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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7aod | |||||||||
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タイトル | Schizosaccharomyces pombe RNA polymerase I (dimer) | |||||||||
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![]() | TRANSCRIPTION | |||||||||
機能・相同性 | ![]() RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / mRNA Capping ...RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / mRNA Capping / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II, holoenzyme / Formation of the Early Elongation Complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Transcriptional regulation by small RNAs / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / DNA-templated transcription elongation / termination of RNA polymerase I transcription / RNA polymerase III activity / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase I / transcription by RNA polymerase III / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II, core complex / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nucleolus / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
![]() | Heiss, F. / Daiss, J. / Becker, P. / Engel, C. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Conserved strategies of RNA polymerase I hibernation and activation. 著者: Florian B Heiss / Julia L Daiß / Philipp Becker / Christoph Engel / ![]() 要旨: RNA polymerase (Pol) I transcribes the ribosomal RNA precursor in all eukaryotes. The mechanisms 'activation by cleft contraction' and 'hibernation by dimerization' are unique to the regulation of ...RNA polymerase (Pol) I transcribes the ribosomal RNA precursor in all eukaryotes. The mechanisms 'activation by cleft contraction' and 'hibernation by dimerization' are unique to the regulation of this enzyme, but structure-function analysis is limited to baker's yeast. To understand whether regulation by such strategies is specific to this model organism or conserved among species, we solve three cryo-EM structures of Pol I from Schizosaccharomyces pombe in different functional states. Comparative analysis of structural models derived from high-resolution reconstructions shows that activation is accomplished by a conserved contraction of the active center cleft. In contrast to current beliefs, we find that dimerization of the S. pombe polymerase is also possible. This dimerization is achieved independent of the 'connector' domain but relies on two previously undescribed interfaces. Our analyses highlight the divergent nature of Pol I transcription systems from their counterparts and suggest conservation of regulatory mechanisms among organisms. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase I subunit ... , 4種, 8分子 AMDPGSIU
#1: タンパク質 | 分子量: 189489.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: P15398, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | 分子量: 17008.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q9P7P1 #7: タンパク質 | 分子量: 19406.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O43036 #9: タンパク質 | 分子量: 13127.667 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O94703 |
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-DNA-directed RNA polymerases I and III subunit ... , 2種, 4分子 COKW
#3: タンパク質 | 分子量: 39205.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O94616 #11: タンパク質 | 分子量: 13734.478 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q09177 |
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-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 10分子 EQFRHTJVLX
#5: タンパク質 | 分子量: 23954.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q09191 #6: タンパク質 | 分子量: 15742.497 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: P36595 #8: タンパク質 | 分子量: 14317.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q92399 #10: タンパク質 | 分子量: 8286.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: O13877 #12: タンパク質 | 分子量: 7216.495 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: P48011 |
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-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 14分子 BN![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#13: 化合物 | ChemComp-ZN / #2: タンパク質 | 分子量: 131854.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 972 / ATCC 24843 / 参照: UniProt: Q9P7X8, DNA-directed RNA polymerase |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: S. pombe RNA polymerase I / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 86.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17102 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 108.25 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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