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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7arh | ||||||
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タイトル | LolCDE in complex with lipoprotein | ||||||
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機能・相同性 | ![]() lipoprotein releasing activity / protein localization to outer membrane / lipoprotein localization to outer membrane / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tang, X.D. / Chang, S.H. / Zhang, K. / Wang, T. / Luo, Q.H. / Qiao, W. / Wang, C. / Zhang, Z.B. / Zhang, Z.Y. / Zhu, X.F. ...Tang, X.D. / Chang, S.H. / Zhang, K. / Wang, T. / Luo, Q.H. / Qiao, W. / Wang, C. / Zhang, Z.B. / Zhang, Z.Y. / Zhu, X.F. / Dong, C.J. / Zhang, X. / Dong, H.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for bacterial lipoprotein relocation by the transporter LolCDE. 著者: Xiaodi Tang / Shenghai Chang / Ke Zhang / Qinghua Luo / Zhengyu Zhang / Ting Wang / Wen Qiao / Chen Wang / Chongrong Shen / Zhibo Zhang / Xiaofeng Zhu / Xiawei Wei / Changjiang Dong / Xing Zhang / Haohao Dong / ![]() ![]() 要旨: Lipoproteins in the outer membrane of Gram-negative bacteria are involved in various vital physiological activities, including multidrug resistance. Synthesized in the cytoplasm and matured in the ...Lipoproteins in the outer membrane of Gram-negative bacteria are involved in various vital physiological activities, including multidrug resistance. Synthesized in the cytoplasm and matured in the inner membrane, lipoproteins must be transported to the outer membrane through the Lol pathway mediated by the ATP-binding cassette transporter LolCDE in the inner membrane via an unknown mechanism. Here, we report cryo-EM structures of Escherichia coli LolCDE in apo, lipoprotein-bound, LolA-bound, ADP-bound and AMP-PNP-bound states at a resolution of 3.2-3.8 Å, covering the complete lipoprotein transport cycle. Mutagenesis and in vivo viability assays verify features of the structures and reveal functional residues and structural characteristics of LolCDE. The results provide insights into the mechanisms of sorting and transport of outer-membrane lipoproteins and may guide the development of novel therapies against multidrug-resistant Gram-negative bacteria. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 218.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 180.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Lipoprotein-releasing system ... , 2種, 3分子 EFD
#2: タンパク質 | 分子量: 45385.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: lolE, ycfW, b1118, JW1104 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 26576.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: lolD, ycfV, b1117, JW5162 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P75957, トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う |
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 CV
#1: タンパク質 | 分子量: 43295.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: lolC, FAZ83_19940 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#4: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1079.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 2分子 ![](data/chem/img/Z41.gif)
![](data/chem/img/PLM.gif)
![](data/chem/img/PLM.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-Z41 / ( |
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#6: 化合物 | ChemComp-PLM / ![]() |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: LolCDE in complex with a lipoprotein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.8, 150 mM NaCl and 0.05% LMNG |
試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |