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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z6g | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of La Crosse virus polymerase at pre-initiation stage | ||||||
要素 |
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キーワード | REPLICATION / viral polymerase / transcription | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding ...host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bunyavirus La Crosse (ウイルス) La Crosse orthobunyavirus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å | ||||||
データ登録者 | Arragain, B. / Effantin, G. / Gerlach, P. / Reguera, J. / Schoehn, G. / Cusack, S. / Malet, H. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Pre-initiation and elongation structures of full-length La Crosse virus polymerase reveal functionally important conformational changes. 著者: Benoît Arragain / Grégory Effantin / Piotr Gerlach / Juan Reguera / Guy Schoehn / Stephen Cusack / Hélène Malet / 要旨: Bunyavirales is an order of segmented negative-strand RNA viruses comprising several life-threatening pathogens against which no effective treatment is currently available. Replication and ...Bunyavirales is an order of segmented negative-strand RNA viruses comprising several life-threatening pathogens against which no effective treatment is currently available. Replication and transcription of the RNA genome constitute essential processes performed by the virally encoded multi-domain RNA-dependent RNA polymerase. Here, we describe the complete high-resolution cryo-EM structure of La Crosse virus polymerase. It reveals the presence of key protruding C-terminal domains, notably the cap-binding domain, which undergoes large movements related to its role in transcription initiation, and a zinc-binding domain that displays a fold not previously observed. We capture the polymerase structure at pre-initiation and elongation states, uncovering the coordinated movement of the priming loop, mid-thumb ring linker and lid domain required for the establishment of a ten-base-pair template-product RNA duplex before strand separation into respective exit tunnels. These structural details and the observed dynamics of key functional elements will be instrumental for structure-based development of polymerase inhibitors. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6z6g.cif.gz | 418.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6z6g.ent.gz | 326.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6z6g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6z6g_validation.pdf.gz | 805.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6z6g_full_validation.pdf.gz | 830.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6z6g_validation.xml.gz | 63.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6z6g_validation.cif.gz | 99 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/6z6g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/6z6g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 UXH
#1: RNA鎖 | 分子量: 3217.956 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 5'vRNA 1-10 / 由来: (合成) La Crosse orthobunyavirus (ウイルス) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 2509.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) La Crosse orthobunyavirus (ウイルス) |
#3: RNA鎖 | 分子量: 5060.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) La Crosse orthobunyavirus (ウイルス) |
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#4: タンパク質 | 分子量: 266047.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bunyavirus La Crosse (ウイルス) / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: A5HC98, RNA-directed RNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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-非ポリマー , 2種, 2分子
#5: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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#6: 化合物 | ChemComp-MG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.265 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8, 150 mM NaCl, 2 mM TCEP | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 30mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: blot time: 2 sec, blot force: 1 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 90 K / 最低温度: 90 K |
撮影 | 電子線照射量: 1.25 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 16498 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4065475 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57660 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5AMQ PDB chain-ID: A / Accession code: 5AMQ / Source name: PDB / タイプ: experimental model |