PDB-7e1e: Lamprey serum virus-like lectin-LSVL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7e1e

タイトル

Lamprey serum virus-like lectin-LSVL

要素

Serum lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Lamprey / serum / LSVL / innate immunity / ANTIMICROBIAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

oligosaccharide binding / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lethenteron camtschaticum (魚類)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å

データ登録者

Peng, Y.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of lamprey serum virus-like lectin with high binding capacity, involved in initiation and regulation of innate immunity
著者: Qingwei, L. / Peng, Y.

履歴

登録	2021年2月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月2日	Group: Data processing / カテゴリ: em_3d_reconstruction / Item: _em_3d_reconstruction.resolution
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7e1e.cif.gz	153.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7e1e.ent.gz	121.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7e1e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7e1e_validation.pdf.gz	878.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7e1e_full_validation.pdf.gz	893 KB	表示
XML形式データ	7e1e_validation.xml.gz	29.8 KB	表示
CIF形式データ	7e1e_validation.cif.gz	40.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/7e1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/7e1e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	30939MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (5) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (5) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (5) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (5)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (5)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (5)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serum lectin

B: Serum lectin

C: Serum lectin

ヘテロ分子

110 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: microscopy

#1: タンパク質	Serum lectin / lamprey serum virus-like lectin 分子量: 36481.047 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lethenteron camtschaticum (魚類) / 参照: UniProt: Q98TC9
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: lamprey serum virus-like lectin-LSVL / タイプ: TISSUE / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Lethenteron camtschaticum (魚類)
緩衝液	pH: 7
試料	濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: NITROGEN / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 225296 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.007	6669
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.775	9084
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	18.519	3813
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.05	957
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.007	1188

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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