabilizing the transmembrane domain in an apo-like closed state. Our results lay the foundation for understanding the voltage-dependent TRPM channels and developing new therapeutic agents. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mbv.cif.gz | 685 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mbv.ent.gz | 566 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mbv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/7mbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/7mbv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 132799.000 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: trpm5, TRPM5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S5UH55 #2: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 4種, 20分子
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-YUS / #5: 化合物 | ChemComp-YUV / ( #6: 化合物 | ChemComp-YUY / ( |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TRPM5 channel / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 47 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19rc3_4028: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 粒子像の数: 109000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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