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万見
- PDB-7d3k: FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS O/TIBET/99-BOUND THE SINGLE CHAIN FR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7d3k
タイトルFOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS O/TIBET/99-BOUND THE SINGLE CHAIN FRAGMEN ANTIBODY B77
要素
  • B77 VH
  • B77 VL
  • O/TIBET/99 VP1
  • O/TIBET/99 VP2
  • O/TIBET/99 VP3
  • O/TIBET/99 VP4
キーワードVIRUS / FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS / FMDV
生物種Bos taurus (ウシ)
Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者He, Y. / Lou, Z.
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2021
タイトル: Structures of Foot-and-mouth Disease Virus with neutralizing antibodies derived from recovered natural host reveal a mechanism for cross-serotype neutralization.
著者: Yong He / Kun Li / Yimei Cao / Zixian Sun / Pinghua Li / Huifang Bao / Sheng Wang / Guoqiang Zhu / Xingwen Bai / Pu Sun / Xuerong Liu / Cheng Yang / Zaixin Liu / Zengjun Lu / Zihe Rao / Zhiyong Lou /
要旨: The development of a universal vaccine against foot-and-mouth disease virus (FMDV) is hindered by cross-serotype antigenic diversity and by a lack of knowledge regarding neutralization of the virus ...The development of a universal vaccine against foot-and-mouth disease virus (FMDV) is hindered by cross-serotype antigenic diversity and by a lack of knowledge regarding neutralization of the virus in natural hosts. In this study, we isolated serotype O-specific neutralizing antibodies (NAbs) (F145 and B77) from recovered natural bovine hosts by using the single B cell antibody isolation technique. We also identified a serotype O/A cross-reacting NAb (R50) and determined virus-NAb complex structures by cryo-electron microscopy at near-atomic resolution. F145 and B77 were shown to engage the capsid of FMDV-O near the icosahedral threefold axis, binding to the BC/HI-loop of VP2. In contrast, R50 engages the capsids of both FMDV-O and FMDV-A between the 2- and 5-fold axes and binds to the BC/EF/GH-loop of VP1 and to the GH-loop of VP3 from two adjacent protomers, revealing a previously unknown antigenic site. The cross-serotype neutralizing epitope recognized by R50 is highly conserved among serotype O/A. These findings help to elucidate FMDV neutralization by natural hosts and provide epitope information for the development of a universal vaccine for cross-serotype protection against FMDV.
履歴
登録2020年9月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30558
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30558
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: O/TIBET/99 VP1
2: O/TIBET/99 VP2
3: O/TIBET/99 VP3
4: O/TIBET/99 VP4
H: B77 VH
L: B77 VL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,7916
ポリマ－106,7916
非ポリマー00
水00
1
1: O/TIBET/99 VP1
2: O/TIBET/99 VP2
3: O/TIBET/99 VP3
4: O/TIBET/99 VP4
H: B77 VH
L: B77 VL
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,407,465360
ポリマ－6,407,465360
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: O/TIBET/99 VP1
2: O/TIBET/99 VP2
3: O/TIBET/99 VP3
4: O/TIBET/99 VP4
H: B77 VH
L: B77 VL
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 534 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)533,95530
ポリマ－533,95530
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: O/TIBET/99 VP1
2: O/TIBET/99 VP2
3: O/TIBET/99 VP3
4: O/TIBET/99 VP4
H: B77 VH
L: B77 VL
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 641 kDa, 36 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)640,74636
ポリマ－640,74636
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 1234

#1: タンパク質 O/TIBET/99 VP1


分子量: 23524.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
#2: タンパク質 O/TIBET/99 VP2


分子量: 24338.387 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
#3: タンパク質 O/TIBET/99 VP3


分子量: 23875.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
#4: タンパク質 O/TIBET/99 VP4


分子量: 8778.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#5: 抗体 B77 VH


分子量: 13325.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#6: 抗体 B77 VL


分子量: 12947.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1Foot-and-mouth disease virusCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Foot-and-mouth disease virusCOMPLEX#1-#41NATURAL
3B77 V H/LCOMPLEX#5-#61RECOMBINANTSingle-chain fragment variable (scFv) was designed by splicing the VH and VL genes using a flexible linker (GGGGSGGGGSGGGGS).The C-termini of the scFv included a His tag.
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)12110
33Bos taurus (ウシ)9913
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株: BL21
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Cricetinae gen. sp.
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.63 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

画像処理
IDImage recording-ID
11
21
CTF補正
IDEM image processing-IDタイプ
11PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
22PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成
ID解像度 (Å)解像度の算出法粒子像の数Image processing-IDEntry-ID対称性のタイプ
13.9FSC 0.143 CUT-OFF1546017D3KPOINT
23.9FSC 0.143 CUT-OFF1546027D3KPOINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
精密化最高解像度: 3.9 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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