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- PDB-7efd: 1.77 A cryo-EM structure of Streptavidin using first 40 frames (c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7efd
タイトル1.77 A cryo-EM structure of Streptavidin using first 40 frames (corresponding to about 40 e/A^2 total dose)
要素Streptavidin
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / STREPTAVIDIN
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
BIOTIN / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Hiraizumi, M. / Yamashita, K. / Nishizawa, T. / Kotecha, A. / Nureki, O.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.77 A cryo-EM structure of Streptavidin using first 40 frames (corresponding to about 40e/A^2 total dose)
著者: Hiraizumi, M.
履歴
登録2021年3月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete point assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-31084
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31084
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0942
ポリマ－18,8501
非ポリマー2441
水70339
1
A: Streptavidin
ヘテロ分子

A: Streptavidin
ヘテロ分子

A: Streptavidin
ヘテロ分子

A: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3768
ポリマ－75,3994
非ポリマー9774
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation3
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: D2 (2回x2回 2面回転対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(-1), (-1), (1)111.051, 111.051
3generate(1), (-1), (-1)111.051, 111.051
4generate(-1), (1), (-1)111.051, 111.051

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要素

#1: タンパク質 Streptavidin


分子量: 18849.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces avidinii (バクテリア) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物 ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン


分子量: 244.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Streptavidin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Streptomyces avidinii (バクテリア)
緩衝液pH: 7.2
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 70 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4053

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0272 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1.13CTF補正
7MOLREPモデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1３次元再構成
13REFMAC5.8.0272モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 1.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 153976 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: RECIPROCAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-ID
15N7X

5n7x

M5N7X1
21MK5

1mk5

A1MK52
精密化解像度: 1.77→76.255 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / WRfactor Rwork: 0.349 / SU B: 3.828 / SU ML: 0.099 / Average fsc overall: 0.6978 / Average fsc work: 0.6978 / ESU R: 0.053 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rwork0.3492 139383 -
all0.3492 --
obs--100 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.492 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.306 Å20 Å20 Å2
2--0.51 Å2-0 Å2
3----0.203 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0280.012986
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0270.018865
ELECTRON MICROSCOPYr_ext_dist_refined_d0.410.11486
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg3.0231.6421350
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg2.3081.5781981
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg8.6872.023128
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg31.922.17446
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg14.66415130
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg24.663154
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.030.2136
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0010.021167
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other00.02245
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.0550.2170
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbd_other0.050.21242
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.10.2694
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbtor_other0.040.2906
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.0280.2108
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbd_refined0.020.222
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other0.040.270
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0280.212
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it6.3094.482512
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other6.314.478511
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it9.9776.722640
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other9.9726.728641
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it7.115.014474
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other7.1025.018475
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it10.927.194710
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other10.9137.197711
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it26.566214.5052364
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_other26.775214.092320
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 40 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allFsc workRfactor allWRfactor Rwork
1.77-1.793523652360.202
1.793-1.8160.719518851880.2370.7190.719
1.816-1.840.649493949390.3430.6490.649
1.84-1.8660.663504650460.3550.6630.663
1.866-1.8920.657495649560.4090.6570.657
1.892-1.920.597483348330.4390.5970.597
1.92-1.9490.597471647160.4690.5970.597
1.949-1.9790.527478547850.5210.5270.527
1.979-2.010.476462746270.6150.4760.476
2.01-2.0440.458452145210.6480.4580.458
2.044-2.0790.448448444840.6730.4480.448
2.079-2.1150.424444844480.7070.4240.424
2.115-2.1540.403425942590.7330.4030.403
2.154-2.1950.41427742770.7420.410.41
2.195-2.2390.388416841680.7840.3880.388
2.239-2.2850.382405540550.780.3820.382
2.285-2.3340.388401940190.8160.3880.388
2.334-2.3860.349396939690.8350.3490.349
2.386-2.4420.35379637960.8390.350.35
2.442-2.5030.335376537650.8540.3350.335
2.503-2.5670.321361636160.8630.3210.321
2.567-2.6380.326353035300.8730.3260.326
2.638-2.7140.296349034900.8850.2960.296
2.714-2.7980.285333833380.9090.2850.285
2.798-2.8890.277332733270.9210.2770.277
2.889-2.990.272313231320.9260.2720.272
2.99-3.1030.253299329930.9330.2530.253
3.103-3.230.235288928890.9420.2350.235
3.23-3.3730.25287328730.9370.250.25
3.373-3.5370.244263426340.9420.2440.244
3.537-3.7280.229254725470.9460.2290.229
3.728-3.9540.225240924090.9430.2250.225
3.954-4.2260.253228322830.940.2530.253
4.226-4.5630.237209220920.9490.2370.237
4.563-4.9970.257193519350.9410.2570.257
4.997-5.5840.284176117610.9150.2840.284
5.584-6.4420.443155115510.8430.4430.443
6.442-7.8760.536129212920.8180.5360.536
7.876-11.0790.445103410340.8470.4450.445
11.079-76.2550.7285665660.9110.7280.728

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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