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- PDB-7aor: mt-SSU from Trypanosoma cruzi in complex with mt-IF-3. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aor
タイトルmt-SSU from Trypanosoma cruzi in complex with mt-IF-3.
要素
  • 30S Ribosomal protein S17-like protein
  • AKAP7_NLS domain-containing protein
  • MURF5
  • Protein FYV4, mitochondrial
  • RNA (478-MER)
  • Rhodanese domain-containing protein
  • Ribosomal_S5_C domain-containing protein
  • Ribosome protein S12
  • Sod_Fe_C domain-containing protein
  • Superoxide dismutase, putative
  • Trafficking protein particle complex subunit
  • bS16m
  • bS18m
  • bS21m
  • bS6m
  • mS22
  • mS23
  • mS26
  • mS29
  • mS33
  • mS35
  • mS37
  • mS38
  • mS47
  • mS48
  • mS49
  • mS50
  • mS51
  • mS52
  • mS53
  • mS54
  • mS55
  • mS56
  • mS57
  • mS58
  • mS59
  • mS60
  • mS61
  • mS62
  • mS63
  • mS65
  • mS66
  • mS68
  • mS69
  • mS70
  • mS71
  • mS72
  • mS73
  • mt-iF3
  • uS10m
  • uS11m
  • uS14m
  • uS15m
  • uS19
  • uS8m
  • uS9m
キーワードRIBOSOME / Mitochondria / Kinetoplastid
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / TRAPP complex / Golgi vesicle transport / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / membrane => GO:0016020 / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation ...3-hydroxyisobutyryl-CoA hydrolase activity / TRAPP complex / Golgi vesicle transport / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / membrane => GO:0016020 / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S12 / Ribosomal protein S12 / Nucleoid-associated protein YbaB-like domain superfamily / Protein kinase A anchor protein, nuclear localisation signal domain / AKAP7 2'5' RNA ligase-like domain / Probable Zinc-ribbon domain / Probable Zinc-ribbon domain / TRAPP I complex, subunit 5 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, HIBYL-CoA-H type / Enoyl-CoA hydratase/isomerase ...Ribosomal protein S12 / Ribosomal protein S12 / Nucleoid-associated protein YbaB-like domain superfamily / Protein kinase A anchor protein, nuclear localisation signal domain / AKAP7 2'5' RNA ligase-like domain / Probable Zinc-ribbon domain / Probable Zinc-ribbon domain / TRAPP I complex, subunit 5 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, HIBYL-CoA-H type / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Protein Fyv4 / IGR protein motif / IGR / Cyclic phosphodiesterase / LysM domain superfamily / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / LysM domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / LysM domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Rhodanese-like domain / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S6 superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S9/S16 / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S11 superfamily / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ubiquitin-like domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosome protein S12 / 30S Ribosomal protein S17-like protein / Superoxide dismutase, putative / Sod_Fe_C domain-containing protein ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Ribosome protein S12 / 30S Ribosomal protein S17-like protein / Superoxide dismutase, putative / Sod_Fe_C domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / AKAP7_NLS domain-containing protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Rhodanese domain-containing protein / Uncharacterized protein / Ribosomal_S5_C domain-containing protein / Uncharacterized protein / Protein FYV4, mitochondrial / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Trafficking protein particle complex subunit / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Soufari, H. / Waltz, F. / Parrot, C. / Bochler, A. / Hashem, Y.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC) フランス
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: Structure of the mature kinetoplastids mitoribosome and insights into its large subunit biogenesis.
著者: Heddy Soufari / Florent Waltz / Camila Parrot / Stéphanie Durrieu-Gaillard / Anthony Bochler / Lauriane Kuhn / Marie Sissler / Yaser Hashem /
要旨: Kinetoplastids are unicellular eukaryotic parasites responsible for such human pathologies as Chagas disease, sleeping sickness, and leishmaniasis. They have a single large mitochondrion, essential ...Kinetoplastids are unicellular eukaryotic parasites responsible for such human pathologies as Chagas disease, sleeping sickness, and leishmaniasis. They have a single large mitochondrion, essential for the parasite survival. In kinetoplastid mitochondria, most of the molecular machineries and gene expression processes have significantly diverged and specialized, with an extreme example being their mitochondrial ribosomes. These large complexes are in charge of translating the few essential mRNAs encoded by mitochondrial genomes. Structural studies performed in already highlighted the numerous peculiarities of these mitoribosomes and the maturation of their small subunit. However, several important aspects mainly related to the large subunit (LSU) remain elusive, such as the structure and maturation of its ribosomal RNA. Here we present a cryo-electron microscopy study of the protozoans and mitoribosomes. For both species, we obtained the structure of their mature mitoribosomes, complete rRNA of the LSU, as well as previously unidentified ribosomal proteins. In addition, we introduce the structure of an LSU assembly intermediate in the presence of 16 identified maturation factors. These maturation factors act on both the intersubunit and the solvent sides of the LSU, where they refold and chemically modify the rRNA and prevent early translation before full maturation of the LSU.
履歴
登録2020年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年6月23日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: em_entity_assembly / em_entity_assembly_naturalsource ...em_entity_assembly / em_entity_assembly_naturalsource / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code ..._entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _entity_src_nat.strain / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11846
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
u: mS35
s: mS33
r: mS29
n: uS19
h: uS14m
e: uS10m
az: mS72
ay: mS71
ax: mS70
aw: mS69
au: Rhodanese domain-containing protein
ak: mS58
aj: mS57
ag: mS55
af: mS54
ae: mS53
l: mS52
ac: mS50
ab: mS49
ad: mS51
m: bS18m
i: uS15m
f: uS11m
c: uS8m
d: uS9m
ba: mS73
av: mS68
at: mS66
ar: AKAP7_NLS domain-containing protein
aq: mS63
ap: mS62
ao: mS61
ai: mS56
an: mS60
z: mS47
y: Sod_Fe_C domain-containing protein
x: Superoxide dismutase, putative
w: Protein FYV4, mitochondrial
v: mS37
bb: mS38
t: Trafficking protein particle complex subunit
al: mS59
q: mS26
p: mS23
Ca: mS22
g: bS21m
j: bS16m
b: bS6m
bd: MURF5
a: Ribosomal_S5_C domain-containing protein
bc: mt-iF3
aa: mS48
k: 30S Ribosomal protein S17-like protein
be: Ribosome protein S12
as: mS65
A: RNA (478-MER)
2: RNA (478-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,881,45564
ポリマ－7,880,16257
非ポリマー1,2937
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
タンパク質 , 55種, 55分子 usrnheazayaxawauakajagafaelacabadmifcdbaavataraq...

#1: タンパク質 mS35


分子量: 99238.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DIY1
#2: タンパク質 mS33


分子量: 20964.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4CTU7
#3: タンパク質 mS29


分子量: 57865.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DW24
#4: タンパク質 uS19


分子量: 19866.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4D583
#5: タンパク質 uS14m


分子量: 19805.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DRG2
#6: タンパク質 uS10m


分子量: 94283.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DEM5
#7: タンパク質 mS72


分子量: 19403.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DX04
#8: タンパク質 mS71


分子量: 25866.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DX19
#9: タンパク質 mS70


分子量: 20679.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DLH4
#10: タンパク質 mS69


分子量: 21672.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4D0Q8
#11: タンパク質 Rhodanese domain-containing protein


分子量: 30180.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DX83
#12: タンパク質 mS58


分子量: 35017.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DTE7
#13: タンパク質 mS57


分子量: 46272.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DA51
#14: タンパク質 mS55


分子量: 67008.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DWR5
#15: タンパク質 mS54


分子量: 77912.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4CVW1
#16: タンパク質 mS53


分子量: 76246.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4D651
#17: タンパク質 mS52


分子量: 81423.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4E2R4
#18: タンパク質 mS50


分子量: 129011.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4CW80
#19: タンパク質 mS49


分子量: 136204.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DNX8
#20: タンパク質 mS51


分子量: 95139.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DV41
#21: タンパク質 bS18m


分子量: 37204.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4E4E0
#22: タンパク質 uS15m


分子量: 50080.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DS13
#23: タンパク質 uS11m


分子量: 37723.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4CT44
#24: タンパク質 uS8m


分子量: 33219.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DY17
#25: タンパク質 uS9m


分子量: 50335.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DEW9
#26: タンパク質 mS73


分子量: 24784.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4D7F8
#27: タンパク質 mS68


分子量: 27692.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4E2I9
#28: タンパク質 mS66


分子量: 29834.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4E1X5
#29: タンパク質 AKAP7_NLS domain-containing protein


分子量: 30783.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DBB7
#30: タンパク質 mS63


分子量: 34337.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4E0X6
#31: タンパク質 mS62


分子量: 31623.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4D014
#32: タンパク質 mS61


分子量: 32920.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4D7Y5
#33: タンパク質 mS56


分子量: 47860.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4D4C7
#34: タンパク質 mS60


分子量: 34410.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DJ95
#35: タンパク質 mS47


分子量: 134734.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DD80
#36: タンパク質 Sod_Fe_C domain-containing protein


分子量: 49030.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4CSF0
#37: タンパク質 Superoxide dismutase, putative


分子量: 38998.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4CPX3, superoxide dismutase
#38: タンパク質 Protein FYV4, mitochondrial


分子量: 22392.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DZS3
#39: タンパク質 mS37


分子量: 24565.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DRC8
#40: タンパク質 mS38


分子量: 26499.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DMI0
#41: タンパク質 Trafficking protein particle complex subunit


分子量: 28870.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4E2D1
#42: タンパク質 mS59


分子量: 35605.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DRU1
#43: タンパク質 mS26


分子量: 51718.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DUA8
#44: タンパク質 mS23


分子量: 34869.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DRR8
#45: タンパク質 mS22


分子量: 73123.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4E4S6
#46: タンパク質 bS21m


分子量: 23030.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DET1
#47: タンパク質 bS16m


分子量: 22422.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4D6Y0
#48: タンパク質 bS6m


分子量: 19189.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DZA7
#49: タンパク質 MURF5 / Maxicircle unassigned reading frame 5


分子量: 10806.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener
#50: タンパク質 Ribosomal_S5_C domain-containing protein


分子量: 49823.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DYR0
#51: タンパク質 mt-iF3


分子量: 42914.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4D913
#52: タンパク質 mS48


分子量: 206534.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4DVD2
#53: タンパク質 30S Ribosomal protein S17-like protein


分子量: 35840.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A2V2XQ88
#54: タンパク質 Ribosome protein S12


分子量: 9806.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) / 参照: UniProt: A0A2H4T2H0
#55: タンパク質 mS65


分子量: 29683.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 参照: UniProt: Q4D4G1

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RNA鎖 , 1種, 2分子 A2

#56: RNA鎖 RNA (478-MER)


分子量: 2616414.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener

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非ポリマー , 4種, 7分子

#57: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#58: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#59: 化合物 ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP


分子量: 484.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O15P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UTP*YM
#60: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1mt-SSU from Trypanosoma cruzi in complex with mt-IF-3.RIBOSOME#1-#560NATURAL
2mt-SSU from Trypanosoma cruzi in complex with mt-IF-3.RIBOSOME#1-#52, #55-#561NATURAL
3mt-SSU from Trypanosoma cruzi in complex with mt-IF-3.RIBOSOME#53-#541NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)353153
23Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)5693
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refinedev_3699精密化
PHENIXdev_3699精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 148180 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 30.74 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0119179733
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.9808246276
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05526387
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006529865
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d23.665429644

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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