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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7f9o | ||||||
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タイトル | PSI-NDH supercomplex of Barley | ||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / NDH | ||||||
機能・相同性 | ![]() NADH dehydrogenase complex (plastoquinone) assembly / photosynthesis, light harvesting / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem II oxygen evolving complex / : / photosystem I reaction center / photosystem I / thylakoid ...NADH dehydrogenase complex (plastoquinone) assembly / photosynthesis, light harvesting / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem II oxygen evolving complex / : / photosystem I reaction center / photosystem I / thylakoid / chloroplast envelope / photosystem I / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / photosystem II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / iron-sulfur cluster binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / catalytic activity / defense response to fungus / ATP synthesis coupled electron transport / photosynthesis / chloroplast / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / mitochondrial membrane / NAD binding / protein folding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / carbohydrate binding / response to oxidative stress / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process / oxidoreductase activity / electron transfer activity / iron ion binding / calcium ion binding / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | ||||||
![]() | Wang, W.D. / Shen, L. / Tang, K. / Han, G.Y. / Shen, J.R. / Zhang, X. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Architecture of the chloroplast PSI-NDH supercomplex in Hordeum vulgare. 著者: Liangliang Shen / Kailu Tang / Wenda Wang / Chen Wang / Hangjun Wu / Zhiyuan Mao / Shaoya An / Shenghai Chang / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Guangye Han / Xing Zhang / ![]() ![]() 要旨: The chloroplast NADH dehydrogenase-like (NDH) complex is composed of at least 29 subunits and has an important role in mediating photosystem I (PSI) cyclic electron transport (CET). The NDH complex ...The chloroplast NADH dehydrogenase-like (NDH) complex is composed of at least 29 subunits and has an important role in mediating photosystem I (PSI) cyclic electron transport (CET). The NDH complex associates with PSI to form the PSI-NDH supercomplex and fulfil its function. Here, we report cryo-electron microscopy structures of a PSI-NDH supercomplex from barley (Hordeum vulgare). The structures reveal that PSI-NDH is composed of two copies of the PSI-light-harvesting complex I (LHCI) subcomplex and one NDH complex. Two monomeric LHCI proteins, Lhca5 and Lhca6, mediate the binding of two PSI complexes to NDH. Ten plant chloroplast-specific NDH subunits are presented and their exact positions as well as their interactions with other subunits in NDH are elucidated. In all, this study provides a structural basis for further investigations on the functions and regulation of PSI-NDH-dependent CET. #1: ![]() タイトル: Photosynthesis. Structural basis for energy transfer pathways in the plant PSI-LHCI supercomplex. 著者: Xiaochun Qin / Michihiro Suga / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / ![]() ![]() 要旨: Photosynthesis converts solar energy to chemical energy by means of two large pigment-protein complexes: photosystem I (PSI) and photosystem II (PSII). In higher plants, the PSI core is surrounded by ...Photosynthesis converts solar energy to chemical energy by means of two large pigment-protein complexes: photosystem I (PSI) and photosystem II (PSII). In higher plants, the PSI core is surrounded by a large light-harvesting complex I (LHCI) that captures sunlight and transfers the excitation energy to the core with extremely high efficiency. We report the structure of PSI-LHCI, a 600-kilodalton membrane protein supercomplex, from Pisum sativum (pea) at a resolution of 2.8 angstroms. The structure reveals the detailed arrangement of pigments and other cofactors—especially within LHCI—as well as numerous specific interactions between the PSI core and LHCI. These results provide a firm structural basis for our understanding on the energy transfer and photoprotection mechanisms within the PSI-LHCI supercomplex. | ||||||
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 20.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 21.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 404.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 551 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 4分子 AeBf
#1: タンパク質 | 分子量: 83217.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: S4Z1K7, photosystem I #2: タンパク質 | 分子量: 82693.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: S4Z289, photosystem I |
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-タンパク質 , 4種, 5分子 CgOQZ
#3: タンパク質 | 分子量: 8909.345 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: S4YZ47, photosystem I #19: タンパク質 | | 分子量: 56222.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: S4Z8N2, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う #21: タンパク質 | | 分子量: 87552.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A7T7JN26 #30: タンパク質 | | 分子量: 5209.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 16分子 DhEiFjHkIlJmKnLo
#4: タンパク質 | 分子量: 21958.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P36213 #5: タンパク質 | 分子量: 15476.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P13194 #6: タンパク質 | 分子量: 24866.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P13192 #7: タンパク質 | 分子量: 14900.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P20143 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4010.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: S4Z1D9 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4747.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: S4Z1E9 #10: タンパク質 | 分子量: 13742.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P36886 #11: タンパク質 | 分子量: 22229.730 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P23993 |
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-Chlorophyll a-b binding protein ... , 3種, 4分子 1p5r
#12: タンパク質 | 分子量: 26691.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A287WC32 #15: タンパク質 | | 分子量: 27618.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() #41: タンパク質 | | 分子量: 21976.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9LKC7 |
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-Chlorophyll a-b binding protein, ... , 3種, 4分子 23qs
#13: タンパク質 | 分子量: 27320.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q43485 | ||
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#14: タンパク質 | 分子量: 29374.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: F2DAN8 #42: タンパク質 | | 分子量: 23904.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: F2D0D5 |
-NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit ... , 12種, 12分子 GMNPRSTUVWXY
#16: タンパク質 | 分子量: 38544.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P92432, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
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#17: タンパク質 | 分子量: 53452.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: S4Z268, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#18: タンパク質 | 分子量: 13299.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: S4Z1L1, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#20: タンパク質 | 分子量: 11199.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: S4Z1I1, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#22: タンパク質 | 分子量: 19587.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A4Y5SEJ9, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#23: タンパク質 | 分子量: 44563.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: S4Z272, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#24: タンパク質 | 分子量: 19271.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A218LNN1, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#25: タンパク質 | 分子量: 18733.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q7GT16, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#26: タンパク質 | 分子量: 27568.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: S4Z232, トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う |
#27: タンパク質 | 分子量: 22240.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: F2CUR7 |
#28: タンパク質 | 分子量: 24051.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: F2D138 |
#29: タンパク質 | 分子量: 25928.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A287M953 |
-Photosynthetic NDH subunit of subcomplex ... , 10種, 10分子 abc4d67890
#31: タンパク質 | 分子量: 17835.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#32: タンパク質 | 分子量: 23946.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: F2CTW7 |
#33: タンパク質 | 分子量: 24733.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#34: タンパク質 | 分子量: 13954.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#35: タンパク質 | 分子量: 25818.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: F2CTD7 |
#36: タンパク質 | 分子量: 51675.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: F2D3G1 |
#37: タンパク質 | 分子量: 38079.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: F2D932 |
#38: タンパク質 | 分子量: 13313.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: F2DD79 |
#39: タンパク質 | 分子量: 9756.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#40: タンパク質 | 分子量: 18146.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: F2DWH9 |
-糖 , 1種, 4分子 ![](data/chem/img/DGD.gif)
#49: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 11種, 396分子 ![](data/chem/img/CL0.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
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![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
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![](data/chem/img/LUT.gif)
![](data/chem/img/CHL.gif)
![](data/chem/img/XAT.gif)
![](data/chem/img/SQD.gif)
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![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/LUT.gif)
![](data/chem/img/CHL.gif)
![](data/chem/img/XAT.gif)
![](data/chem/img/SQD.gif)
#43: 化合物 | #44: 化合物 | ChemComp-CLA / #45: 化合物 | ChemComp-PQN / #46: 化合物 | ChemComp-LHG / #47: 化合物 | ChemComp-BCR / #48: 化合物 | ChemComp-SF4 / #50: 化合物 | ChemComp-LMG / #51: 化合物 | ChemComp-LUT / ( #52: 化合物 | ChemComp-CHL / #53: 化合物 | ChemComp-XAT / ( #54: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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配列の詳細 | UniProt database assigns these position to UNK. Author determined these residues. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: PSI-NDH supercomplex of Barley / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#42 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103844 / 対称性のタイプ: POINT |