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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7luv | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the yeast THO-Sub2 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN / nuclear mRNA export / DEAD-box ATPase / mRNP remodeling | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoplasmic THO complex / cellular response to azide / THO complex / THO complex part of transcription export complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / transcription export complex / Cdc73/Paf1 complex / mRNA 3'-end processing / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / subtelomeric heterochromatin formation ...nucleoplasmic THO complex / cellular response to azide / THO complex / THO complex part of transcription export complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / transcription export complex / Cdc73/Paf1 complex / mRNA 3'-end processing / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / subtelomeric heterochromatin formation / transcription-coupled nucleotide-excision repair / mRNA export from nucleus / stress granule assembly / transcription elongation by RNA polymerase II / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / DNA recombination / nucleic acid binding / chromosome, telomeric region / molecular adaptor activity / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Saccharomyces bayanus (酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
データ登録者 | Xie, Y. / Ren, Y. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM structure of the yeast TREX complex and coordination with the SR-like protein Gbp2. 著者: Yihu Xie / Bradley P Clarke / Yong Joon Kim / Austin L Ivey / Pate S Hill / Yi Shi / Yi Ren / 要旨: The evolutionarily conserved TRanscript-EXport (TREX) complex plays central roles during mRNP (messenger ribonucleoprotein) maturation and export from the nucleus to the cytoplasm. In yeast, TREX is ...The evolutionarily conserved TRanscript-EXport (TREX) complex plays central roles during mRNP (messenger ribonucleoprotein) maturation and export from the nucleus to the cytoplasm. In yeast, TREX is composed of the THO sub-complex (Tho2, Hpr1, Tex1, Mft1, and Thp2), the DEAD box ATPase Sub2, and Yra1. Here we present a 3.7 Å cryo-EM structure of the yeast THO•Sub2 complex. The structure reveals the intimate assembly of THO revolving around its largest subunit Tho2. THO stabilizes a semi-open conformation of the Sub2 ATPase via interactions with Tho2. We show that THO interacts with the serine-arginine (SR)-like protein Gbp2 through both the RS domain and RRM domains of Gbp2. Cross-linking mass spectrometry analysis supports the extensive interactions between THO and Gbp2, further revealing that RRM domains of Gbp2 are in close proximity to the C-terminal domain of Tho2. We propose that THO serves as a landing pad to configure Gbp2 to facilitate its loading onto mRNP. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7luv.cif.gz | 445 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7luv.ent.gz | 346.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7luv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7luv_validation.pdf.gz | 964 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7luv_full_validation.pdf.gz | 997.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7luv_validation.xml.gz | 64.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7luv_validation.cif.gz | 100 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7luv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/7luv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-THO complex subunit ... , 4種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 71126.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: HPR1, YDR138W, YD9302.14 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P17629 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 30340.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: THP2, YHR167W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O13539 |
#3: タンパク質 | 分子量: 138881.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: THO2, LDB5, RLR1, ZRG13, YNL139C, N1209, N1835 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P53552 |
#4: タンパク質 | 分子量: 29467.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MFT1, YML062C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P33441 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 EM
#5: タンパク質 | 分子量: 41248.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharomyces bayanus (酵母) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
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#6: タンパク質 | 分子量: 50375.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SUB2, YDL084W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07478, RNA helicase |
-詳細
配列の詳細 | Certain segments of chains C and E were unidentifiable, and so they were modeled as poly-UNK. The ...Certain segments of chains C and E were unidentifiable, and so they were modeled as poly-UNK. The full sequence of chain C is: GAMGSMAEQT |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1 / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30066 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 114.5 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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