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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7krr | |||||||||
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タイトル | Structural impact on SARS-CoV-2 spike protein by D614G substitution | |||||||||
要素 | Spike glycoprotein | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, J. / Cai, Y.F. / Xiao, T.S. / Lu, J.M. / Peng, H.Q. / Sterling, S.M. / Walsh Jr, R.M. / Volloch, S.R. / Zhu, H.S. / Woosley, A.N. ...Zhang, J. / Cai, Y.F. / Xiao, T.S. / Lu, J.M. / Peng, H.Q. / Sterling, S.M. / Walsh Jr, R.M. / Volloch, S.R. / Zhu, H.S. / Woosley, A.N. / Yang, W. / Sliz, P. / Chen, B. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Structural impact on SARS-CoV-2 spike protein by D614G substitution. 著者: Jun Zhang / Yongfei Cai / Tianshu Xiao / Jianming Lu / Hanqin Peng / Sarah M Sterling / Richard M Walsh / Sophia Rits-Volloch / Haisun Zhu / Alec N Woosley / Wei Yang / Piotr Sliz / Bing Chen / 要旨: Substitution for aspartic acid (D) by glycine (G) at position 614 in the spike (S) protein of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) appears to facilitate rapid viral spread. ...Substitution for aspartic acid (D) by glycine (G) at position 614 in the spike (S) protein of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) appears to facilitate rapid viral spread. The G614 strain and its recent variants are now the dominant circulating forms. Here, we report cryo-electron microscopy structures of a full-length G614 S trimer, which adopts three distinct prefusion conformations that differ primarily by the position of one receptor-binding domain. A loop disordered in the D614 S trimer wedges between domains within a protomer in the G614 spike. This added interaction appears to prevent premature dissociation of the G614 trimer-effectively increasing the number of functional spikes and enhancing infectivity-and to modulate structural rearrangements for membrane fusion. These findings extend our understanding of viral entry and suggest an improved immunogen for vaccine development. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7krr.cif.gz | 673.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7krr.ent.gz | 566.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7krr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7krr_validation.pdf.gz | 3.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7krr_full_validation.pdf.gz | 3.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7krr_validation.xml.gz | 90.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7krr_validation.cif.gz | 141 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/7krr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/7krr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 144858.031 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2 #2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | #4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: open state( one RBD up) of pre-fusion SARS-CoV-2 D614G mutant spike glycoprotein タイプ: COMPLEX 詳細: open state( one RBD up) of pre-fusion SARS-CoV-2 D614G mutant spike glycoprotein Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 440 kDa/nm / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 54.3 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (1.19.1_4122: ???) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3640242 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 86353 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6XR8 PDB chain-ID: A / Pdb chain residue range: 14-1211 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.5→396 Å / SU ML: 0.61 / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 49.51 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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