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万見
- PDB-7kch: Myosin XI-F-actin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kch
タイトルMyosin XI-F-actin complex
要素
  • Actin, alpha skeletal muscle
  • Unconventional myosin heavy chain
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / myosin / actin / cytoskeleton / motor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Striated Muscle Contraction / myosin complex / cytoskeletal motor activity / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle fiber development / stress fiber / actin filament / actin filament organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 ...Striated Muscle Contraction / myosin complex / cytoskeletal motor activity / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle fiber development / stress fiber / actin filament / actin filament organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / actin filament binding / hydrolase activity / calmodulin binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Plant myosin, class XI, motor domain / Class XI myosin, cargo binding domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / IQ calmodulin-binding motif / Myosin S1 fragment, N-terminal / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Myosin head, motor domain ...Plant myosin, class XI, motor domain / Class XI myosin, cargo binding domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / IQ calmodulin-binding motif / Myosin S1 fragment, N-terminal / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / IQ motif, EF-hand binding site / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Kinesin motor domain superfamily / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Actin, alpha skeletal muscle / Unconventional myosin heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Chara corallina (オウシャジクモ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.33 Å
データ登録者Gong, R. / Alushin, G.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM114627 米国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2021
タイトル: Optical control of fast and processive engineered myosins in vitro and in living cells.
著者: Paul V Ruijgrok / Rajarshi P Ghosh / Sasha Zemsky / Muneaki Nakamura / Rui Gong / Lin Ning / Robert Chen / Vipul T Vachharajani / Alexander E Chu / Namrata Anand / Raphael R Eguchi / Po-Ssu ...著者: Paul V Ruijgrok / Rajarshi P Ghosh / Sasha Zemsky / Muneaki Nakamura / Rui Gong / Lin Ning / Robert Chen / Vipul T Vachharajani / Alexander E Chu / Namrata Anand / Raphael R Eguchi / Po-Ssu Huang / Michael Z Lin / Gregory M Alushin / Jan T Liphardt / Zev Bryant /
要旨: Precision tools for spatiotemporal control of cytoskeletal motor function are needed to dissect fundamental biological processes ranging from intracellular transport to cell migration and division. ...Precision tools for spatiotemporal control of cytoskeletal motor function are needed to dissect fundamental biological processes ranging from intracellular transport to cell migration and division. Direct optical control of motor speed and direction is one promising approach, but it remains a challenge to engineer controllable motors with desirable properties such as the speed and processivity required for transport applications in living cells. Here, we develop engineered myosin motors that combine large optical modulation depths with high velocities, and create processive myosin motors with optically controllable directionality. We characterize the performance of the motors using in vitro motility assays, single-molecule tracking and live-cell imaging. Bidirectional processive motors move efficiently toward the tips of cellular protrusions in the presence of blue light, and can transport molecular cargo in cells. Robust gearshifting myosins will further enable programmable transport in contexts ranging from in vitro active matter reconstitutions to microfabricated systems that harness molecular propulsion.
履歴
登録2020年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22808
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22808
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Actin, alpha skeletal muscle
A: Unconventional myosin heavy chain
B: Actin, alpha skeletal muscle
C: Actin, alpha skeletal muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,66110
ポリマ－209,3064
非ポリマー1,3556
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Actin, alpha skeletal muscle / Alpha-actin-1


分子量: 42096.953 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: ACTA1, ACTA / 発現宿主: Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P68139
#2: タンパク質 Unconventional myosin heavy chain


分子量: 83015.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chara corallina (オウシャジクモ)
遺伝子: ccm
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
参照: UniProt: Q9SSU1
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Myosin XI-F-actin complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 209 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Gallus gallus (ニワトリ)9031
21Chara corallina (オウシャジクモ)43696
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Gallus gallus (ニワトリ)9031
21Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)1491790
緩衝液pH: 7
詳細: 10 mM imidazole pH 7.0,50 mM KCl,1mM MgCl2, 1mM EGTA, 0.5 mM DTT, 0.01% NaN3
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMImidazoleC3N2H41
250 mMPotassium chlorideKCl1
31 mMMagnesium chlorideMgCl21
41 mMEGTAC14H24N2O101
50.5 mMDTTC4H10O2S21
60.01 weight/volumesodium azideNaN31
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: -4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1000 nm / Cs: 0 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 67.12 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2Leginon画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -167.11 ° / 軸方向距離/サブユニット: 27.45 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 70000
3次元再構成解像度: 4.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45779 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 23 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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