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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d6e | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structural insights into membrane remodeling by SNX1 | ||||||||||||||||||
要素 | Sorting nexin-1 | ||||||||||||||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / Coat complex / Membrane deformation / LIPID BINDING PROTEIN / helical assembly | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retromer, tubulation complex / lamellipodium morphogenesis / leptin receptor binding / early endosome to Golgi transport / transferrin receptor binding / epidermal growth factor receptor binding / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / insulin receptor binding / receptor internalization ...retromer, tubulation complex / lamellipodium morphogenesis / leptin receptor binding / early endosome to Golgi transport / transferrin receptor binding / epidermal growth factor receptor binding / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / insulin receptor binding / receptor internalization / lamellipodium / early endosome membrane / lysosome / protein heterodimerization activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhang, Y. / Pang, X. / Sun, F. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021 タイトル: Structural insights into membrane remodeling by SNX1. 著者: Yan Zhang / Xiaoyun Pang / Jian Li / Jiashu Xu / Victor W Hsu / Fei Sun / 要旨: The sorting nexin (SNX) family of proteins deform the membrane to generate transport carriers in endosomal pathways. Here, we elucidate how a prototypic member, SNX1, acts in this process. Performing ...The sorting nexin (SNX) family of proteins deform the membrane to generate transport carriers in endosomal pathways. Here, we elucidate how a prototypic member, SNX1, acts in this process. Performing cryoelectron microscopy, we find that SNX1 assembles into a protein lattice that consists of helical rows of SNX1 dimers wrapped around tubular membranes in a crosslinked fashion. We also visualize the details of this structure, which provides a molecular understanding of how various parts of SNX1 contribute to its ability to deform the membrane. Moreover, we have compared the SNX1 structure with a previously elucidated structure of an endosomal coat complex formed by retromer coupled to a SNX, which reveals how the molecular organization of the SNX in this coat complex is affected by retromer. The comparison also suggests insight into intermediary stages of assembly that results in the formation of the retromer-SNX coat complex on the membrane. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7d6e.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7d6e.ent.gz | 1008.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7d6e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7d6e_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7d6e_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7d6e_validation.xml.gz | 178.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7d6e_validation.cif.gz | 266.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/7d6e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d6/7d6e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59740.887 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Snx1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NZD2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Sorting Nexin 1 / タイプ: COMPLEX / 詳細: Sorting Nexin 1 in membrane-bound state / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 50 mM HEPES, pH7.4, 100 mM NaCl |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % 詳細: blot for 3.5 seconds with bolt force 2 before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 59000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 501 詳細: Images were collected in movie mode at 16 frames per second. |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 2-28 |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: The selected images were multiplied by CTF for amplitude correction of reconstruction | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | 詳細: CTF was multiplied to each micrographs before tubes selection, and finally CTF amplitude correction was performed following 3D reconstruction タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 51.51 ° / 軸方向距離/サブユニット: 7.51 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 476 詳細: All the segments were selected manually using e2helixboxer.py of EMAN2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 10 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11677 / アルゴリズム: BACK PROJECTION 詳細: IHRSR method were used for helical reconstruction and refinement with a range of out of plane tilt considered クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient 詳細: The temperature was kept at 300K, time step was 1 fs, and secondary structure restraints was also included. |