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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7blp | ||||||||||||||||||
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タイトル | Vps35/Vps29 arch of fungal membrane-assembled retromer:Grd19 complex | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | ENDOCYTOSIS (エンドサイトーシス) / endosomes (エンドソーム) / coat proteins / membrane trafficking / cargo-sorting | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retromer, cargo-selective complex / retromer complex / retrograde transport, endosome to Golgi / protein transport / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.5 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Leneva, N. / Kovtun, O. / Morado, D.R. / Briggs, J.A.G. / Owen, D.J. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 5件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021 タイトル: Architecture and mechanism of metazoan retromer:SNX3 tubular coat assembly. 著者: Natalya Leneva / Oleksiy Kovtun / Dustin R Morado / John A G Briggs / David J Owen / 要旨: Retromer is a master regulator of cargo retrieval from endosomes, which is critical for many cellular processes including signaling, immunity, neuroprotection, and virus infection. The retromer core ...Retromer is a master regulator of cargo retrieval from endosomes, which is critical for many cellular processes including signaling, immunity, neuroprotection, and virus infection. The retromer core (VPS26/VPS29/VPS35) is present on cargo-transporting, tubular carriers along with a range of sorting nexins. Here, we elucidate the structural basis of membrane tubulation and coupled cargo recognition by metazoan and fungal retromer coats assembled with the non-Bin1/Amphiphysin/Rvs (BAR) sorting nexin SNX3 using cryo-electron tomography. The retromer core retains its arched, scaffolding structure but changes its mode of membrane recruitment when assembled with different SNX adaptors, allowing cargo recognition at subunit interfaces. Thus, membrane bending and cargo incorporation can be modulated to allow retromer to traffic cargoes along different cellular transport routes. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7blp.cif.gz | 337.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7blp.ent.gz | 273.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7blp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/7blp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/7blp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 12223MC 7blnC 7bloC 7blqC 7blrC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10631 (タイトル: Cryo-electron tomography of the fungal membrane-assembled retromer:Grd19 coat containing Kex2 cargo motif Data size: 347.7 Data #1: Raw image frames for the fungal retromer:Grd19 coat assembled on the Kex2 cargo-containing membranes [micrographs - multiframe] Data #2: Corrected, aligned and order-sorted tilt series for the membrane-reconstituted fungal retromer:Grd19 complex in the presence of cargo-signal containing C-portion of the Kex2 cargo. [tilt series] Data #3: Corrected, aligned, dose-filtered and order-sorted tilt series for the membrane-reconstituted fungal retromer:Grd19 complex in the presence of cargo-signal containing C-portion of the Kex2 cargo. [tilt series]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 98566.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0035730 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S709 #2: タンパク質 | 分子量: 22330.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0002370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RZB5 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Vps35/Vps29 arch of fungal membrane-assembled retromer:Grd19 complex. タイプ: COMPLEX 詳細: fungal retromer:Grd19 complex assembled on liposomes containing Kex2 cargo peptide. Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 3 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 9.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 46633 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
EM volume selection | Num. of tomograms: 82 / Num. of volumes extracted: 449807 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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