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- PDB-7c4v: MicroED structure of anorthic Vancomycin at 1.05 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c4v
タイトルMicroED structure of anorthic Vancomycin at 1.05 A resolution
要素Vancomycin
キーワードANTIBIOTIC / MicroED / Vancomycin / superbacteria
機能・相同性Vancomycin
機能・相同性情報
生物種Amycolatopsis orientalis (バクテリア)
手法電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Fan, Q. / Zhou, H. / Li, X. / Wang, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)51925307 中国
National Science Foundation (NSF, China)21733010 中国
引用ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2020
タイトル: Precise Control Over Kinetics of Molecular Assembly: Production of Particles with Tunable Sizes and Crystalline Forms.
著者: Qingrui Fan / Linhai Li / Han Xue / Heng Zhou / Lishan Zhao / Jie Liu / Junqiang Mao / Shuwang Wu / Shizhong Zhang / Chenyang Wu / Xueming Li / Xin Zhou / Jianjun Wang /
要旨: It has been long-pursued but remains a challenge to precisely manipulate the molecular assembly process to obtain desired functional structures. Reported here is the control over the assembly of ...It has been long-pursued but remains a challenge to precisely manipulate the molecular assembly process to obtain desired functional structures. Reported here is the control over the assembly of solute molecules, by a programmed recrystallization of solvent crystal grains, to form micro/nanoparticles with tunable sizes and crystalline forms. A quantitative correlation between the protocol of recrystallization temperature and the assembly kinetics results in precise control over the size of assembled particles, ranging from single-atom catalysts, pure drug nanoparticles, to sub-millimeter organic-semiconductor single crystals. The extensive regulation of the assembly rates leads to the unique and powerful capability of tuning the stacking of molecules, involving the formation of single crystals of notoriously crystallization-resistant molecules and amorphous structures of molecules with a very high propensity to crystallize, which endows it with wide-ranging applications.
履歴
登録2020年5月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Data collection
カテゴリ: pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link
改定 1.22020年8月26日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_entity_branch_descriptor
改定 1.32021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_and_software_defined_assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - author_and_software_defined_assembly
  • Jmolによる作画
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  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30289
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vancomycin
B: Vancomycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,9825
ポリマ－2,3002
非ポリマー6823
水77543
1
A: Vancomycin
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 1.51 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5093
ポリマ－1,1501
非ポリマー3592
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area1440 Å2
手法PISA
2
B: Vancomycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,4732
ポリマ－1,1501
非ポリマー3231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area190 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area1450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)13.970, 18.550, 23.860
Angle α, β, γ (deg.)109.520, 97.330, 106.580
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Vancomycin


タイプ: Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1149.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE, GLYCOSYLATED BY A DISACCHARIDE (RESIDUES 8 AND 9) ON RESIDUE 4.
由来: (天然) Amycolatopsis orientalis (バクテリア) / 参照: Vancomycin
#2: 多糖 vancosamine-(1-2)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Glycopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 323.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE, GLYCOSYLATED BY A DISACCHARIDE (RESIDUES 8 AND 9) ON RESIDUE 4.
参照: Vancomycin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][ad621m-1a_1-5_3*C_3*N]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(2+1)][a-L-2-deoxy-Fucp3N]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L- ...VANCOMYCIN IS A TRICYCLIC GLYCOPEPTIDE. THE SCAFFOLD IS A HEPTAPEPTIDE WITH THE CONFIGURATION D-D-L-D-D-L-L. IT IS FURTHER GLYCOSYLATED BY A DISACCHARIDE MADE OF D-GLUCOSE AND VANCOSAMINE. HERE, VANCOMYCIN IS REPRESENTED BY GROUPING TOUGHER THE SEQUENCE (SEQRES) AND THE TWO LIGANDS (HET) BGC AND RER.
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Vancomycin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Amycolatopsis orientalis (バクテリア)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 50 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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データ収集

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
撮影平均露光時間: 5.72 sec. / 電子線照射量: 0.0286 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
EM回折カメラ長: 520 mm
EM回折 シェル解像度: 1.05→1.1 Å / フーリエ空間範囲: 66.9 % / 多重度: 6.83 / 構造因子数: 1907 / 位相残差: 1 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 65.8 % / 再高解像度: 1.05 Å / 測定した強度の数: 43720 / 構造因子数: 6462 / 位相誤差: 0 ° / 位相残差: 1 ° / 位相誤差の除外基準: 60 / Rmerge: 0.215 / Rsym: 0.215
検出器日付: 2019年6月1日
反射 シェル解像度: 1.05→1.1 Å / 冗長度: 6.83 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 3.04 / Num. unique obs: 852 / CC1/2: 0.949 / % possible all: 66.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
6CCP4 packageモデルフィッティング
8PHENIXモデル精密化
9CCP4 package分子置換
EM 3D crystal entity∠α: 109.52 ° / ∠β: 97.33 ° / ∠γ: 106.58 ° / A: 13.97 Å / B: 18.55 Å / C: 23.86 Å / 空間群名: P1 / 空間群番号: 1
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成手法: CRYSTALLOGRAPHY / 解像度: 1.05 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 1FVM

1fvm


PDB chain-ID: A / Accession code: 1FVM / Pdb chain residue range: 4-7 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FVM

1fvm


解像度: 1.05→7.875 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 30.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2684 323 5.01 %Random selection
Rwork0.2318 6122 --
obs0.2335 6445 65.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 25.63 Å2 / Biso mean: 8.8747 Å2 / Biso min: 3.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.05→7.88 Å
リガンド溶媒全体
原子数43 43 246
Biso mean10.96 14.86 -
残基数--14
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection Rfree: 5 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.0501-1.3220.27991640.2445311167
1.322-7.8750.26341590.2265301165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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