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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kvc | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Mal de Rio Cuarto virus P9-1 viroplasm protein (decamer) | |||||||||||||||
![]() | p9-1 | |||||||||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Fijivirus / MRCV / Wheat / Maize / Reoviridae / viroplasm | |||||||||||||||
機能・相同性 | Reovirus P9-like / Reovirus P9-like family / p9-1![]() | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | |||||||||||||||
![]() | Llauger, G. / Melero, R. / Monti, D. / Sycz, G. / Huck-Iriart, C. / Cerutti, M.L. / Klinke, S. / Arranz, R. / Carazo, J.M. / Goldbaum, F.A. ...Llauger, G. / Melero, R. / Monti, D. / Sycz, G. / Huck-Iriart, C. / Cerutti, M.L. / Klinke, S. / Arranz, R. / Carazo, J.M. / Goldbaum, F.A. / del Vas, M. / Otero, L.H. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A Fijivirus Major Viroplasm Protein Shows RNA-Stimulated ATPase Activity by Adopting Pentameric and Hexameric Assemblies of Dimers. 著者: Gabriela Llauger / Roberto Melero / Demián Monti / Gabriela Sycz / Cristián Huck-Iriart / María L Cerutti / Sebastián Klinke / Evelyn Mikkelsen / Ariel Tijman / Rocío Arranz / Victoria ...著者: Gabriela Llauger / Roberto Melero / Demián Monti / Gabriela Sycz / Cristián Huck-Iriart / María L Cerutti / Sebastián Klinke / Evelyn Mikkelsen / Ariel Tijman / Rocío Arranz / Victoria Alfonso / Sofía M Arellano / Fernando A Goldbaum / Yann G J Sterckx / José-María Carazo / Sergio B Kaufman / Pablo D Dans / Mariana Del Vas / Lisandro H Otero / ![]() ![]() ![]() 要旨: Fijiviruses replicate and package their genomes within viroplasms in a process involving RNA-RNA and RNA-protein interactions. Here, we demonstrate that the 24 C-terminal residues (C-arm) of the P9-1 ...Fijiviruses replicate and package their genomes within viroplasms in a process involving RNA-RNA and RNA-protein interactions. Here, we demonstrate that the 24 C-terminal residues (C-arm) of the P9-1 major viroplasm protein of the mal de Río Cuarto virus (MRCV) are required for its multimerization and the formation of viroplasm-like structures. Using an integrative structural approach, the C-arm was found to be dispensable for P9-1 dimer assembly but essential for the formation of pentamers and hexamers of dimers (decamers and dodecamers), which favored RNA binding. Although both P9-1 and P9-1ΔC-arm catalyzed ATP with similar activities, an RNA-stimulated ATPase activity was only detected in the full-length protein, indicating a C-arm-mediated interaction between the ATP catalytic site and the allosteric RNA binding sites in the (do)decameric assemblies. A stronger preference to bind phosphate moieties in the decamer was predicted, suggesting that the allosteric modulation of ATPase activity by RNA is favored in this structural conformation. Our work reveals the structural versatility of a fijivirus major viroplasm protein and provides clues to its mechanism of action. The mal de Río Cuarto virus (MRCV) causes an important maize disease in Argentina. MRCV replicates in several species of plants and planthopper vectors. The viral factories, also called viroplasms, have been studied in detail in animal reovirids. This work reveals that a major viroplasm protein of MRCV forms previously unidentified structural arrangements and provides evidence that it may simultaneously adopt two distinct quaternary assemblies. Furthermore, our work uncovers an allosteric communication between the ATP and RNA binding sites that is favored in the multimeric arrangements. Our results contribute to the understanding of plant reovirids viroplasm structure and function and pave the way for the design of antiviral strategies for disease control. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 499.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 399.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 87 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 113.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 23046MC ![]() 7kvdC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44933.328 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pRSET / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Decameric complex of Mal de Rio Cuarto virus P9-1 viroplasm protein タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.6 | ||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: No previous negative glow discharge was applied on the grids in order to avoid protein aggregation | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM CPC / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER / 倍率(公称値): 120000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3800 nm / Calibrated defocus min: 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 202824 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D5 (2回x5回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 99682 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 170 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6UCT Accession code: 6UCT / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 170.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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