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- PDB-7kvd: Cryo-EM structure of Mal de Rio Cuarto virus P9-1 viroplasm prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kvd
タイトルCryo-EM structure of Mal de Rio Cuarto virus P9-1 viroplasm protein (dodecamer)
要素p9-1
キーワードVIRAL PROTEIN / Fijivirus / MRCV / Wheat / Maize / Reoviridae / viroplasm
機能・相同性Reovirus P9-like / Reovirus P9-like family / p9-1
機能・相同性情報
生物種Mal de Rio Cuarto virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å
データ登録者Llauger, G. / Melero, R. / Monti, D. / Sycz, G. / Huck-Iriart, C. / Cerutti, M.L. / Klinke, S. / Arranz, R. / Carazo, J.M. / Goldbaum, F.A. ...Llauger, G. / Melero, R. / Monti, D. / Sycz, G. / Huck-Iriart, C. / Cerutti, M.L. / Klinke, S. / Arranz, R. / Carazo, J.M. / Goldbaum, F.A. / del Vas, M. / Otero, L.H.
資金援助 アルゼンチン, 4件
組織認可番号国
National Research Council (NRC, Argentina)PICT 2015-0621 アルゼンチン
National Research Council (NRC, Argentina)PICT 2016-1425 アルゼンチン
National Research Council (NRC, Argentina)PICT-2014-3754 アルゼンチン
National Research Council (NRC, Argentina)PICT-2017-2537 アルゼンチン
引用ジャーナル: mBio / 年: 2023
タイトル: A Fijivirus Major Viroplasm Protein Shows RNA-Stimulated ATPase Activity by Adopting Pentameric and Hexameric Assemblies of Dimers.
著者: Gabriela Llauger / Roberto Melero / Demián Monti / Gabriela Sycz / Cristián Huck-Iriart / María L Cerutti / Sebastián Klinke / Evelyn Mikkelsen / Ariel Tijman / Rocío Arranz / Victoria ...著者: Gabriela Llauger / Roberto Melero / Demián Monti / Gabriela Sycz / Cristián Huck-Iriart / María L Cerutti / Sebastián Klinke / Evelyn Mikkelsen / Ariel Tijman / Rocío Arranz / Victoria Alfonso / Sofía M Arellano / Fernando A Goldbaum / Yann G J Sterckx / José-María Carazo / Sergio B Kaufman / Pablo D Dans / Mariana Del Vas / Lisandro H Otero /
要旨: Fijiviruses replicate and package their genomes within viroplasms in a process involving RNA-RNA and RNA-protein interactions. Here, we demonstrate that the 24 C-terminal residues (C-arm) of the P9-1 ...Fijiviruses replicate and package their genomes within viroplasms in a process involving RNA-RNA and RNA-protein interactions. Here, we demonstrate that the 24 C-terminal residues (C-arm) of the P9-1 major viroplasm protein of the mal de Río Cuarto virus (MRCV) are required for its multimerization and the formation of viroplasm-like structures. Using an integrative structural approach, the C-arm was found to be dispensable for P9-1 dimer assembly but essential for the formation of pentamers and hexamers of dimers (decamers and dodecamers), which favored RNA binding. Although both P9-1 and P9-1ΔC-arm catalyzed ATP with similar activities, an RNA-stimulated ATPase activity was only detected in the full-length protein, indicating a C-arm-mediated interaction between the ATP catalytic site and the allosteric RNA binding sites in the (do)decameric assemblies. A stronger preference to bind phosphate moieties in the decamer was predicted, suggesting that the allosteric modulation of ATPase activity by RNA is favored in this structural conformation. Our work reveals the structural versatility of a fijivirus major viroplasm protein and provides clues to its mechanism of action. The mal de Río Cuarto virus (MRCV) causes an important maize disease in Argentina. MRCV replicates in several species of plants and planthopper vectors. The viral factories, also called viroplasms, have been studied in detail in animal reovirids. This work reveals that a major viroplasm protein of MRCV forms previously unidentified structural arrangements and provides evidence that it may simultaneously adopt two distinct quaternary assemblies. Furthermore, our work uncovers an allosteric communication between the ATP and RNA binding sites that is favored in the multimeric arrangements. Our results contribute to the understanding of plant reovirids viroplasm structure and function and pave the way for the design of antiviral strategies for disease control.
履歴
登録2020年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
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改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: p9-1
B: p9-1
C: p9-1
D: p9-1
E: p9-1
F: p9-1
G: p9-1
H: p9-1
I: p9-1
J: p9-1
K: p9-1
L: p9-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)539,20012
ポリマ－539,20012
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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要素

#1: タンパク質
p9-1


分子量: 44933.328 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mal de Rio Cuarto virus (ウイルス)
プラスミド: pRSET / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: D9U542

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Dodecameric complex of Mal de Rio Cuarto virus P9-1 viroplasm protein
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mal de Rio Cuarto virus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
110 mMTris-HCl1
225 mMNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: No previous negative glow discharge was applied on the grids in order to avoid protein aggregation
試料支持グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: LEICA EM CPC / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 倍率（公称値）: 120000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3800 nm / Calibrated defocus min: 800 nm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Xmipp粒子像選択
2Scipion画像取得
4GctfCTF補正
7PHENIXモデルフィッティング
9Scipion初期オイラー角割当
10Scipion最終オイラー角割当
11Scipion分類
12Scipion３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 202824
対称性点対称性: D6 (2回x6回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22510 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 175 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient
原子モデル構築PDB-ID: 6UCT

6uct


Accession code: 6UCT / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 175.6 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004426748
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.005136024
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05664080
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00774560
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.47713480
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2DELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000709078327687
ens_1d_3DELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000706760939058
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ens_1d_5DELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000704788029846
ens_1d_6DELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000734157955246
ens_1d_7DELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000706328469371
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ens_1d_11DELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000705116422953
ens_1d_12DELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000707831015661

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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