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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kjp | |||||||||||||||
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タイトル | Disulfide Stabilized Norovirus GI.1 VLP Shell Region | |||||||||||||||
要素 | Capsid protein VP1 | |||||||||||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / Norovirus / Stabilized / VLP / Shell | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Norwalk virus (ノロウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.86 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Gorman, J. / Kwong, P.D. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: NPJ Vaccines / 年: 2020 タイトル: Disulfide stabilization of human norovirus GI.1 virus-like particles focuses immune response toward blockade epitopes. 著者: Raffaello Verardi / Lisa C Lindesmith / Yaroslav Tsybovsky / Jason Gorman / Gwo-Yu Chuang / Caitlin E Edwards / Paul D Brewer-Jensen / Michael L Mallory / Li Ou / Arne Schön / Wei Shi / Ena ...著者: Raffaello Verardi / Lisa C Lindesmith / Yaroslav Tsybovsky / Jason Gorman / Gwo-Yu Chuang / Caitlin E Edwards / Paul D Brewer-Jensen / Michael L Mallory / Li Ou / Arne Schön / Wei Shi / Ena S Tully / George Georgiou / Ralph S Baric / Peter D Kwong / 要旨: Human noroviruses are non-enveloped, single-strand RNA viruses that cause pandemic outbreaks of acute gastroenteritis. A bivalent vaccine containing GI.1 and GII.4 virus-like particles (VLPs) has ...Human noroviruses are non-enveloped, single-strand RNA viruses that cause pandemic outbreaks of acute gastroenteritis. A bivalent vaccine containing GI.1 and GII.4 virus-like particles (VLPs) has been shown to be safe and highly immunogenic, but its efficacy and durability have been limited. Here, we show that norovirus GI.1 VLPs are unstable and contain a substantial fraction of dissociated VLP components. Broadly reactive, non-neutralizing antibodies isolated from vaccinated donors bound to the dissociated components, but not to the intact VLPs. Engineering of interprotomer disulfide bonds within the shell domain prevented disassembly of the VLPs, while preserving antibody accessibility to blockade epitopes. Without adjuvant, mice immunized with stabilized GI.1 VLPs developed faster blockade antibody titers compared to immunization with wild-type GI.1 VLPs. In addition, immunization with stabilized particles focused immune responses toward surface-exposed epitopes and away from occluded epitopes. Overall, disulfide-stabilized norovirus GI.1 VLPs elicited improved responses over the non-disulfide-stabilized version, suggesting their promise as candidate vaccines. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kjp.cif.gz | 111.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kjp.ent.gz | 82.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kjp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7kjp_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7kjp_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7kjp_validation.xml.gz | 35.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7kjp_validation.cif.gz | 46.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/7kjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/7kjp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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3 |
| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56664.961 Da / 分子数: 3 / 断片: shell region / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Norwalk virus (strain GI/Human/United States/Norwalk/1968) (ウイルス) 株: GI/Human/United States/Norwalk/1968 / 遺伝子: ORF2 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q83884 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Norovirus Hu/1968/US / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Norovirus Hu/1968/US (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
緩衝液 | pH: 7.4 |
緩衝液成分 | 名称: PBS |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 70.48 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 777 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 23476 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1IHM | |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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