[日本語] English
万見
- PDB-6zd0: Disulfide-locked early prepore intermedilysin-CD59 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zd0
タイトルDisulfide-locked early prepore intermedilysin-CD59
要素
  • CD59 glycoprotein
  • Thiol-activated cytolysin
キーワードTOXIN / early prepore / membrane-bound / oligomer
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of activation of membrane attack complex / complement binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / cholesterol binding / tertiary granule membrane / COPI-mediated anterograde transport / specific granule membrane ...negative regulation of activation of membrane attack complex / complement binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / cholesterol binding / tertiary granule membrane / COPI-mediated anterograde transport / specific granule membrane / transport vesicle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Regulation of Complement cascade / ER to Golgi transport vesicle membrane / blood coagulation / toxin activity / vesicle / killing of cells of another organism / cell surface receptor signaling pathway / Golgi membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / host cell plasma membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Thiol-activated cytolysin C-terminal / Thiol-activated cytolysin, C-terminal domain superfamily / Thiol-activated cytolysin beta sandwich domain / Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / Thiol-activated cytolysin ...CD59 antigen, conserved site / Ly-6 / u-PAR domain signature. / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / Thiol-activated cytolysin C-terminal / Thiol-activated cytolysin, C-terminal domain superfamily / Thiol-activated cytolysin beta sandwich domain / Thiol-activated cytolysin / Thiol-activated cytolysin superfamily / Thiol-activated cytolysin, alpha-beta domain superfamily / Thiol-activated cytolysin / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / Snake toxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CD59 glycoprotein / Thiol-activated cytolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus intermedius (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Shah, N.R. / Bubeck, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC26409/A16099 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for tuning activity and membrane specificity of bacterial cytolysins.
著者: Nita R Shah / Tomas B Voisin / Edward S Parsons / Courtney M Boyd / Bart W Hoogenboom / Doryen Bubeck /
要旨: Cholesterol-dependent cytolysins (CDCs) are pore-forming proteins that serve as major virulence factors for pathogenic bacteria. They target eukaryotic cells using different mechanisms, but all ...Cholesterol-dependent cytolysins (CDCs) are pore-forming proteins that serve as major virulence factors for pathogenic bacteria. They target eukaryotic cells using different mechanisms, but all require the presence of cholesterol to pierce lipid bilayers. How CDCs use cholesterol to selectively lyse cells is essential for understanding virulence strategies of several pathogenic bacteria, and for repurposing CDCs to kill new cellular targets. Here we address that question by trapping an early state of pore formation for the CDC intermedilysin, bound to the human immune receptor CD59 in a nanodisc model membrane. Our cryo electron microscopy map reveals structural transitions required for oligomerization, which include the lateral movement of a key amphipathic helix. We demonstrate that the charge of this helix is crucial for tuning lytic activity of CDCs. Furthermore, we discover modifications that overcome the requirement of cholesterol for membrane rupture, which may facilitate engineering the target-cell specificity of pore-forming proteins.
履歴
登録2020年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11172
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11172
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thiol-activated cytolysin
B: CD59 glycoprotein
C: Thiol-activated cytolysin
D: CD59 glycoprotein
E: Thiol-activated cytolysin
F: CD59 glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,9166
ポリマ－204,9166
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, This assembly has been confirmed on nanodiscs, lipid monolayers, and liposomes with negative stain microscopy.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

#1: タンパク質 Thiol-activated cytolysin


分子量: 59100.953 Da / 分子数: 3 / 変異: I104C G244C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus intermedius (バクテリア)
遺伝子: ily / プラスミド: pTricHis / 詳細 (発現宿主): IPTG-inducable promoter / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LCB8
#2: タンパク質 CD59 glycoprotein / 1F5 antigen / 20 kDa homologous restriction factor / HRF20 / MAC-inhibitory protein / MAC-IP / ...1F5 antigen / 20 kDa homologous restriction factor / HRF20 / MAC-inhibitory protein / MAC-IP / MEM43 antigen / Membrane attack complex inhibition factor / MACIF / Membrane inhibitor of reactive lysis / MIRL / Protectin


分子量: 9204.445 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD59, MIC11, MIN1, MIN2, MIN3, MSK21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13987

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Early prepore of intermedilysin-CD59COMPLEXPrepore is formed on a lipid bilayer on a nanodiscall0RECOMBINANT
2Thiol-activated cytolysinCOMPLEX#11RECOMBINANT
3CD59 glycoproteinCOMPLEX#21RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Streptococcus intermedius (バクテリア)1338
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
23Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris(HOCH2)3CNH21
2200 mMsodium chlorideNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Grids were glow discharged before application of graphene oxide, then left to dry for 1 hour before use.
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 294 K / 詳細: Wait time of 60 s, blot time 2.5 s, blot force 3

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Pixel size 1.4 A
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3100 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 66 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
詳細: Some images were collected at a 30 degree tilt. Images were collected in movie mode at 39 frames per second.

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2crYOLO粒子像選択
3EPU画像取得
5CTFFIND4CTF補正
8PHENIXモデルフィッティング
9Cootモデルフィッティング
11RELION初期オイラー角割当
12RELION最終オイラー角割当
13RELION分類
14RELION３次元再構成
15PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51041 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: Model of ILY-CD59 was fit and refined into the central subunit density. A combination of rigid body fitting and global minimization with secondary structure restraints was used to fit and ...詳細: Model of ILY-CD59 was fit and refined into the central subunit density. A combination of rigid body fitting and global minimization with secondary structure restraints was used to fit and refine the central subunit model. Then the central subunit model was rigid body fit as one body into the neighbouring subunits to generate a 3 subunit oligomer model.
原子モデル構築PDB-ID: 4BIK

4bik


Accession code: 4BIK / Source name: PDB / タイプ: experimental model

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る