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- PDB-7c81: E30 F-particle in complex with 6C5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c81
タイトルE30 F-particle in complex with 6C5
要素
  • Heavy chain
  • Light chain
  • VP1
  • VP2
  • VP3
  • VP4
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / MAb / 6C5 / E30 / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / host cell cytoplasm / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
SPHINGOSINE / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Echovirus E30 (ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wang, K. / Zheng, B. / Zhang, L. / Cui, L. / Su, X. / Zhang, Q. / Guo, Y. / Zhu, L. / Zhu, F. / Rao, Z. / Wang, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesKJZD-SW-L05 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Serotype specific epitopes identified by neutralizing antibodies underpin immunogenic differences in Enterovirus B.
著者: Kang Wang / Binyang Zheng / Li Zhang / Lunbiao Cui / Xuan Su / Qian Zhang / Zhenxi Guo / Yu Guo / Wei Zhang / Ling Zhu / Fengcai Zhu / Zihe Rao / Xiangxi Wang /
要旨: Echovirus 30 (E30), a serotype of Enterovirus B (EV-B), recently emerged as a major causative agent of aseptic meningitis worldwide. E30 is particularly devastating in the neonatal population and ...Echovirus 30 (E30), a serotype of Enterovirus B (EV-B), recently emerged as a major causative agent of aseptic meningitis worldwide. E30 is particularly devastating in the neonatal population and currently no vaccine or antiviral therapy is available. Here we characterize two highly potent E30-specific monoclonal antibodies, 6C5 and 4B10, which efficiently block binding of the virus to its attachment receptor CD55 and uncoating receptor FcRn. Combinations of 6C5 and 4B10 augment the sum of their individual anti-viral activities. High-resolution structures of E30-6C5-Fab and E30-4B10-Fab define the location and nature of epitopes targeted by the antibodies. 6C5 and 4B10 engage the capsid loci at the north rim of the canyon and in-canyon, respectively. Notably, these regions exhibit antigenic variability across EV-Bs, highlighting challenges in development of broad-spectrum antibodies. Our structures of these neutralizing antibodies of E30 are instructive for development of vaccines and therapeutics against EV-B infections.
履歴
登録2020年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
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  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
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  • マップデータ: EMDB-30304
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
L: Light chain
H: Heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,8977
ポリマ－142,5976
非ポリマー2991
水00
1
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
L: Light chain
H: Heavy chain
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,573,818420
ポリマ－8,555,849360
非ポリマー17,97060
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
L: Light chain
H: Heavy chain
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 714 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)714,48535
ポリマ－712,98730
非ポリマー1,4975
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
L: Light chain
H: Heavy chain
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 857 kDa, 36 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)857,38242
ポリマ－855,58536
非ポリマー1,7976
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: VP1
B: VP2
C: VP3
D: VP4
L: Light chain
H: Heavy chain
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 8.57 MDa, 360 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,573,818420
ポリマ－8,555,849360
非ポリマー17,97060
水0
タイプ名称対称操作数
transform to crystal frame1
point symmetry operation60
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
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52generate(0.44721358, -0.85065083, -0.27639317), (-0.52573108, -0.85065083), (0.72360684, 0.52573107, -0.44721357)
53generate(-0.67082041, -0.68819094, -0.27639321), (-0.16245981, 0.5, -0.85065081), (0.72360679, -0.52573114, -0.44721358)
54generate(-0.86180338, 0.42532543, -0.27639322), (0.42532545, 0.30901699, -0.85065079), (-0.27639322, -0.85065079, -0.44721362)
55generate(0.13819665, 0.95105651, -0.27639318), (0.42532544, -0.309017, -0.85065079), (-0.89442717, 4.0E-8, -0.44721364)
56generate(-0.36180339, 0.26286557, -0.89442719), (0.58778526, 0.809017, 3.0E-8), (0.7236068, -0.5257311, -0.44721361)
57generate(0.13819665, 0.42532543, -0.89442717), (0.95105652, -0.30901699, 4.0E-8), (-0.27639318, -0.85065079, -0.44721365)
58generate(0.44721367, -0.89442716), (-1), (-0.89442716, -0.44721367)
59generate(0.13819665, -0.42532544, -0.89442717), (-0.95105652, -0.309017, -3.0E-8), (-0.27639317, 0.85065079, -0.44721364)
60generate(-0.36180339, -0.26286558, -0.89442719), (-0.58778525, 0.80901699, -2.0E-8), (0.72360681, 0.5257311, -0.4472136)

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 VP1


分子量: 33091.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E30 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A0F6T703*PLUS
#2: タンパク質 VP2


分子量: 28878.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E30 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A0F6T703*PLUS
#3: タンパク質 VP3


分子量: 26157.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E30 (ウイルス) / 参照: UniProt: A8BJF8*PLUS
#4: タンパク質 VP4


分子量: 7647.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E30 (ウイルス) / 参照: UniProt: Q33C85, UniProt: Q8QWB2*PLUS

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#5: 抗体 Light chain


分子量: 23490.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#6: 抗体 Heavy chain


分子量: 23332.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

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非ポリマー , 1種, 1分子

#7: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1E30 F-particle in complex with 6C5COMPLEX#1-#60MULTIPLE SOURCES
2E30 F-particle in complex with 6C5COMPLEX#1-#41NATURAL
3E30 F-particle in complex with 6C5COMPLEX#5-#61NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Echovirus E30 (ウイルス)41846
33Mus musculus (ハツカネズミ)10090
ウイルスについての詳細
IDEntity assembly-ID中空かエンベロープを持つか単離タイプ
11NONOSEROTYPEVIRION
22
33
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: pH = 7.4 PBS purchased from Thermo Fisher.
緩衝液成分名称: PBS
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 25

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION3粒子像選択
2RELION3画像取得
4GctfCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング1.13.1
12RELION3３次元再構成
13PHENIXモデル精密化1.14
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 16488
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10127 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: CC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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