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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jti | |||||||||||||||
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タイトル | Interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP) in complex with a monoclonal antibody (F3F5 mAb5) | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / IRBP / retinoid / Interphotoreceptor retinoid-binding protein / Antibody / TRANSPORT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cone matrix sheath / The retinoid cycle in cones (daylight vision) / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / all-trans-retinol binding / oleic acid binding / retinal binding / retinol binding / serine-type peptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Bos taurus (ウシ) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Sears, A.E. / Albiez, S. / Gulati, S. / Wang, B. / Kiser, P. / Kovacik, L. / Engel, A. / Stahlberg, H. / Palczewski, K. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, スイス, 4件
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引用 | ジャーナル: FASEB J / 年: 2020 タイトル: Single particle cryo-EM of the complex between interphotoreceptor retinoid-binding protein and a monoclonal antibody. 著者: Avery E Sears / Stefan Albiez / Sahil Gulati / Benlian Wang / Philip Kiser / Lubomir Kovacik / Andreas Engel / Henning Stahlberg / Krzysztof Palczewski / 要旨: Interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP) is a highly expressed protein secreted by rod and cone photoreceptors that has major roles in photoreceptor homeostasis as well as retinoid and ...Interphotoreceptor retinoid-binding protein (IRBP) is a highly expressed protein secreted by rod and cone photoreceptors that has major roles in photoreceptor homeostasis as well as retinoid and polyunsaturated fatty acid transport between the neural retina and retinal pigment epithelium. Despite two crystal structures reported on fragments of IRBP and decades of research, the overall structure of IRBP and function within the visual cycle remain unsolved. Here, we studied the structure of native bovine IRBP in complex with a monoclonal antibody (mAb5) by cryo-electron microscopy, revealing the tertiary and quaternary structure at sufficient resolution to clearly identify the complex components. Complementary mass spectrometry experiments revealed the structure and locations of N-linked carbohydrate post-translational modifications. This work provides insight into the structure of IRBP, displaying an elongated, flexible three-dimensional architecture not seen among other retinoid-binding proteins. This work is the first step in elucidation of the function of this enigmatic protein. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jti.cif.gz | 294.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jti.ent.gz | 240.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jti.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/7jti ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/7jti | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 22474MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10388 (タイトル: Single particle cryo-EM of the complex between interphotoreceptor retinoid-binding protein and a monoclonal antibody Data size: 729.9 Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of IRBP and antibody [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Retinol-binding protein ... , 4種, 4分子 ABCD
#3: タンパク質 | 分子量: 33267.301 Da / 分子数: 1 / Fragment: Module 1 (UNP residues 329-631) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: eye / 組織: retina / 参照: UniProt: P12661 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 33386.637 Da / 分子数: 1 / Fragment: Module 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: F1Q9N9*PLUS |
#5: タンパク質 | 分子量: 32399.768 Da / 分子数: 1 / Fragment: Module 3 (UNP residues 633-932) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P12661 |
#6: タンパク質 | 分子量: 32192.508 Da / 分子数: 1 / Fragment: Module 4 (UNP residues 936-1231) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P12661 |
-抗体 , 2種, 2分子 LH
#1: 抗体 | 分子量: 22596.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) |
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#2: 抗体 | 分子量: 23777.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.193 MDa / 実験値: YES | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: The sample had minor aggregation but was overall monodisperse. | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot for 3 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 60000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: GATAN 910 MULTI-SPECIMEN SINGLE TILT CRYO TRANSFER HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 80 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 2649 詳細: Images were collected in movie mode at 35 frames per second. |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 1000 / 縦: 1000 / 動画フレーム数/画像: 35 |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: The selected images were low-pass filtered and normalized. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 281804 詳細: Ab initio, cisTEM processing using low-pass filtered reconstruction | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 17900 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 156 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1J7X PDB chain-ID: A |