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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jsw | |||||||||
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タイトル | ArfB Rescue of a 70S Ribosome stalled on truncated mRNA with a partial A-site codon (+2-III) | |||||||||
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![]() | RIBOSOME/TRANSLATION / Ribosome / ArfB / mRNA / TRANSLATION / RIBOSOME-TRANSLATION complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() translation release factor activity / peptidyl-tRNA hydrolase / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation ...translation release factor activity / peptidyl-tRNA hydrolase / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / four-way junction DNA binding / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / rescue of stalled ribosome / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / DNA endonuclease activity / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
![]() | Carbone, C.E. / Korostelev, A.A. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: ArfB can displace mRNA to rescue stalled ribosomes. 著者: Christine E Carbone / Gabriel Demo / Rohini Madireddy / Egor Svidritskiy / Andrei A Korostelev / ![]() ![]() 要旨: Ribosomes stalled during translation must be rescued to replenish the pool of translation-competent ribosomal subunits. Bacterial alternative rescue factor B (ArfB) releases nascent peptides from ...Ribosomes stalled during translation must be rescued to replenish the pool of translation-competent ribosomal subunits. Bacterial alternative rescue factor B (ArfB) releases nascent peptides from ribosomes stalled on mRNAs truncated at the A site, allowing ribosome recycling. Prior structural work revealed that ArfB recognizes such ribosomes by inserting its C-terminal α-helix into the vacant mRNA tunnel. In this work, we report that ArfB can efficiently recognize a wider range of mRNA substrates, including longer mRNAs that extend beyond the A-site codon. Single-particle cryo-EM unveils that ArfB employs two modes of function depending on the mRNA length. ArfB acts as a monomer to accommodate a shorter mRNA in the ribosomal A site. By contrast, longer mRNAs are displaced from the mRNA tunnel by more than 20 Å and are stabilized in the intersubunit space by dimeric ArfB. Uncovering distinct modes of ArfB function resolves conflicting biochemical and structural studies, and may lead to re-examination of other ribosome rescue pathways, whose functions depend on mRNA lengths. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 189.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 343.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
+50S ribosomal protein ... , 28種, 28分子 bcdefgjklmnopqrstuvwxyzBCDEF
-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 GHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
#29: タンパク質 | 分子量: 25015.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#30: タンパク質 | 分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#31: タンパク質 | 分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#32: タンパク質 | 分子量: 16532.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#33: タンパク質 | 分子量: 11669.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#34: タンパク質 | 分子量: 16861.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#35: タンパク質 | 分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#36: タンパク質 | 分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#37: タンパク質 | 分子量: 11196.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#38: タンパク質 | 分子量: 12388.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#39: タンパク質 | 分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#40: タンパク質 | 分子量: 12625.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#41: タンパク質 | 分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#42: タンパク質 | 分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#43: タンパク質 | 分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#44: タンパク質 | 分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#45: タンパク質 | 分子量: 7606.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#46: タンパク質 | 分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#47: タンパク質 | 分子量: 9506.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#48: タンパク質 | 分子量: 7763.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-RNA鎖 , 5種, 5分子 31254
#49: RNA鎖 | 分子量: 498724.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#50: RNA鎖 | 分子量: 941305.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#51: RNA鎖 | 分子量: 38813.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#52: RNA鎖 | 分子量: 24802.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#53: RNA鎖 | 分子量: 5256.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 1種, 1分子 8
#54: タンパク質 | 分子量: 14709.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: ArfB Rescue of a 70S Ribosome stalled on truncated mRNA with a partial A-site codon (+2-III) タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 30.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7464 / 対称性のタイプ: POINT |
NMRアンサンブル | 登録したコンフォーマーの数: 1 |