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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k78 | ||||||
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タイトル | antibody and nucleosome complex | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / nucleosome (ヌクレオソーム) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HATs acetylate histones / RNA polymerase I upstream activating factor complex / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Condensation of Prophase Chromosomes / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / HDACs deacetylate histones / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Oxidative Stress Induced Senescence / replication fork protection complex ...HATs acetylate histones / RNA polymerase I upstream activating factor complex / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Condensation of Prophase Chromosomes / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / HDACs deacetylate histones / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Oxidative Stress Induced Senescence / replication fork protection complex / RMTs methylate histone arginines / postreplication repair / SUMOylation of chromatin organization proteins / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / heterochromatin organization / Ub-specific processing proteases / nucleosomal DNA binding / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / nucleosome assembly / chromatin organization / protein heterodimerization activity / DNA修復 / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Ruifang, G. / Yawen, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural and dynamic mechanisms of CBF3-guided centromeric nucleosome formation. 著者: Ruifang Guan / Tengfei Lian / Bing-Rui Zhou / Emily He / Carl Wu / Martin Singleton / Yawen Bai / 要旨: Accurate chromosome segregation relies on the specific centromeric nucleosome-kinetochore interface. In budding yeast, the centromere CBF3 complex guides the deposition of CENP-A, an H3 variant, to ...Accurate chromosome segregation relies on the specific centromeric nucleosome-kinetochore interface. In budding yeast, the centromere CBF3 complex guides the deposition of CENP-A, an H3 variant, to form the centromeric nucleosome in a DNA sequence-dependent manner. Here, we determine the structures of the centromeric nucleosome containing the native CEN3 DNA and the CBF3core bound to the canonical nucleosome containing an engineered CEN3 DNA. The centromeric nucleosome core structure contains 115 base pair DNA including a CCG motif. The CBF3core specifically recognizes the nucleosomal CCG motif through the Gal4 domain while allosterically altering the DNA conformation. Cryo-EM, modeling, and mutational studies reveal that the CBF3core forms dynamic interactions with core histones H2B and CENP-A in the CEN3 nucleosome. Our results provide insights into the structure of the budding yeast centromeric nucleosome and the mechanism of its assembly, which have implications for analogous processes of human centromeric nucleosome formation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7k78.cif.gz | 319.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7k78.ent.gz | 256.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7k78.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/7k78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/7k78 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#1: タンパク質 | 分子量: 15791.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) #2: タンパク質 | 分子量: 11395.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HHF1, YBR009C, YBR0122, HHF2, YNL030W, N2752 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: P02309 #3: タンパク質 | 分子量: 14013.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HTA1, H2A1, SPT11, YDR225W, YD9934.10 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: P04911 #4: タンパク質 | 分子量: 14280.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: HTB1, H2B1, SPT12, YDR224C, YD9934.09C / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: P02293 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 42219.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 41679.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) |
-抗体 , 1種, 2分子 KL
#7: 抗体 | 分子量: 29030.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: scFv and nucleosome complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.3 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 71 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 143164 / 対称性のタイプ: POINT |