[日本語] English
万見
- PDB-7jmc: Sheep Connexin-50 at 2.5 angstroms resolution, Lipid Class 3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jmc
タイトルSheep Connexin-50 at 2.5 angstroms resolution, Lipid Class 3
要素Gap junction alpha-8 protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Connexin / Gap Junction / Lipid / Nanodisc
機能・相同性
機能・相同性情報


gap junction-mediated intercellular transport / connexin complex / gap junction channel activity / cell-cell signaling / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gap junction alpha-8 protein (Cx50) / Gap junction alpha-8 protein (Cx50) / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin / Connexins signature 1. / Connexins signature 2. ...Gap junction alpha-8 protein (Cx50) / Gap junction alpha-8 protein (Cx50) / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin / Connexins signature 1. / Connexins signature 2. / Connexin homologues / Gap junction channel protein cysteine-rich domain
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Gap junction alpha-8 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Flores, J.A. / Haddad, B.G. / Dolan, K.D. / Myers, J.B. / Yoshioka, C.C. / Copperman, J. / Zuckerman, D.M. / Reichow, S.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R35GM124779 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)1F31EY030409-01 米国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Connexin-46/50 in a dynamic lipid environment resolved by CryoEM at 1.9 Å.
著者: Jonathan A Flores / Bassam G Haddad / Kimberly A Dolan / Janette B Myers / Craig C Yoshioka / Jeremy Copperman / Daniel M Zuckerman / Steve L Reichow /
要旨: Gap junctions establish direct pathways for cells to transfer metabolic and electrical messages. The local lipid environment is known to affect the structure, stability and intercellular channel ...Gap junctions establish direct pathways for cells to transfer metabolic and electrical messages. The local lipid environment is known to affect the structure, stability and intercellular channel activity of gap junctions; however, the molecular basis for these effects remains unknown. Here, we incorporate native connexin-46/50 (Cx46/50) intercellular channels into a dual lipid nanodisc system, mimicking a native cell-to-cell junction. Structural characterization by CryoEM reveals a lipid-induced stabilization to the channel, resulting in a 3D reconstruction at 1.9 Å resolution. Together with all-atom molecular dynamics simulations, it is shown that Cx46/50 in turn imparts long-range stabilization to the dynamic local lipid environment that is specific to the extracellular lipid leaflet. In addition, ~400 water molecules are resolved in the CryoEM map, localized throughout the intercellular permeation pathway and contributing to the channel architecture. These results illustrate how the aqueous-lipid environment is integrated with the architectural stability, structure and function of gap junction communication channels.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
#2: ジャーナル: BioRxiv / 年: 2020
タイトル: Connexin-46/50 in a dynamic lipid environment resolved by CryoEM at 1.9 angstroms
著者: Flores, J.A. / Haddad, B.G. / Dolan, K.A. / Myers, J.B. / Yoshioka, C.C. / Copperman, J. / Zuckerman, D.M. / Reichow, S.L.
履歴
登録2020年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22391
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Gap junction alpha-8 protein
B: Gap junction alpha-8 protein
C: Gap junction alpha-8 protein
D: Gap junction alpha-8 protein
E: Gap junction alpha-8 protein
F: Gap junction alpha-8 protein
G: Gap junction alpha-8 protein
H: Gap junction alpha-8 protein
I: Gap junction alpha-8 protein
J: Gap junction alpha-8 protein
K: Gap junction alpha-8 protein
L: Gap junction alpha-8 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)688,224156
ポリマ－590,60212
非ポリマー97,622144
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.500010569519, 0.866019301383, -7.44306248179E-7), (0.866019301384, -0.500010569519, 2.35582255969E-7), (-1.68142210316E-7, -7.62377195039E-7, -1)-17.8995274778, 31.0111166704, 160.952072786
2given(-0.500013602592, 0.866017550182, 2.10907174875E-7), (0.866017550182, 0.500013602592, -3.22450657234E-7), (-3.84704384554E-7, 2.14196001192E-8, -1)29.4756241433, -17.0128308106, 160.952040023
3given(-0.999999999999, 1.49284998076E-7, -1.43874028682E-6), (1.49284340836E-7, 1, 4.56816955284E-7), (1.43874035502E-6, 4.56816740502E-7, -0.999999999999)94.754227222, -8.69395711121E-5, 160.951963381
4given(-0.500013315275, -0.866017716069, -1.28775103976E-6), (-0.866017716069, 0.500013315276, -5.63765391569E-7), (1.13212348345E-6, 8.33325011846E-7, -0.999999999999)112.662139163, 65.0437770168, 160.952003416
5given(0.50000969889, -0.866019804055, -5.38226302083E-7), (-0.866019804055, -0.500009698889, -6.13789890787E-7), (2.62435829711E-7, 7.73015535141E-7, -1)65.2801626224, 113.074562022, 160.952011349
6given(-0.999999999999, 1.03919146472E-6, -6.79887902088E-7), (-1.03919129945E-6, -0.999999999999, -2.43073150038E-7), (-6.79888154687E-7, -2.43072443504E-7, 1)94.7540299929, 96.0520390462, 7.81891486668E-6
7given(-0.500013406846, -0.866017663199, -1.36515043583E-6), (0.8660176632, -0.500013406846, -1.93403083553E-7), (-5.15103033803E-7, -1.27894852505E-6, 0.999999999999)112.659380834, 31.014326225, 4.91226420252E-6
8given(0.500007478459, -0.866021086051, -9.8146769848E-8), (0.866021086051, 0.500007478459, 3.01056735289E-7), (-2.11647361948E-7, -2.35527791301E-7, 1)65.2842798915, -17.0164931197, -4.235305098926E-5
9given(0.999999999999, 1.31422273604E-6, 8.33801658278E-7), (1.31422285818E-6, -0.999999999999, -1.46489282765E-7), (8.33801465758E-7, 1.46490378566E-8, -1)-0.000174499824116, 96.0520042044, 160.95197962
10given(0.500012992509, 0.866017902425, 7.31004073995E-7), (-0.866017902426, 0.500012992509, 6.24102738888E-8), (1.74972610255E-7, -9.4512209293E-7, 1)-17.9022954073, 65.0460374194, -5.30176902203E-6
11given(-0.500012334797, 0.866018282169, 7.92161671165E-8), (-0.866018282169, -0.500012334797, 5.82279674068E-7), (5.43873903752E-7, 2.22544370369E-7, 1)29.4797567531, 113.069997024, -5.75778779677E-5

-
要素

#1: タンパク質
Gap junction alpha-8 protein / Connexin-49 / Cx49 / Lens fiber protein MP70 / MP38 / MP64


分子量: 49216.809 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Eye / Plasmid details: Young Sheep / 組織: Lens / 参照: UniProt: P55917
#2: 化合物...
ChemComp-MC3 / 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 677.933 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H72NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Dodecameric Connexin-50 Gap Junction Channel Complex
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.45 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 器官: Eye / 組織: Lens
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 150 sec. / 電子線照射量: 52.5 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2088
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refinedev_3928精密化
PHENIXdev_3928精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: D6 (2回x6回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6942 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6MHY

6mhy


Accession code: 6MHY / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 57.89 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.008721480
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.742728440
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05633012
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063288
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.36388352

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る