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万見
- PDB-6zm1: Open-closed state of the Bt1762-Bt1763 levan transport system -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zm1
タイトルOpen-closed state of the Bt1762-Bt1763 levan transport system
要素
  • SusC homolog
  • SusD homolog
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Levan / transporter / SusCD / TonB-dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CarboxypepD_reg-like domain / TonB-dependent outer membrane protein, SusC/RagA / TonB-dependent outer membrane protein SusC/RagA, conserved site / SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel ...CarboxypepD_reg-like domain / TonB-dependent outer membrane protein, SusC/RagA / TonB-dependent outer membrane protein SusC/RagA, conserved site / SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
SusC homolog / SusD homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者White, J.B.R. / van den Berg, B. / Ranson, N.A.
資金援助 英国, スイス, 5件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P003192/1 英国
Wellcome Trust215064/Z/18/Z 英国
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
Swiss National Science Foundation167125 スイス
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N020413/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Insights into SusCD-mediated glycan import by a prominent gut symbiont.
著者: Declan A Gray / Joshua B R White / Abraham O Oluwole / Parthasarathi Rath / Amy J Glenwright / Adam Mazur / Michael Zahn / Arnaud Baslé / Carl Morland / Sasha L Evans / Alan Cartmell / Carol ...著者: Declan A Gray / Joshua B R White / Abraham O Oluwole / Parthasarathi Rath / Amy J Glenwright / Adam Mazur / Michael Zahn / Arnaud Baslé / Carl Morland / Sasha L Evans / Alan Cartmell / Carol V Robinson / Sebastian Hiller / Neil A Ranson / David N Bolam / Bert van den Berg /
要旨: In Bacteroidetes, one of the dominant phyla of the mammalian gut, active uptake of large nutrients across the outer membrane is mediated by SusCD protein complexes via a "pedal bin" transport ...In Bacteroidetes, one of the dominant phyla of the mammalian gut, active uptake of large nutrients across the outer membrane is mediated by SusCD protein complexes via a "pedal bin" transport mechanism. However, many features of SusCD function in glycan uptake remain unclear, including ligand binding, the role of the SusD lid and the size limit for substrate transport. Here we characterise the β2,6 fructo-oligosaccharide (FOS) importing SusCD from Bacteroides thetaiotaomicron (Bt1762-Bt1763) to shed light on SusCD function. Co-crystal structures reveal residues involved in glycan recognition and suggest that the large binding cavity can accommodate several substrate molecules, each up to ~2.5 kDa in size, a finding supported by native mass spectrometry and isothermal titration calorimetry. Mutational studies in vivo provide functional insights into the key structural features of the SusCD apparatus and cryo-EM of the intact dimeric SusCD complex reveals several distinct states of the transporter, directly visualising the dynamics of the pedal bin transport mechanism.
履歴
登録2020年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11277
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SusD homolog
B: SusC homolog
C: SusD homolog
D: SusC homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)363,2524
ポリマ－363,2524
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area18110 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area111690 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 SusD homolog


分子量: 66142.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
遺伝子: BT_1762
発現宿主: Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
参照: UniProt: Q8A6W4
#2: タンパク質 SusC homolog


分子量: 115483.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
参照: UniProt: Q8A6W3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Dimeric Bt1762-Bt1763 levan transporter complexCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2SusD homologCOMPLEX#11RECOMBINANT
3SusC homologCOMPLEX#21NATURAL
分子量値: 0.36 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)226186
33Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)226186
由来(組換発現)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMHEPES1
2100 mMSodium chlorideNaCl1
30.05 % w/vLDAO1
試料濃度: 0.02 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 63.84 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7PHENIX1.14モデルフィッティング
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 22205 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
16ZAZ

6zaz

16ZAZ1PDBexperimental model
26ZLT

6zlt

16ZLT2PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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