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万見
- PDB-7evp: Cryo-EM structure of the Gp168-beta-clamp complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7evp
タイトルCryo-EM structure of the Gp168-beta-clamp complex
要素
  • Beta sliding clamp
  • Sliding clamp inhibitor
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / gp168 / DNA beta-clamp / cross-species inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage beta-clamp binding protein / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Sliding clamp inhibitor / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Staphylococcus virus Twort (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Liu, B. / Li, S. / Liu, Y. / Chen, H. / Hu, Z. / Wang, Z. / Gou, L. / Zhang, L. / Ma, B. / Wang, H. ...Liu, B. / Li, S. / Liu, Y. / Chen, H. / Hu, Z. / Wang, Z. / Gou, L. / Zhang, L. / Ma, B. / Wang, H. / Matthews, S. / Wang, Y. / Zhang, K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81871662 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021
タイトル: Bacteriophage Twort protein Gp168 is a β-clamp inhibitor by occupying the DNA sliding channel.
著者: Bing Liu / Shanshan Li / Yang Liu / Huan Chen / Zhenyue Hu / Zhihao Wang / Yimin Zhao / Lei Zhang / Biyun Ma / Hongliang Wang / Steve Matthews / Yawen Wang / Kaiming Zhang /
要旨: Bacterial chromosome replication is mainly catalyzed by DNA polymerase III, whose beta subunits enable rapid processive DNA replication. Enabled by the clamp-loading complex, the two beta subunits ...Bacterial chromosome replication is mainly catalyzed by DNA polymerase III, whose beta subunits enable rapid processive DNA replication. Enabled by the clamp-loading complex, the two beta subunits form a ring-like clamp around DNA and keep the polymerase sliding along. Given the essential role of β-clamp, its inhibitors have been explored for antibacterial purposes. Similarly, β-clamp is an ideal target for bacteriophages to shut off host DNA synthesis during host takeover. The Gp168 protein of phage Twort is such an example, which binds to the β-clamp of Staphylococcus aureus and prevents it from loading onto DNA causing replication arrest. Here, we report a cryo-EM structure of the clamp-Gp168 complex at 3.2-Å resolution. In the structure of the complex, the Gp168 dimer occupies the DNA sliding channel of β-clamp and blocks its loading onto DNA, which represents a new inhibitory mechanism against β-clamp function. Interestingly, the key residues responsible for this interaction on the β-clamp are well conserved among bacteria. We therefore demonstrate that Gp168 is potentially a cross-species β-clamp inhibitor, as it forms complex with the Bacillus subtilis β-clamp. Our findings reveal an alternative mechanism for bacteriophages to inhibit β-clamp and provide a new strategy to combat bacterial drug resistance.
履歴
登録2021年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年2月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年2月16日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年2月16日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年2月16日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年2月16日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31339
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
C: Sliding clamp inhibitor
B: Beta sliding clamp
D: Sliding clamp inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,9074
ポリマ－101,9074
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area6790 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area36240 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Beta sliding clamp / Beta clamp / Sliding clamp / Beta-clamp processivity factor / DNA polymerase III beta sliding clamp ...Beta clamp / Sliding clamp / Beta-clamp processivity factor / DNA polymerase III beta sliding clamp subunit / DNA polymerase III subunit beta


分子量: 41955.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: dnaN
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P0A024
#2: タンパク質 Sliding clamp inhibitor / gp168


分子量: 8997.979 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus virus Twort (ウイルス)
遺伝子: TwortDSMZ_173
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A6H0X5G8
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Gp168-beta-clamp complexCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Beta sliding clamp 2COMPLEX#11RECOMBINANT
3Gp168COMPLEX#21RECOMBINANT
分子量値: 0.1 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)1280
33Staphylococcus virus Twort (ウイルス)55510
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)866768
33Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)866768
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 56 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
8PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC3３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 218035 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0086720
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8519104
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.3654120
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.061068
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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