PDB-7bcv: Brevibacterium linens encapsulin structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bcv

タイトル

Brevibacterium linens encapsulin structure

要素

Linocin-M18

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Bacterial protein compartment

機能・相同性

Type 1 encapsulin shell protein / Encapsulating protein for peroxidase / : / encapsulin nanocompartment / Type 1 encapsulin shell protein

機能・相同性情報

生物種

Brevibacterium linens (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Allende-Ballestero, C. / Luque, D. / Klem, R. / Cornelissen, J.J.L.M. / Caston, J.R.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Three-dimensional cryoEM structure of Brevibacterium linens encapsulin
著者: Allende-Ballestero, C. / Luque, D. / Klem, R. / Cornelissen, J.J.L.M. / Caston, J.R.

履歴

登録	2020年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月10日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bcv.cif.gz	55.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bcv.ent.gz	40.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bcv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7bcv_validation.pdf.gz	905.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7bcv_full_validation.pdf.gz	907.6 KB	表示
XML形式データ	7bcv_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	7bcv_validation.cif.gz	20.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/7bcv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bc/7bcv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	12144MC 12146C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Linocin-M18

28.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Linocin-M18

x 60

登録者が定義した集合体
根拠: microscopy
60-MERIC
1.72 MDa, 60 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

#1: タンパク質	Linocin-M18 / Encapsulin 分子量: 28590.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brevibacterium linens (バクテリア) 遺伝子: lin / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q45296, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Encapsulin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT

分子量

値: 1.8 MDa / 実験値: NO

由来(天然)

生物種:

Brevibacterium linens (バクテリア)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌)

緩衝液

pH: 7.5

緩衝液成分

ID	濃度	名称	Buffer-ID
1	20 mM	Tris	1
2	150 mM	Ammonium Chloride	1

試料

包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 295 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大デフォーカス（補正後）: 3200 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 38.85 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	Xmipp		粒子像選択
2	EPU		画像取得
4	CTFFIND	4	CTF補正
5	RELION	3	CTF補正
11	RELION	3	初期オイラー角割当
12	RELION	3	最終オイラー角割当
13	RELION	3	分類
14	RELION	3	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

粒子像の選択

選択した粒子像数: 309778

対称性

点対称性: I (正20面体型対称)

3次元再構成

解像度: 2.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 233829 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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