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- PDB-7kuh: MicroED structure of mVDAC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kuh
タイトルMicroED structure of mVDAC
要素Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Channel / mammalian / voltage dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyruvate metabolism / negative regulation of calcium import into the mitochondrion / positive regulation of type 2 mitophagy / voltage-gated monoatomic anion channel activity / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / neuron-neuron synaptic transmission / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / calcium import into the mitochondrion / ceramide binding ...Pyruvate metabolism / negative regulation of calcium import into the mitochondrion / positive regulation of type 2 mitophagy / voltage-gated monoatomic anion channel activity / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / neuron-neuron synaptic transmission / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / calcium import into the mitochondrion / ceramide binding / regulation of mitophagy / mitochondrial permeability transition pore complex / monoatomic anion channel activity / phosphatidylcholine binding / Ub-specific processing proteases / oxysterol binding / lipid transport / cholesterol binding / porin activity / mitochondrial nucleoid / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / behavioral fear response / presynaptic active zone membrane / epithelial cell differentiation / learning / postsynaptic density membrane / synaptic vesicle / myelin sheath / chemical synaptic transmission / transmembrane transporter binding / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / membrane raft / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / apoptotic process / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic mitochondrial porin signature. / Porin, eukaryotic type / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-selective voltage-gated ion channel VDAC1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Martynowycz, M.W. / Khan, F. / Hattne, J. / Abramson, J. / Gonen, T.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM136508 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM135175 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: MicroED structure of lipid-embedded mammalian mitochondrial voltage-dependent anion channel.
著者: Michael W Martynowycz / Farha Khan / Johan Hattne / Jeff Abramson / Tamir Gonen /
要旨: A structure of the murine voltage-dependent anion channel (VDAC) was determined by microcrystal electron diffraction (MicroED). Microcrystals of an essential mutant of VDAC grew in a viscous bicelle ...A structure of the murine voltage-dependent anion channel (VDAC) was determined by microcrystal electron diffraction (MicroED). Microcrystals of an essential mutant of VDAC grew in a viscous bicelle suspension, making it unsuitable for conventional X-ray crystallography. Thin, plate-like crystals were identified using scanning-electron microscopy (SEM). Crystals were milled into thin lamellae using a focused-ion beam (FIB). MicroED data were collected from three crystal lamellae and merged for completeness. The refined structure revealed unmodeled densities between protein monomers, indicative of lipids that likely mediate contacts between the proteins in the crystal. This body of work demonstrates the effectiveness of milling membrane protein microcrystals grown in viscous media using a focused ion beam for subsequent structure determination by MicroED. This approach is well suited for samples that are intractable by X-ray crystallography. To our knowledge, the presented structure is a previously undescribed mutant of the membrane protein VDAC, crystallized in a lipid bicelle matrix and solved by MicroED.
履歴
登録2020年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-23037
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-23037
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1961
ポリマ－32,1961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17250 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)98.900, 58.210, 69.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.444, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 / mVDAC1 / Outer mitochondrial membrane protein porin 1 / Plasmalemmal porin / Voltage-dependent ...mVDAC1 / Outer mitochondrial membrane protein porin 1 / Plasmalemmal porin / Voltage-dependent anion-selective channel protein 5 / mVDAC5


分子量: 32195.879 Da / 分子数: 1 / 変異: K12E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Vdac1, Vdac5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60932

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Murine voltage-dependent anion channel mutant / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.03287 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8.5
試料濃度: 12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse crystal embedded in lipid bicelles
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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データ収集

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 0 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 90 K / 最低温度: 77 K
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 0.01 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / Num. of diffraction images: 180 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 150
画像スキャンサンプリングサイズ: 28 µm / 横: 2048 / 縦: 2048
EM回折カメラ長: 3000 mm / Tilt angle list: -60,68
EM回折 シェル解像度: 3.232→3.12 Å / フーリエ空間範囲: 57.5 % / 多重度: 6.2 / 構造因子数: 565 / 位相残差: 27 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 76.29 % / 再高解像度: 3.12 Å / 測定した強度の数: 32723 / 構造因子数: 5410 / 位相誤差: 25 ° / 位相残差: 25 ° / 位相誤差の除外基準: none used / Rmerge: 0.47 / Rsym: 0.22
反射Biso Wilson estimate: 93.7 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.refine1.18.2_3874+SVN精密化
PHENIX1.18.2_3874+SVN精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EPU画像取得EPU-D
6PHENIX1.18.2モデルフィッティングPhaser
8PHENIX1.18.2モデル精密化phenix.refine
9PHENIX分子置換Phaser
12AIMLESScrystallography merging
13PHENIX３次元再構成
画像処理詳細: CetaD 2x binned
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 99.44 ° / ∠γ: 90 ° / A: 98.9 Å / B: 58.21 Å / C: 69.54 Å / 空間群名: C121 / 空間群番号: 5
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築B value: 90 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Maximum liklihood
詳細: Standard refinement with electron scattering factors
原子モデル構築PDB-ID: 3EMN

3emn


Accession code: 3EMN / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 3.12→29.46 Å / SU ML: 0.5567 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.42
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: Simple refinement without optimization.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 266 4.92 %
Rwork0.2565 5144 -
obs0.258 5410 76.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 92.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.12→29.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2167 0 0 0 2167
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.0022225
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d0.58543012
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.042333
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.004389
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d11.0242303
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.12-3.930.34711330.28872444ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY73.65
3.93-29.460.26581330.24562700ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY79.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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