+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7en0 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure and Activity of SLAC1 Channels for Stomatal Signaling in Leaves | ||||||||||||||||||
要素 | SLow Anion Channel 1 | ||||||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / anion channel | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to humidity / stomatal closure / regulation of stomatal opening / voltage-gated monoatomic anion channel activity / regulation of stomatal closure / response to ozone / intracellular monoatomic ion homeostasis / organic anion transport / response to carbon dioxide / response to abscisic acid ...response to humidity / stomatal closure / regulation of stomatal opening / voltage-gated monoatomic anion channel activity / regulation of stomatal closure / response to ozone / intracellular monoatomic ion homeostasis / organic anion transport / response to carbon dioxide / response to abscisic acid / multicellular organismal-level water homeostasis / response to light stimulus / protein phosphatase binding / membrane => GO:0016020 / protein kinase binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Brachypodium distachyon (セイヨウヤマカモジ) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Deng, Y. / Kashtoh, H. / Wang, Q. / Zhen, G. / Li, Q. / Tang, L. / Gao, H. / Zhang, C. / Qin, L. / Su, M. ...Deng, Y. / Kashtoh, H. / Wang, Q. / Zhen, G. / Li, Q. / Tang, L. / Gao, H. / Zhang, C. / Qin, L. / Su, M. / Li, F. / Huang, X. / Wang, Y. / Xie, Q. / Clarke, O.B. / Hendrickson, W.A. / Chen, Y. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 米国, 5件
| ||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Structure and activity of SLAC1 channels for stomatal signaling in leaves. 著者: Ya-Nan Deng / Hamdy Kashtoh / Quan Wang / Guang-Xiao Zhen / Qi-Yu Li / Ling-Hui Tang / Hai-Long Gao / Chun-Rui Zhang / Li Qin / Min Su / Fei Li / Xia-He Huang / Ying-Chun Wang / Qi Xie / ...著者: Ya-Nan Deng / Hamdy Kashtoh / Quan Wang / Guang-Xiao Zhen / Qi-Yu Li / Ling-Hui Tang / Hai-Long Gao / Chun-Rui Zhang / Li Qin / Min Su / Fei Li / Xia-He Huang / Ying-Chun Wang / Qi Xie / Oliver B Clarke / Wayne A Hendrickson / Yu-Hang Chen / 要旨: Stomata in leaves regulate gas exchange between the plant and its atmosphere. Various environmental stimuli elicit abscisic acid (ABA); ABA leads to phosphoactivation of slow anion channel 1 (SLAC1); ...Stomata in leaves regulate gas exchange between the plant and its atmosphere. Various environmental stimuli elicit abscisic acid (ABA); ABA leads to phosphoactivation of slow anion channel 1 (SLAC1); SLAC1 activity reduces turgor pressure in aperture-defining guard cells; and stomatal closure ensues. We used electrophysiology for functional characterizations of SLAC1 (SLAC1) and cryoelectron microscopy (cryo-EM) for structural analysis of SLAC1 (SLAC1), at 2.97-Å resolution. We identified 14 phosphorylation sites in SLAC1 and showed nearly 330-fold channel-activity enhancement with 4 to 6 of these phosphorylated. Seven SLAC1-conserved arginines are poised in SLAC1 for regulatory interaction with the N-terminal extension. This SLAC1 structure has its pores closed, in a basal state, spring loaded by phenylalanyl residues in high-energy conformations. SLAC1 phosphorylation fine-tunes an equilibrium between basal and activated SLAC1 trimers, thereby controlling the degree of stomatal opening. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7en0.cif.gz | 180.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7en0.ent.gz | 136.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7en0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7en0_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7en0_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7en0_validation.xml.gz | 43.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7en0_validation.cif.gz | 57.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/7en0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/7en0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62678.348 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Brachypodium distachyon (セイヨウヤマカモジ) 遺伝子: 100841201, BRADI_5g18980v3 / 発現宿主: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: A0A0Q3IDG7 #2: 化合物 | #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of Brachypodium distachyon SLAC1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Brachypodium distachyon (セイヨウヤマカモジ) |
由来(組換発現) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R0.6/1 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 71.3 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / バージョン: 2.0.27 / カテゴリ: 3次元再構成 |
---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95704 / 対称性のタイプ: POINT |