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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kzq | ||||||
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タイトル | Structure of the human Fanconi anaemia Core-ID complex | ||||||
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機能・相同性 | ![]() regulation of germ cell proliferation / regulation of CD40 signaling pathway / Fanconi anaemia nuclear complex / regulation of regulatory T cell differentiation / homologous chromosome pairing at meiosis / double-strand break repair involved in meiotic recombination / male meiotic nuclear division / gamete generation / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / neuronal stem cell population maintenance ...regulation of germ cell proliferation / regulation of CD40 signaling pathway / Fanconi anaemia nuclear complex / regulation of regulatory T cell differentiation / homologous chromosome pairing at meiosis / double-strand break repair involved in meiotic recombination / male meiotic nuclear division / gamete generation / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / neuronal stem cell population maintenance / brain morphogenesis / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, S.L. / Pavletich, N.P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the FA core ubiquitin ligase closing the ID clamp on DNA. 著者: Shengliu Wang / Renjing Wang / Christopher Peralta / Ayat Yaseen / Nikola P Pavletich / ![]() 要旨: The Fanconi anemia (FA) pathway is essential for the repair of DNA interstrand crosslinks. Central to the pathway is the FA core complex, a ubiquitin ligase of nine subunits that monoubiquitinates ...The Fanconi anemia (FA) pathway is essential for the repair of DNA interstrand crosslinks. Central to the pathway is the FA core complex, a ubiquitin ligase of nine subunits that monoubiquitinates the FANCI-FANCD2 (ID) DNA clamp. The 3.1 Å structure of the 1.1-MDa human FA core complex, described here, reveals an asymmetric assembly with two copies of all but the FANCC, FANCE and FANCF subunits. The asymmetry is crucial, as it prevents the binding of a second FANCC-FANCE-FANCF subcomplex that inhibits the recruitment of the UBE2T ubiquitin conjugating enzyme, and instead creates an ID binding site. A single active site then ubiquitinates FANCD2 and FANCI sequentially. We also present the 4.2-Å structures of the human core-UBE2T-ID-DNA complex in three conformations captured during monoubiquitination. They reveal the core-UBE2T complex remodeling the ID-DNA complex, closing the clamp on the DNA before ubiquitination. Monoubiquitination then prevents clamp opening after release from the core. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 8.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Fanconi anemia group ... , 7種, 10分子 ASBOCEFGHV
#1: タンパク質 | 分子量: 165513.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 100640.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 66290.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 61026.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #5: タンパク質 | | 分子量: 45108.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 70873.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #11: タンパク質 | | 分子量: 164325.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9BXW9 |
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-タンパク質 , 2種, 3分子 LMU
#7: タンパク質 | 分子量: 45203.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #10: タンパク質 | | ![]() 分子量: 149512.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: B7ZMF2 |
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-Fanconi anemia core complex-associated protein ... , 2種, 3分子 PQW
#8: タンパク質 | 分子量: 96513.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #9: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 4041.667 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 1種, 5分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
#12: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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配列の詳細 | The complete sequence of FAAP20 is MEAARRPRLGLSRRRPPPAGGPSGGRPWFLLGGDERERLWAELLRTVSPELILDHEVPSL ...The complete sequence of FAAP20 is MEAARRPRLG |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: Human Fanconi Anaemia Core-ID complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 1.1 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 65 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 76111 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 4.3→4.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.845 / SU B: 97.213 / SU ML: 0.541 / ESU R: 0.753 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 238.543 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 85546 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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