PDB-7l7t: BG505 SOSIP reconstructed from a designed nanoparticle, BG505 SOS...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l7t

タイトル

BG505 SOSIP reconstructed from a designed nanoparticle, BG505 SOSIP-T33-31 (Component A)

要素

BG505 SOSIP.v5.2(7S) - gp120
BG505 SOSIP.v5.2(7S) - gp41

キーワード

VIRAL PROTEIN / HIV / vaccine design / protein design / nanoparticles / BG505

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Antanasijevic, A. / Cannac, F. / Sewall, L.M. / Ward, A.B.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Polyclonal antibody responses to HIV Env immunogens resolved using cryoEM.
著者: Aleksandar Antanasijevic / Leigh M Sewall / Christopher A Cottrell / Diane G Carnathan / Luis E Jimenez / Julia T Ngo / Jennifer B Silverman / Bettina Groschel / Erik Georgeson / Jinal Bhiman ...
要旨: Engineered ectodomain trimer immunogens based on BG505 envelope glycoprotein are widely utilized as components of HIV vaccine development platforms. In this study, we used rhesus macaques to evaluate ...

履歴

登録	2020年12月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

ムービー	登録構造単位 Jmolによる作画ダウンロード EMマップとの重ね合わせマップデータ: EMDB-23218 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l7t.cif.gz	384.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l7t.ent.gz	319 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l7t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7l7t_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7l7t_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	7l7t_validation.xml.gz	60.8 KB	表示
CIF形式データ	7l7t_validation.cif.gz	91.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/7l7t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/7l7t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	23218MC 23175C 23176C 23177C 23178C 23179C 23180C 23181C 23182C 23183C 23184C 23185C 23186C 23219C 23222C 23223C 23224C 23225C 23226C 23227C 23228C 23229C 23230C 23231C 23232C 23233C 23234C 23235C 23236C 23237C 23238C 23239C 23240C 23241C 23242C 23243C 7l7uC 7l85C 7l86C 7l87C 7l88C 7l89C 7l8aC 7l8bC 7l8cC 7l8dC 7l8eC 7l8fC 7l8gC 7l8sC 7l8tC 7l8uC 7l8wC 7l8xC 7l8yC 7l8zC 7l90C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7l7u-d 23218 6vl5-d 4zmj-1 21230 6vfl-d 6v0r-d 23124 21186 23219 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BG505 SOSIP.v5.2(7S) - gp120

B: BG505 SOSIP.v5.2(7S) - gp41

C: BG505 SOSIP.v5.2(7S) - gp120

D: BG505 SOSIP.v5.2(7S) - gp41

E: BG505 SOSIP.v5.2(7S) - gp120

F: BG505 SOSIP.v5.2(7S) - gp41

ヘテロ分子

241 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

#1: タンパク質

BG505 SOSIP.v5.2(7S) - gp120

分子量: 56707.480 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
プラスミド: pPPI4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: タンパク質

BG505 SOSIP.v5.2(7S) - gp41

分子量: 16543.627 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
プラスミド: pPPI4 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 多糖

...
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: BG505 SOSIP reconstructed from a designed nanoparticle, BG505 SOSIP-T33-31 (Component A)
タイプ: COMPLEX
詳細: The map was generated by subparticle extraction from the BG505 SOSIP-T33-31 nanoparticle using the localized reconstruction approach.
Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT

分子量

実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 / プラスミド: pPPI4

緩衝液

pH: 7.4 / 詳細: TBS buffer prepared from a 10X stock

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	20 mM	Tris-HCl		1
2	150 mM	Sodium chloride	NaCl	1

試料

濃度: 4.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: BG505 SOSIP-T33-31 nanoparticle was prepared by combining equimolar amounts of BG505 SOSIP-T33-31A and BG505 SOSIP-T33-31B components that were expressed separately.

試料支持

グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: Blotting time varied between 3 and 7 seconds.

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 36000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER
撮影	平均露光時間: 10.25 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1751
画像スキャン	動画フレーム数/画像: 41 / 利用したフレーム数/画像: 1-41

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	RELION	3	粒子像選択
2	Leginon		画像取得
4	RELION	3	CTF補正
7	UCSF Chimera		モデルフィッティング
9	RELION	3	初期オイラー角割当
10	RELION	3	最終オイラー角割当
11	RELION	3	分類
12	RELION	3	３次元再構成
13	Coot		モデル精密化
14	RosettaEM		モデル精密化

画像処理

詳細: Frames were aligned using MotionCorr and GCTF was applied for estimation of CTF parameters.

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 441476
詳細: Subparticle were generated by extraction from 110,369 BG505 SOSIP-T33-31 nanoparticles (4 subparticles per 1 nanoparticle).

対称性

点対称性: C₃ (3回回転対称)

3次元再構成

解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 106478 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

原子モデル構築

PDB-ID: 6VL5

6vl5

Accession code: 6VL5 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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