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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7apk | ||||||
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タイトル | Structure of the human THO - UAP56 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION / mRNA / nucleocytoplasmic transport / R-loop / gene expression | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 THO complex / THO complex part of transcription export complex / transcription export complex / primitive hemopoiesis / regulation of mRNA export from nucleus / U6 snRNP / RNA secondary structure unwinding / stem cell division / ATP-dependent protein binding / mRNA 3'-end processing ...THO complex / THO complex part of transcription export complex / transcription export complex / primitive hemopoiesis / regulation of mRNA export from nucleus / U6 snRNP / RNA secondary structure unwinding / stem cell division / ATP-dependent protein binding / mRNA 3'-end processing / ATP-dependent activity, acting on RNA / U4 snRNA binding / monocyte differentiation / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA export from nucleus / U4 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / poly(A)+ mRNA export from nucleus / generation of neurons / spliceosomal complex assembly / blastocyst development / neuron development / RHOBTB2 GTPase cycle / mRNA export from nucleus / U6 snRNA binding / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / central nervous system development / spliceosomal complex / cell morphogenesis / nuclear matrix / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / negative regulation of neuron projection development / regulation of gene expression / RNA helicase activity / nuclear body / RNA helicase / nuclear speck / mRNA binding / apoptotic process / signal transduction / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Hohmann, U. / Puehringer, T. / Plaschka, C. | ||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Structure of the human core transcription-export complex reveals a hub for multivalent interactions. 著者: Thomas Pühringer / Ulrich Hohmann / Laura Fin / Belén Pacheco-Fiallos / Ulla Schellhaas / Julius Brennecke / Clemens Plaschka / 要旨: The export of mRNA from nucleus to cytoplasm requires the conserved and essential transcription and export (TREX) complex (THO-UAP56/DDX39B-ALYREF). TREX selectively binds mRNA maturation marks and ...The export of mRNA from nucleus to cytoplasm requires the conserved and essential transcription and export (TREX) complex (THO-UAP56/DDX39B-ALYREF). TREX selectively binds mRNA maturation marks and licenses mRNA for nuclear export by loading the export factor NXF1-NXT1. How TREX integrates these marks and achieves high selectivity for mature mRNA is poorly understood. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the human THO-UAP56/DDX39B complex at 3.3 Å resolution. The seven-subunit THO-UAP56/DDX39B complex multimerizes into a 28-subunit tetrameric assembly, suggesting that selective recognition of mature mRNA is facilitated by the simultaneous sensing of multiple, spatially distant mRNA regions and maturation marks. Two UAP56/DDX39B RNA helicases are juxtaposed at each end of the tetramer, which would allow one bivalent ALYREF protein to bridge adjacent helicases and regulate the TREX-mRNA interaction. Our structural and biochemical results suggest a conserved model for TREX complex function that depends on multivalent interactions between proteins and mRNA. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | 7apk.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7apk.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7apk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
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文書・要旨 | 7apk_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7apk_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7apk_validation.xml.gz | 195.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7apk_validation.cif.gz | 333.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/7apk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/7apk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-THO complex subunit ... , 6種, 24分子 AIaiBJbjCKckEMemFNfnGOgo
#1: タンパク質 | 分子量: 81138.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOC1, HPR1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q96FV9 #2: タンパク質 | 分子量: 141584.594 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOC2, CXorf3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q8NI27 #3: タンパク質 | 分子量: 43279.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOC3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q96J01 #4: タンパク質 | 分子量: 78652.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOC5, C22orf19, KIAA0983 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q13769 #5: タンパク質 | 分子量: 37577.875 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOC6, WDR58, PSEC0006 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q86W42 #6: タンパク質 | 分子量: 23782.014 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THOC7, NIF3L1BP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q6I9Y2 |
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-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 HPhpXx
#7: タンパク質 | 分子量: 51612.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX39B, BAT1, UAP56 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 RIL / 参照: UniProt: Q13838, RNA helicase #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3166.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 1.836 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.9 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 平均露光時間: 3.8 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 26303 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1570265 | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 195098 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |