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万見
- PDB-7kdd: HCMV postfusion gB in complex with SM5-1 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kdd
タイトルHCMV postfusion gB in complex with SM5-1 Fab
要素
  • Envelope glycoprotein B
  • SM5-1 Fab antibody heavy chain
  • SM5-1 Fab antibody light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / fusogen / postfusion / HCMV / gB / antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / host cell endosome membrane / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus Glycoprotein B, antigenic domain, N-terminal / Glycoprotein B N-terminal antigenic domain of HCMV / Herpesvirus Glycoprotein B ectodomain / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 1 / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 / Herpesvirus Glycoprotein B / Herpesvirus Glycoprotein B PH-like domain / Herpesvirus Glycoprotein B, PH-like domain 2 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human cytomegalovirus (ヘルペスウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Liu, Y. / Heim, P.K. / Che, Y. / Chi, X. / Qiu, X. / Han, S. / Dormitzer, P.R. / Yang, X.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Prefusion structure of human cytomegalovirus glycoprotein B and structural basis for membrane fusion.
著者: Yuhang Liu / Kyle P Heim / Ye Che / Xiaoyuan Chi / Xiayang Qiu / Seungil Han / Philip R Dormitzer / Xinzhen Yang /
要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) causes congenital disease with long-term morbidity. HCMV glycoprotein B (gB) transitions irreversibly from a metastable prefusion to a stable postfusion conformation to ...Human cytomegalovirus (HCMV) causes congenital disease with long-term morbidity. HCMV glycoprotein B (gB) transitions irreversibly from a metastable prefusion to a stable postfusion conformation to fuse the viral envelope with a host cell membrane during entry. We stabilized prefusion gB on the virion with a fusion inhibitor and a chemical cross-linker, extracted and purified it, and then determined its structure to 3.6-Å resolution by electron cryomicroscopy. Our results revealed the structural rearrangements that mediate membrane fusion and details of the interactions among the fusion loops, the membrane-proximal region, transmembrane domain, and bound fusion inhibitor that stabilized gB in the prefusion state. The structure rationalizes known gB antigenic sites. By analogy to successful vaccine antigen engineering approaches for other viral pathogens, the high-resolution prefusion gB structure provides a basis to develop stabilized prefusion gB HCMV vaccine antigens.
履歴
登録2020年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22819
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22819
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein B
D: SM5-1 Fab antibody heavy chain
E: SM5-1 Fab antibody light chain
B: Envelope glycoprotein B
F: SM5-1 Fab antibody heavy chain
G: SM5-1 Fab antibody light chain
C: Envelope glycoprotein B
H: SM5-1 Fab antibody heavy chain
I: SM5-1 Fab antibody light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)463,39840
ポリマ－456,7229
非ポリマー6,67631
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area49210 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area120550 Å2

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要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein B / gB


分子量: 102067.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human cytomegalovirus (strain Towne) (ヘルペスウイルス)
株: Towne / 参照: UniProt: P13201
#2: 抗体 SM5-1 Fab antibody heavy chain


分子量: 27534.768 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pLEV123 / 細胞株 (発現宿主): 293 / 発現宿主: Scombridae gen. sp. (魚類)
#3: 抗体 SM5-1 Fab antibody light chain


分子量: 22638.217 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Towne / プラスミド: pLEV123 / 細胞株 (発現宿主): 293 / 発現宿主: Scombridae gen. sp. (魚類)
#4: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1HCMV postfusion gB in complex with a neutralizing antibody Fab SM5-1COMPLEXSM5-1 FAb is recombinant expressed with 6xHis and Strep sequence at C-terminal as purification tags. The FAb was used to purify the gB protein from lab cultured HCMV virus (Towne strain)#1-#30MULTIPLE SOURCES
2Envelope glycoprotein BCOMPLEX#11NATURAL
3SM5-1 Fab antibody heavy chain, SM5-1 Fab antibody light chainCOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
分子量値: 0.3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
12Human cytomegalovirus (strain Towne) (ヘルペスウイルス)10363Towne
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Scombridae gen. sp. (魚類)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS, 0.1 % DDM, 1 mM EDTA, 2 mg/L WAY-174865
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: this sample was monodispersed
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 4 second, -2 force

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 18000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 7768
画像スキャン動画フレーム数/画像: 28 / 利用したフレーム数/画像: 1-28

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_3965: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION2.1 beta初期オイラー角割当
11RELION2.1 beta最終オイラー角割当
12RELION2.1 beta分類
13RELION2.1 beta３次元再構成
画像処理詳細: the movies are motion corrected dose weighted and averaged with and binned 2x in Fourier space with MotionCor2 program
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1906220
詳細: a 20 angstrom low pass filtered postfusion structure was used to generate reference images for the particle auto picking
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 198170 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
15CXF

5cxf

1
21
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 76.06 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00420166
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.60427339
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.4972700
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0443105
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043459

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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