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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7d0f | |||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of a pre-catalytic group II intron RNP | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/RNA / catalytic RNA / RNA-protein interactions / group II intron / TRANSFERASE-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intron homing / mRNA processing / RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu, N. / Dong, X.L. / Hu, C.X. / Zeng, J.W. / Wang, J.W. / Wang, J. / Wang, H.W. / Belfort, M. | |||||||||
資金援助 | 中国, 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2020 タイトル: Exon and protein positioning in a pre-catalytic group II intron RNP primed for splicing. 著者: Nan Liu / Xiaolong Dong / Cuixia Hu / Jianwei Zeng / Jiawei Wang / Jia Wang / Hong-Wei Wang / Marlene Belfort / 要旨: Group II introns are the putative progenitors of nuclear spliceosomal introns and use the same two-step splicing pathway. In the cell, the intron RNA forms a ribonucleoprotein (RNP) complex with the ...Group II introns are the putative progenitors of nuclear spliceosomal introns and use the same two-step splicing pathway. In the cell, the intron RNA forms a ribonucleoprotein (RNP) complex with the intron-encoded protein (IEP), which is essential for splicing. Although structures of spliced group II intron RNAs and RNP complexes have been characterized, structural insights into the splicing process remain enigmatic due to lack of pre-catalytic structural models. Here, we report two cryo-EM structures of endogenously produced group II intron RNPs trapped in their pre-catalytic state. Comparison of the catalytically activated precursor RNP to its previously reported spliced counterpart allowed identification of key structural rearrangements accompanying splicing, including a remodeled active site and engagement of the exons. Importantly, altered RNA-protein interactions were observed upon splicing among the RNP complexes. Furthermore, analysis of the catalytically inert precursor RNP demonstrated the structural impact of the formation of the active site on RNP architecture. Taken together, our results not only fill a gap in understanding the structural basis of IEP-assisted group II intron splicing, but also provide parallels to evolutionarily related spliceosomal splicing. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7d0f.cif.gz | 443.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7d0f.ent.gz | 338 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7d0f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7d0f_validation.pdf.gz | 725.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7d0f_full_validation.pdf.gz | 960.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7d0f_validation.xml.gz | 62.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7d0f_validation.cif.gz | 97.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/7d0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/7d0f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 295453.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌) 遺伝子: LtrB 発現宿主: Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌) 株 (発現宿主): IL1403 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 70286.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌) 遺伝子: ltrA, matR 発現宿主: Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌) 株 (発現宿主): IL1403 参照: UniProt: P0A3U0, RNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 285.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 203373 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5G2X Accession code: 5G2X / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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