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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7liv | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of human transfer RNA visualized in the cytomegalovirus, a DNA virus | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / HCMV / tRNA | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell viral assembly compartment / T=16 icosahedral viral capsid / viral tegument / viral capsid assembly / host cell cytoplasmic vesicle / viral process / viral capsid / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Liu, Y.T. / Strugatsky, D. / Liu, W. / Zhou, Z.H. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structure of human cytomegalovirus virion reveals host tRNA binding to capsid-associated tegument protein pp150. 著者: Yun-Tao Liu / David Strugatsky / Wei Liu / Z Hong Zhou / 要旨: Under the Baltimore nucleic acid-based virus classification scheme, the herpesvirus human cytomegalovirus (HCMV) is a Class I virus, meaning that it contains a double-stranded DNA genome-and no RNA. ...Under the Baltimore nucleic acid-based virus classification scheme, the herpesvirus human cytomegalovirus (HCMV) is a Class I virus, meaning that it contains a double-stranded DNA genome-and no RNA. Here, we report sub-particle cryoEM reconstructions of HCMV virions at 2.9 Å resolution revealing structures resembling non-coding transfer RNAs (tRNAs) associated with the virion's capsid-bound tegument protein, pp150. Through deep sequencing, we show that these RNA sequences match human tRNAs, and we built atomic models using the most abundant tRNA species. Based on our models, tRNA recruitment is mediated by the electrostatic interactions between tRNA phosphate groups and the helix-loop-helix motif of HCMV pp150. The specificity of these interactions may explain the absence of such tRNA densities in murine cytomegalovirus and other human herpesviruses. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7liv.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7liv.ent.gz | 966.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7liv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7liv_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7liv_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7liv_validation.xml.gz | 169.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7liv_validation.cif.gz | 247.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/7liv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/7liv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 154048.906 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス) 株: AD169 / 参照: UniProt: P16729 #2: タンパク質 | 分子量: 33232.418 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス) 株: AD169 / 参照: UniProt: P08318 #3: タンパク質 | 分子量: 8495.924 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス) 株: AD169 / 参照: UniProt: Q7M6N6 #4: タンパク質 | | 分子量: 33071.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス) 株: AD169 / 参照: UniProt: P16783 #5: タンパク質 | 分子量: 34635.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス) 株: AD169 / 参照: UniProt: P16728 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human cytomegalovirus (strain AD169) / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス) 株: AD169 |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 18.9 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 97166 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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