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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kpv | ||||||
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タイトル | Structure of kinase and Central lobes of yeast CKM | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / Mediator / Kinase / Cdk8 / Med13 / Med12 / CycC / CDK / Argonaute / RNA Polymerase II / PIWI. | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of filamentous growth / positive regulation of transcription by galactose / CKM complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / mediator complex / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / [RNA-polymerase]-subunit kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / cyclin-dependent kinase ...negative regulation of filamentous growth / positive regulation of transcription by galactose / CKM complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / mediator complex / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / [RNA-polymerase]-subunit kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / meiotic cell cycle / protein destabilization / transcription coactivator activity / protein kinase activity / phosphorylation / protein serine kinase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
![]() | Li, Y.C. / Chao, T.C. / Kim, H.J. / Cholko, T. / Chen, S.F. / Nakanishi, K. / Chang, C.E. / Murakami, K. / Garcia, B.A. / Boyer, T.G. / Tsai, K.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and noncanonical Cdk8 activation mechanism within an Argonaute-containing Mediator kinase module. 著者: Yi-Chuan Li / Ti-Chun Chao / Hee Jong Kim / Timothy Cholko / Shin-Fu Chen / Guojie Li / Laura Snyder / Kotaro Nakanishi / Chia-En Chang / Kenji Murakami / Benjamin A Garcia / Thomas G Boyer / Kuang-Lei Tsai / ![]() 要旨: The Cdk8 kinase module (CKM) in Mediator, comprising Med13, Med12, CycC, and Cdk8, regulates RNA polymerase II transcription through kinase-dependent and -independent functions. Numerous pathogenic ...The Cdk8 kinase module (CKM) in Mediator, comprising Med13, Med12, CycC, and Cdk8, regulates RNA polymerase II transcription through kinase-dependent and -independent functions. Numerous pathogenic mutations causative for neurodevelopmental disorders and cancer congregate in CKM subunits. However, the structure of the intact CKM and the mechanism by which Cdk8 is non-canonically activated and functionally affected by oncogenic CKM alterations are poorly understood. Here, we report a cryo-electron microscopy structure of CKM that redefines prior CKM structural models and explains the mechanism of Med12-dependent Cdk8 activation. Med12 interacts extensively with CycC and activates Cdk8 by stabilizing its activation (T-)loop through conserved Med12 residues recurrently mutated in human tumors. Unexpectedly, Med13 has a characteristic Argonaute-like bi-lobal architecture. These findings not only provide a structural basis for understanding CKM function and pathological dysfunction, but also further impute a previously unknown regulatory mechanism of Mediator in transcriptional modulation through its Med13 Argonaute-like features. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 404.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 305 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 69.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 103.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62940.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c 参照: UniProt: P39073, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 37834.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P47821 |
#3: タンパク質 | 分子量: 167049.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25648 |
#4: タンパク質 | 分子量: 160175.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38931 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: yeast CDK8 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.43 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 25 mM Hepes pH 7.4, 200 mM NaCl, and 0.005% NP-40 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 65 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31534 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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