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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d69 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the nucleosome containing Giardia histones | ||||||
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![]() | NUCLEAR PROTEIN / nucleosome / chromatin / histone / Giardia lamblia | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å | ||||||
![]() | Sato, S. / Takizawa, Y. / Kurumizaka, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the nucleosome core particle containing Giardia lamblia histones. 著者: Shoko Sato / Yoshimasa Takizawa / Fumika Hoshikawa / Mariko Dacher / Hiroki Tanaka / Hiroaki Tachiwana / Tomoya Kujirai / Yukari Iikura / Cheng-Han Ho / Naruhiko Adachi / Indu Patwal / Andrew ...著者: Shoko Sato / Yoshimasa Takizawa / Fumika Hoshikawa / Mariko Dacher / Hiroki Tanaka / Hiroaki Tachiwana / Tomoya Kujirai / Yukari Iikura / Cheng-Han Ho / Naruhiko Adachi / Indu Patwal / Andrew Flaus / Hitoshi Kurumizaka / ![]() ![]() 要旨: Giardia lamblia is a pathogenic unicellular eukaryotic parasite that causes giardiasis. Its genome encodes the canonical histones H2A, H2B, H3, and H4, which share low amino acid sequence identity ...Giardia lamblia is a pathogenic unicellular eukaryotic parasite that causes giardiasis. Its genome encodes the canonical histones H2A, H2B, H3, and H4, which share low amino acid sequence identity with their human orthologues. We determined the structure of the G. lamblia nucleosome core particle (NCP) at 3.6 Å resolution by cryo-electron microscopy. G. lamblia histones form a characteristic NCP, in which the visible 125 base-pair region of the DNA is wrapped in a left-handed supercoil. The acidic patch on the G. lamblia octamer is deeper, due to an insertion extending the H2B α1 helix and L1 loop, and thus cannot bind the LANA acidic patch binding peptide. The DNA and histone regions near the DNA entry-exit sites could not be assigned, suggesting that these regions are asymmetrically flexible in the G. lamblia NCP. Characterization by thermal unfolding in solution revealed that both the H2A-H2B and DNA association with the G. lamblia H3-H4 were weaker than those for human H3-H4. These results demonstrate the uniformity of the histone octamer as the organizing platform for eukaryotic chromatin, but also illustrate the unrecognized capability for large scale sequence variations that enable the adaptability of histone octamer surfaces and confer internal stability. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 261.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 194.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 828.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 859.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 35.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFDHCG
#1: タンパク質 | 分子量: 16639.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DHA2_154455 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 11407.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DHA2_135001, DHA2_154716, GSB_155602 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 14903.089 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DHA2_151009 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 14188.249 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-601L DNA (145- ... , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 44761.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 44752.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Nucleosome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 64 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 194041 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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