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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7l7u | ||||||
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タイトル | BG505 SOSIP reconstructed from a designed nanoparticle, BG505 SOSIP-T33-31 (Component B) | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / HIV / vaccine design / protein design / nanoparticles / BG505 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Antanasijevic, A. / Froes Rocha, R. / Sewall, L.M. / Ward, A.B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Polyclonal antibody responses to HIV Env immunogens resolved using cryoEM. 著者: Aleksandar Antanasijevic / Leigh M Sewall / Christopher A Cottrell / Diane G Carnathan / Luis E Jimenez / Julia T Ngo / Jennifer B Silverman / Bettina Groschel / Erik Georgeson / Jinal Bhiman ...著者: Aleksandar Antanasijevic / Leigh M Sewall / Christopher A Cottrell / Diane G Carnathan / Luis E Jimenez / Julia T Ngo / Jennifer B Silverman / Bettina Groschel / Erik Georgeson / Jinal Bhiman / Raiza Bastidas / Celia LaBranche / Joel D Allen / Jeffrey Copps / Hailee R Perrett / Kimmo Rantalainen / Fabien Cannac / Yuhe R Yang / Alba Torrents de la Peña / Rebeca Froes Rocha / Zachary T Berndsen / David Baker / Neil P King / Rogier W Sanders / John P Moore / Shane Crotty / Max Crispin / David C Montefiori / Dennis R Burton / William R Schief / Guido Silvestri / Andrew B Ward / 要旨: Engineered ectodomain trimer immunogens based on BG505 envelope glycoprotein are widely utilized as components of HIV vaccine development platforms. In this study, we used rhesus macaques to evaluate ...Engineered ectodomain trimer immunogens based on BG505 envelope glycoprotein are widely utilized as components of HIV vaccine development platforms. In this study, we used rhesus macaques to evaluate the immunogenicity of several stabilized BG505 SOSIP constructs both as free trimers and presented on a nanoparticle. We applied a cryoEM-based method for high-resolution mapping of polyclonal antibody responses elicited in immunized animals (cryoEMPEM). Mutational analysis coupled with neutralization assays were used to probe the neutralization potential at each epitope. We demonstrate that cryoEMPEM data can be used for rapid, high-resolution analysis of polyclonal antibody responses without the need for monoclonal antibody isolation. This approach allowed to resolve structurally distinct classes of antibodies that bind overlapping sites. In addition to comprehensive mapping of commonly targeted neutralizing and non-neutralizing epitopes in BG505 SOSIP immunogens, our analysis revealed that epitopes comprising engineered stabilizing mutations and of partially occupied glycosylation sites can be immunogenic. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7l7u.cif.gz | 374 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7l7u.ent.gz | 322.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7l7u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7l7u_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7l7u_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7l7u_validation.xml.gz | 61.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7l7u_validation.cif.gz | 92.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/7l7u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/7l7u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 23219MC 7l7tC 7l85C 7l86C 7l87C 7l88C 7l89C 7l8aC 7l8bC 7l8cC 7l8dC 7l8eC 7l8fC 7l8gC 7l8sC 7l8tC 7l8uC 7l8wC 7l8xC 7l8yC 7l8zC 7l90C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56707.480 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) プラスミド: pPPI4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: タンパク質 | 分子量: 16543.627 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) プラスミド: pPPI4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 多糖 | #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: BG505 SOSIP reconstructed from a designed nanoparticle, BG505 SOSIP-T33-31 (Component B) タイプ: COMPLEX 詳細: The map was generated by subparticle extraction from the BG505 SOSIP-T33-31 nanoparticle using the localized reconstruction approach. Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 / プラスミド: pPPI4 | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: TBS buffer prepared from a 10X stock | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 4.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: BG505 SOSIP-T33-31 nanoparticle was prepared by combining equimolar amounts of BG505 SOSIP-T33-31A and BG505 SOSIP-T33-31B components that were expressed separately. | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: Blotting time varied between 3 and 7 seconds. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 36000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER |
撮影 | 平均露光時間: 10.25 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1751 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 41 / 利用したフレーム数/画像: 1-41 |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Frames were aligned using MotionCorr and GCTF was applied for estimation of CTF parameters. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 441476 詳細: Subparticles were generated by extraction from 110,369 BG505 SOSIP-T33-31 nanoparticles (4 subparticles per 1 nanoparticle). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 64726 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6VL5 |