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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7m2u | ||||||
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タイトル | Nucleotide Excision Repair complex TFIIH Rad4-33 | ||||||
要素 |
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キーワード | NUCLEAR PROTEIN/DNA / NER / nucleotide excision repair / TFIIH / Rad4 / XPC / NUCLEAR PROTEIN / NUCLEAR PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleotide-excision repair factor 2 complex / single-strand break-containing DNA binding / XPC complex / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / positive regulation of mitotic recombination / nucleotide-excision repair factor 3 complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly ...nucleotide-excision repair factor 2 complex / single-strand break-containing DNA binding / XPC complex / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / positive regulation of mitotic recombination / nucleotide-excision repair factor 3 complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / DNA translocase activity / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / DNA 3'-5' helicase / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / transcription preinitiation complex / DNA duplex unwinding / poly(A)+ mRNA export from nucleus / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / 3'-5' DNA helicase activity / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription by RNA polymerase I / DNA topological change / ATPase activator activity / Dual incision in TC-NER / ATP-dependent activity, acting on DNA / mismatch repair / DNA helicase activity / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ubiquitin protein ligase activity / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / 5'-3' DNA helicase activity / double-stranded DNA binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA helicase / transcription by RNA polymerase II / damaged DNA binding / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.2 Å | ||||||
データ登録者 | van Eeuwen, T. / Murakami, K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 in damaged DNA opening in nucleotide excision repair. 著者: Trevor van Eeuwen / Yoonjung Shim / Hee Jong Kim / Tingting Zhao / Shrabani Basu / Benjamin A Garcia / Craig D Kaplan / Jung-Hyun Min / Kenji Murakami / 要旨: The versatile nucleotide excision repair (NER) pathway initiates as the XPC-RAD23B-CETN2 complex first recognizes DNA lesions from the genomic DNA and recruits the general transcription factor ...The versatile nucleotide excision repair (NER) pathway initiates as the XPC-RAD23B-CETN2 complex first recognizes DNA lesions from the genomic DNA and recruits the general transcription factor complex, TFIIH, for subsequent lesion verification. Here, we present a cryo-EM structure of an NER initiation complex containing Rad4-Rad23-Rad33 (yeast homologue of XPC-RAD23B-CETN2) and 7-subunit coreTFIIH assembled on a carcinogen-DNA adduct lesion at 3.9-9.2 Å resolution. A ~30-bp DNA duplex could be mapped as it straddles between Rad4 and the Ssl2 (XPB) subunit of TFIIH on the 3' and 5' side of the lesion, respectively. The simultaneous binding with Rad4 and TFIIH was permitted by an unwinding of DNA at the lesion. Translocation coupled with torque generation by Ssl2 and Rad4 would extend the DNA unwinding at the lesion and deliver the damaged strand to Rad3 (XPD) in an open form suitable for subsequent lesion scanning and verification. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7m2u.cif.gz | 565.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7m2u.ent.gz | 433.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7m2u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7m2u_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7m2u_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7m2u_validation.xml.gz | 106.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7m2u_validation.cif.gz | 160 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/7m2u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m2/7m2u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA repair helicase ... , 2種, 2分子 70
#1: タンパク質 | 分子量: 95461.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SSL2, LOM3, RAD25, UVS112, YIL143C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00578, DNA helicase |
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#5: タンパク質 | 分子量: 89899.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P06839, DNA helicase |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 YW
#2: DNA鎖 | 分子量: 3003.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 4297.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-General transcription and DNA repair factor IIH subunit ... , 5種, 5分子 51462
#4: タンパク質 | 分子量: 7482.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E7C1 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 72993.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32776 |
#7: タンパク質 | 分子量: 37506.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12004 |
#8: タンパク質 | 分子量: 52370.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04673 |
#11: タンパク質 | 分子量: 58602.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02939 |
-DNA repair protein ... , 2種, 2分子 AE
#9: タンパク質 | 分子量: 87315.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RAD4, YER162C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P14736 |
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#10: タンパク質 | 分子量: 20291.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RAD33, YML011C, YM9571.07C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04231 |
-非ポリマー , 3種, 8分子
#12: 化合物 | ChemComp-SF4 / | ||
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#13: 化合物 | ChemComp-ZN / #14: 化合物 | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ternary Complex of TFIIH/Rad4-Rad33 on damaged DNA focused on Ssl2/DNA interaction タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 8.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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