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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7b0j | ||||||
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タイトル | TRPC4 in LMNG detergent | ||||||
要素 | Transient receptor potential cation channel subfamily c member 4a | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / ION CHANNEL / TRPC4 / LMNG / MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 store-operated calcium channel activity / cation channel complex / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / monoatomic cation transport / monoatomic cation channel activity / regulation of cytosolic calcium ion concentration / calcium ion transmembrane transport / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | Vinayagam, D. / Quentin, D. / Sistel, O. / Merino, F. / Stabrin, M. / Hofnagel, O. / Ledeboer, M.W. / Malojcic, G. / Raunser, S. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Structural basis of TRPC4 regulation by calmodulin and pharmacological agents. 著者: Deivanayagabarathy Vinayagam / Dennis Quentin / Jing Yu-Strzelczyk / Oleg Sitsel / Felipe Merino / Markus Stabrin / Oliver Hofnagel / Maolin Yu / Mark W Ledeboer / Georg Nagel / Goran ...著者: Deivanayagabarathy Vinayagam / Dennis Quentin / Jing Yu-Strzelczyk / Oleg Sitsel / Felipe Merino / Markus Stabrin / Oliver Hofnagel / Maolin Yu / Mark W Ledeboer / Georg Nagel / Goran Malojcic / Stefan Raunser / 要旨: Canonical transient receptor potential channels (TRPC) are involved in receptor-operated and/or store-operated Ca signaling. Inhibition of TRPCs by small molecules was shown to be promising in ...Canonical transient receptor potential channels (TRPC) are involved in receptor-operated and/or store-operated Ca signaling. Inhibition of TRPCs by small molecules was shown to be promising in treating renal diseases. In cells, the channels are regulated by calmodulin (CaM). Molecular details of both CaM and drug binding have remained elusive so far. Here, we report structures of TRPC4 in complex with three pyridazinone-based inhibitors and CaM. The structures reveal that all the inhibitors bind to the same cavity of the voltage-sensing-like domain and allow us to describe how structural changes from the ligand-binding site can be transmitted to the central ion-conducting pore of TRPC4. CaM binds to the rib helix of TRPC4, which results in the ordering of a previously disordered region, fixing the channel in its closed conformation. This represents a novel CaM-induced regulatory mechanism of canonical TRP channels. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7b0j.cif.gz | 511.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7b0j.ent.gz | 398.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7b0j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7b0j_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7b0j_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7b0j_validation.xml.gz | 75.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7b0j_validation.cif.gz | 111.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/7b0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/7b0j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 105204.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: trpc4b, trpc4a / プラスミド: pEG Bacmam / Cell (発現宿主): GNTI- / 細胞株 (発現宿主): HEK293S / 器官 (発現宿主): KIDNEY / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: U3N7D8 #2: 化合物 | ChemComp-LPP / #3: 化合物 | ChemComp-CA / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TRPC4 membrane protein / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / 詳細: solubilised in LMNG / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.108 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 細胞内の位置: plasma membrane | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK 293 GnTI- / プラスミド: pEG BACMAM | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 倍率(補正後): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 0.001 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 190 K / 最低温度: 160 K |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 88.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3079 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV 球面収差補正装置: BCOR Cs corrector first generation |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 393632 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 126873 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 49.08 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6GIK Accession code: 6GIK / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.58 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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